Chromatin dynamics during primordial germ cell development in mammals
| Project/Area Number |
18H02613
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 48040:Medical biochemistry-related
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
横林 しほり 京都大学, iPS細胞研究所, 特定拠点講師 (20615736)
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| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2020: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2019: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Fiscal Year 2018: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
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| Keywords | 始原生殖細胞 / クロマチン高次構造 / 哺乳類 / 多能性幹細胞 / in vitro誘導系 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
生殖細胞は次世代へのゲノム情報の伝播を担う唯一の細胞系譜である。哺乳類では、生殖細胞の発生初期、即ち始原生殖細胞の発生期にゲノムワイドなエピゲノム変化（メチル化DNAの減少およびヒストン修飾の変化）が観察される。このエピゲノム変化は、おそらくその後の生殖細胞発生を正常に行うために不可欠な分子イベントであると予想されるが、しかし生殖細胞発生過程において果たす役割の分子的理解は未だ不十分である。近年、マウス多能性幹細胞から始原生殖細胞(primordial germ cell; PGC)様細胞を誘導する系が報告され、さらに、研究代表者らはヒト多能性幹細胞からPGC様細胞を分化誘導する系を報告した。本研究では、これらの試験管内誘導系を用いて、始原生殖細胞発生過程におけるクロマチン構造を詳細に解析し、エピゲノム再編成とクロマチン構造動態との関係を分子的に理解することを目的とする。
令和元年度は、平成30年度に引き続き、ChIPseqデータの取得を行った。PGC様細胞誘導過程におけるエピゲノム状態のダイナミクスの理解を目指し、より広範なエピゲノム修飾を標的として実験を進めた。また、クロマチン相互作用解析法については、まず手法の比較・条件検討を行った。その結果、良好な結果が得られる実験系の確立に成功したため、データ取得を進めた。さらに、これらの次世代シークエンスデータを解析するための解析パイプラインの構築を進めた。今後は必要なデータ取得をさらに進めるとともに、取得した種々のデータの統合解析を進めていく予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
現在のところ、種々のNGS解析手法プロトコルのマウスPGC様細胞誘導系への適用・データ取得が概ね順調に進んでいる。また、取得したデータの解析パイプラインの構築も概ね順調に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
昨年度確立した解析手法を用いて、引き続きデータ取得を行う。これまでに報告されているトランスクリプトームおよびメチル化DNAデータ等と統合することにより、エピゲノム状態とクロマチン構造の関係を包括的に解析していく予定である。
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Report
(2 results)
Research Products
(4 results)
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[Journal Article] Generation of human oogonia from induced pluripotent stem cells in vitro.2018
Author(s)
30.Yamashiro C, Sasaki K, Yabuta Y, Kojima Y, Nakamura T, Okamoto I, Yokobayashi S, Murase Y, Ishikura Y, Shirane K, Sasaki H, Yamamoto T, Saitou M.
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Journal Title
Science
Volume: 362(6412)
Pages: 356-360
DOI
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Peer Reviewed
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