• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

核ゲノム解析による進化速度の速い種の系統的位置決定:尾索動物オタマボヤ類を例に

Research Project

Project/Area Number 18K06396
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related
Research InstitutionThe University of Tokyo (2020-2021)
National Institute of Genetics (2019)
Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University (2018)

Principal Investigator

井上 潤  東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 西野 敦雄  弘前大学, 農学生命科学部, 教授 (50343116)
Project Period (FY) 2018-04-01 – 2023-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2020: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords全タンパク質遺伝子解析パイプライン / トランスクリプトームデータ / 遊泳性尾索動物 / トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 / 分子系統解析 / 全タンパク質遺伝子解読 / オタマボヤ / ゲノム系統解析 / 解析パイプライン / 尾索類 / 遺伝子系統樹 / トランスクリプトーム / 脊索動物
Outline of Annual Research Achievements

交付申請書に記載した目的と計画は以下である。
研究の目的:全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する.
研究実施計画:A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて,系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い,オタマボヤ類の系統的位置を推定する。
当該年度は、申請者は、ORTHOSCOPE web version (https://www.orthoscope.jp)をもとに作られたスクリプト ORTHOSCOPE* (https://github.com/jun-inoue/ORTHOSCOPE_STAR) を公開し論文として公表した (B)。解読した尾索動物 7 種のトランスクリプトームデータの解読は昨年度行行った。これらのデータは、一般公開はしていないが、すでに自身が保有するデータベース ORTHOSCOPE web version に搭載され、密な解析ができる状態にある (A)。つまり、オタマボヤの系統的位置の検証をすぐに行える (C)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

ゲノムワイドな解析が可能な ORTHOSCOPE* (star) の開発を行い、論文と発表したことが理由である。さらに、解読した尾索動物 7 種のトランスクリプトームデータをORTHOSCOPE web version に搭載したことで、コミュニティーへ大きく貢献できると期待している。

Strategy for Future Research Activity

ORTHOSCOPE* は、ゲノムに存在する全てのタンパク質遺伝子について種間解析を行える解析パイプラインである。この解析パイプラインを用いて、尾索動物のトランスクリプトームデータ (この研究で解読) と、遺伝子モデルデータ (データベースよりダウンロード) を合わせて解析を行う。

Report

(4 results)
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • 2019 Research-status Report
  • 2018 Research-status Report

Research Products

(21 results)

All 2021 2020 2019 2018 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 10 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Book (1 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] ORTHOSCOPE*: A Phylogenetic Pipeline to Infer Gene Histories from Genome-Wide Data2021

    • Author(s)
      Inoue Jun
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 39 Pages: 1-10

    • DOI

      10.1093/molbev/msab301

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Novel Mitochondrial DNA Markers for Scleractinian Corals and Generic-Level Environmental DNA Metabarcoding2021

    • Author(s)
      Shinzato Chuya、Narisoko Haruhi、Nishitsuji Koki、Nagata Tomofumi、Satoh Noriyuki、Inoue Jun
    • Journal Title

      Frontiers in Marine Science

      Volume: 8 Pages: 758207-758207

    • DOI

      10.3389/fmars.2021.758207

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A Preliminary Single-Cell RNA-Seq Analysis of Embryonic Cells That Express Brachyury in the Amphioxus, Branchiostoma japonicum2021

    • Author(s)
      Satoh Noriyuki、Tominaga Hitoshi、Kiyomoto Masato、Hisata Kanako、Inoue Jun、Nishitsuji Koki
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 9 Pages: 1-16

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.696875

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Journal Article] Commentary on ORTHOSCOPE: a web tool for genome comparisons.2021

    • Author(s)
      Inoue, J.
    • Journal Title

      Journal of Genetics and Genomes

      Volume: 5 Pages: 1-1

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of ancient viruses from metagenomic data of the Jomon people2021

    • Author(s)
      Nishimura Luca、Sugimoto Ryota、Inoue Jun、Nakaoka Hirofumi、Kanzawa-Kiriyama Hideaki、Shinoda Ken-ichi、Inoue Ituro
    • Journal Title

      Journal of human genetics

      Volume: 66 Pages: 287-296

    • DOI

      10.1038/s10038-020-00841-6

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] dbCNS: A New Database for Conserved Noncoding Sequences2020

