核ゲノム解析による進化速度の速い種の系統的位置決定：尾索動物オタマボヤ類を例に
| Project/Area Number |
18K06396
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Section | 一般 |
|---|
| Review Section |
Basic Section 45030:Biodiversity and systematics-related
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo (2020)
National Institute of Genetics (2019)
Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University (2018) |
|---|
Principal Investigator |
井上 潤 東京大学, 大気海洋研究所, 助教 (10596779)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
西野 敦雄 弘前大学, 農学生命科学部, 准教授 (50343116)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2018-04-01 – 2022-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2020)
|
| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2020: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2019: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
|
|---|
| Keywords | トランスクリプトームデータ。 / 全タンパク質遺伝子解析パイプライン。 / 遊泳性尾索動物 / 分子系統解析 / 全タンパク質遺伝子解読 / オタマボヤ / ゲノム系統解析 / 解析パイプライン / 尾索類 / 遺伝子系統樹 / トランスクリプトーム / 脊索動物 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
交付申請書に記載した目的と計画は以下。
研究の目的：全遺伝子系統樹を推定する解析パイプラインによって進化速度の均質な遺伝子を選び出す分析法を開発する．
研究実施計画：A. 遊泳性尾索動物のトランスクリプトームデータの解読。B. 独自に開発した解析パイプラインを尾索動物の解析に対応させて，系統推定マーカーの選定を行う。C. 得られた系統推定マーカーを用いて尾索動物の系統解析を行い，オタマボヤ類の系統的位置を推定する。
当該年度は、解読した尾索動物 7 種のトランスクリプトームデータの解読を行い、データのアッセンブルを終えた。データは、すでに解析できる段階に入っている。つまりこれらのデータは、一般公開はしていないが、すでに自身が保有するデータベース ORTHOSCOPE web version (https://www.orthoscope.jp) に搭載され、密な解析ができる状態にある (A)。これに加えて、申請者は、ダウンロードして用いることで全タンパク質遺伝子の解析が可能な ORTHOSCOPE* (star) の開発をほぼ終え、論文にする段階に到達している (B)。つまり、オタマボヤの系統的位置の検証をすぐに行える状態に達している (C)。
さらには、ORTHOSCOPE web version の解析を行う Commentary を出版した。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
解読した尾索動物 7 種のトランスクリプトームデータのアッセンブルを、予想外に早く終えることができたことが、まずあげられる。さらに、データを ORTHOSCOPE web version に搭載したことで、コミュニティーへ大きな貢献が期待できる。さらに、ゲノムワイドな解析が可能な ORTHOSCOPE* (star) の開発をほぼ終えたことは、収穫であった。
|
| Strategy for Future Research Activity |
ゲノムに存在する全てのタンパク質遺伝子について種間解析を行える解析パイプライン ORTHOSCOPE* (star) の開発を行い、論文としてまとめる。この解析パイプラインを用いて、尾索動物のトランスクリプトームデータ (この研究で解読) と、遺伝子モデルデータ (データベースよりダウンロード) を合わせて解析を行う。
|
Report
(3 results)
Research Products
(13 results)
