ファイトプラズマのマイクロアレイ解析系の開発-ホストスイッチング機構解明に向けて
Project/Area Number |
19658016
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Exploratory Research
|
Allocation Type | Single-year Grants |
Research Field |
Plant pathology
|
Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
難波 成任 The University of Tokyo, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (50189221)
|
Project Period (FY) |
2007 – 2008
|
Project Status |
Completed (Fiscal Year 2008)
|
Budget Amount *help |
¥3,400,000 (Direct Cost: ¥3,400,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,600,000 (Direct Cost: ¥1,600,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,800,000 (Direct Cost: ¥1,800,000)
|
Keywords | ファイトプラズマ / ポストゲノム / マイクロアレイ / 細胞内寄生 |
Research Abstract |
ファイトプラズマはヨコバイなどの昆虫により伝搬され、700種以上の植物に病気を引き起こす農業上重要な植物病原細菌であり、約40年前に世界に先駆け我が国で最初に発見された微生物である。我々は2004年にファイトプラズマのゲノムを解読し(Oshima et al., Nature Genetics, 2004)、ファイトプラズマが代謝関連遺伝子の多くを失い、代わりに代謝物質の多くを宿主に依存した生活を送る生物であることを明らかにした。ファイトプラズマはヨコバイなどの昆虫によって媒介されて感染を拡大させる。植物と昆虫という異なる2界の宿主への感染を成立させるメカニズムは非常に興味深いのみならず、ファイトプラズマの防除という観点からも重要である。これを解明する手法の1つは、ファイトプラズマのマイクロアレイ解析を行い、ホストスイッチングに伴う遺伝子変動を網羅的に解析することである。 ファイトプラズマのフイクロアレイ解析に向けて、昨年度はゲノムにコードされる遺伝子の選抜とPCR増幅を行いプローブ部付を決定したので、今年度はマイクロアレイの作製を行った。ファイトプラズマゲノムにコードされる全754 ORFのうち、重複遺伝子を除いた583 0RFをPCR増幅し、これを用いてマクロアレイのチップを試作し、解析を試みた。ハイブリダイズさせるRNAとして、ファイトプラズマ感染植物および感染昆虫より抽出したものを用いた。その結果、植物と昆虫宿主とで発現量が大きく変動している遺伝子が多数認められ、10倍以上の極端な発現量の差がある遺伝子も少数ながら認められた。このことは、ファイトプラズマが自身の遺伝子発現を変化させることにより、異なる生物界の宿主に適応していることを改めて強く示唆している。 このマクロアレイの結果を検証するために、リアルタイムPCRを用いたRNAの定量的解析を試みた。植物および昆虫宿主内において発現量が大きく異なっているファイトプラズマ遺伝子を4つ選び、これについてリアルタイムPCR用のプライマーを設計し、マクロアレイにおいてハイブリダイスさせたものと同じRNAをテンプレートとして用い、リアルタイムPCRを行った。その結果、すべてについてマクロアレイの結果と同一の結果が得られたことから、マクロアレイによる結果の正当性が確認された。
|
Report
(2 results)
Research Products
(30 results)
-
-
-
[Journal Article] Heterogeneic dynamics of the structures of multiple gene clusters in two pathogenetically different lines originating from the same phytoplasma.2008
Author(s)
Arashida, R., Kakizawa, S., Hoshi, A., Ishii, Y., Jung, H.Y., Kagiwada, S., Yamaji, Y., Oshima, K. & Namba, S.
-
Journal Title
DNA and Cell Biology 27
Pages: 209-217
Related Report
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Cloning and characterization of the antigenic membrane protein (AMP) gene and in situ detection of AMP from malformed flowersinfected with Japanese Hydrangea phyllcdy phytoplasma.2008
Author(s)
Arashida, R., Kakizawa, S., Ishii, Y., Hoshi, A., Jung, H.Y., Kagiwada, S., Yamaji, Y., Oshima, K.& Namba, S.
-
Journal Title
Related Report
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
[Presentation] Positive selection acting on a surface membrane protein of phytoplasma.2007
Author(s)
Kakizawa, S., Ishii, Y., Hoshi, A., Jung, HY., Oshima, K., Namba, S.
Organizer
3rd Meeting of the Asian Organization for Mycoplasmology
Place of Presentation
Korea
Related Report