核ゲノム解析による進化速度の速い種の系統的位置決定：尾索動物オタマボヤ類を例に
| Project/Area Number |
18K06396
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Section | 一般 |
|---|
| Review Section |
Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related
|
|---|
| Research Institution | National Institute of Genetics (2019)
Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University (2018) |
|---|
Principal Investigator |
井上 潤 国立遺伝学研究所, ゲノム・進化研究系, 特任准教授 (10596779)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
西野 敦雄 弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (50343116)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2021-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2019)
|
| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2020: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
|
|---|
| Keywords | 分子系統解析 / 全タンパク質遺伝子解読 / オタマボヤ / ゲノム系統解析 / 解析パイプライン / 尾索類 / 遺伝子系統樹 / トランスクリプトーム / 脊索動物 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題の目的は 2 つある：(1) 全遺伝子系統樹を推定する解析パイプライン (ソフトウェアの集合体) を発展させ，進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する．(2) 脊索動物内部での、遊泳性尾索動物・オタマボヤ類の系統的位置を推定する．
(1) ゲノム配列のタンパク質遺伝子領域を解析する web tool, ORTHOSCOPE をさらに発展させた。オタマボヤ類の解析を進めるために、ホヤ類を中心に脊索動物のデータベースを充実させた。また、ゲノム配列の非コード領域を解析する web tool、dbCNS を開発した。
(2) 採集した浮遊性ホヤ類の標本 40 個体の RNA 抽出作業を、本格的に開始した。CesA 遺伝子とこれに進化的な起源が近い GH6 遺伝子に注目し、ホヤ類内部の種の系統関係を推定した．
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
2019 年 4 月に、沖縄科学技術大学院大学から国立遺伝学研究所に、所属を変更した。現在所属する研究室では別の研究テーマと並行して本研究課題を行なったため、本研究課題の研究活動を十分に行えなかった。
|
| Strategy for Future Research Activity |
(1) 開発した解析パイプラインのスクリプトを公開し，論文としてまとめる。
(2) 沖縄科学技術大学院大学・マリンゲノミックスユニット (前所属) で解読された全タンパク質遺伝子配列を、開発した解析パイプラインで分析する。
|
Report
(2 results)
Research Products
(3 results)
