Micobiota in colorectal tumor molecular subtype

• Project/Area Number: 18K07276
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
• Research Institution: Fujita Health University
• Principal Investigator: 田原 智満 藤田医科大学, 医学部, 講師 (80533968)
• Project Period (FY): 2018-04-01 – 2022-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2018)
• Budget Amount: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000); Fiscal Year 2021: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2020: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2019: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2018: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
• Keywords: 大腸腫瘍 / ゲノムDNA / 細菌ゲノム解析 / 遺伝子変異 / 遺伝子メチル化 / 腸内細菌 / 分子サブタイプ

Outline of Annual Research Achievements

大腸腫瘍初期病変である腺腫病変(n=250)の腫瘍部・背景粘膜に関して、内視鏡切除材料由来の組織サンプルよりゲノムDNAを抽出した。また、それらの症例に関する臨床情報（性、年齢、病変サイズ、肉眼形態、部位、病理結果）を取得した。抽出したゲノムDNAは遺伝子変異解析、メチル化解析を念頭に濃度調整を行い、一部をバイサルファイト反応を行い凍結保存している。細菌ゲノム解析の候補であるFusobacterium nucleatumに関して、リアルタイムPCRのプライマーを作成し、実験条件を確認した。候補遺伝子変異であるKRAS(EXON2）APC（EXON15） BRAF(V600E)に関して、プライマーをデザインし、実験条件を確認した。候補遺伝子メチル化であるMINTs, MLH1,などに関して、プライマーをデザインし、実験条件を確認した。現在は対象サンプルのDNA抽出、一部のバイサルファイト反応が行われたのみであり、大部分の実験が未施行の状況である。本研究の目的は大腸腫瘍初期病変の分子サブタイプごとの細菌プロファイルを行い、異なる大腸腫瘍の分子サブタイプを規定しうる細菌の同定を行い、さらに、因果関係を評価するために動物モデルを用い感染実験を行うことであり、当初の目的に比し遅れていると判断される。次年度に関しては収集した大腸腫瘍サンプルに関して、候補遺伝子解析をもとにした、分子サブタイプによる分類、細菌解析として、候補であるFusobacterium nucleatumに加え、セレクトしたサンプルに関して、次世代シークエンサーを用いた網羅的細菌解析を行う予定である。まずは、異なる大腸腫瘍の分子サブタイプを規定しうる細菌の同定～動物モデルを用い感染実験へつながる知見を得たいと考えている。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

現在は対象サンプルのDNA抽出、一部のバイサルファイト反応が行われたのみであり、大部分の実験が未施行の状況である。本研究の目的は大腸腫瘍初期病変の分子サブタイプごとの細菌プロファイルを行い、異なる大腸腫瘍の分子サブタイプを規定しうる細菌の同定を行い、さらに、因果関係を評価するために動物モデルを用い感染実験を行うことであり、当初の目的に比し遅れていると判断される。

Strategy for Future Research Activity

収集した大腸腫瘍サンプルに関して、候補遺伝子解析をもとにした、分子サブタイプによる分類を行う。また、細菌解析として、候補であるFusobacterium nucleatumに加え、セレクトしたサンプルに関して、次世代シークエンサーを用いた網羅的細菌解析を行う。
異なる大腸腫瘍の分子サブタイプを規定しうる細菌の同定～動物モデルを用い感染実験へつながる知見を得たいと考えている。