    • Author(s)
      Inoue Jun、Saitou Naruya
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 38 Pages: 1665-1676

    • DOI

      10.1093/molbev/msaa296

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Eighteen Coral Genomes Reveal the Evolutionary Origin of Acropora Strategies to Accommodate Environmental Changes2020

    • Author(s)
      Shinzato Chuya、Khalturin Konstantin、Inoue Jun、Zayasu Yuna、Kanda Miyuki、Kawamitsu Mayumi、Yoshioka Yuki、Yamashita Hiroshi、Suzuki Go、Satoh Noriyuki
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 38 Pages: 16-30

    • DOI

      10.1093/molbev/msaa216

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phylogenetic Analyses of Glycosyl Hydrolase Family 6 Genes in Tunicates: Possible Horizontal Transfer2020

    • Author(s)
      Kun-Lung Li, Keisuke Nakashima, Jun Inoue, and Noriyuki Satoh
    • Journal Title

      Genes

      Volume: 11 Pages: 937-937

    • DOI

      10.3390/genes11080937

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] An Investigation into the Genetic History of Japanese Populations of Three Starfish, Acanthaster planci, Linckia laevigata, and Asterias amurensis, Based on Complete Mitochondrial DNA Sequences2020

    • Author(s)
      Inoue Jun、Hisata Kanako、Yasuda Nina、Satoh Noriyuki
    • Journal Title

      G3 Genes|Genomes|Genetics

      Volume: 10 Pages: 2519-2528

    • DOI

      10.1534/g3.120.401155

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ORTHOSCOPE Analysis Reveals the Presence of the Cellulose Synthase Gene in All Tunicate Genomes but Not in Other Animal Genomes2019

    • Author(s)
      Jun Inoue, Keisuke Nakashima, and Noriyuki Satoh
    • Journal Title

      Genes

      Volume: 10 Pages: 294-294

    • DOI

      10.3390/genes10040294

    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] ORTHOSCOPE: An Automatic Web Tool for Phylogenetically Inferring Bilaterian Orthogroups with User-Selected Taxa2019

    • Author(s)
      Inoue Jun、Satoh Noriyuki
    • Journal Title

      Molecular Biology and Evolution

      Volume: 36 Pages: 621-631

    • DOI

      10.1093/molbev/msy226

    • Related Report
      2018 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] dbCNS: 進化的に保存された非コード配列の新たなデータベース2021

    • Author(s)
      井上 潤、斎藤成也
    • Organizer
      日本動物学会オンライン米子大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Using dbCNS, a database of conserved noncoding sequences2021

    • Author(s)
      井上 潤
    • Organizer
      遺伝研共同研究会「日本列島人の起源と成立をゲノム情報から探る」
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] dbCNS: a new database for conserved non-coding sequencess2021

    • Author(s)
      Inoue, J.
    • Organizer
      Genome Concept Centennial Symposium
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 脊椎動物の頭部筋肉に特異的なミオシン重鎖遺伝子MYH16 の起源と進化2020

    • Author(s)
      西野純子、井上 潤、神田真司、西野敦雄
    • Organizer
      日本動物学会・東北支部大会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 縄文人由来 DNA を用いた古代微生物の配列解析2020

    • Author(s)
      西村瑠佳、杉本竜太、井上 潤、中岡博史、神澤秀明、篠田謙一、井ノ上逸郎
    • Organizer
      日本進化学会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 種の系統樹に基づいて左右相称動物のオーソログを判定するウェブツールの開発.2018

    • Author(s)
      井上 潤,佐藤 矩行.
    • Organizer
      日本動物学会 第89 回大会 (代替)
    • Related Report
      2018 Research-status Report
  • [Book] ヒトゲノム事典2021

    • Author(s)
      井ノ上 逸朗, 今西 規, 河村 正二, 斎藤 成也, 颯田 葉子, 田嶋 敦
    • Total Pages
      448
    • Publisher
      一色出版
    • ISBN
      9784910389127
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Remarks] ORTHOSCOPE*

    • URL

      https://github.com/jun-inoue/ORTHOSCOPE_STAR

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Remarks] ORTHOSCOPE

    • URL

      https://github.com/jun-inoue/orthoscope

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Remarks] dbCNS

    • URL

      https://github.com/jun-inoue/dbCNS

    • Related Report
      2021 Research-status Report

URL: 

Published: 2018-04-23   Modified: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi