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プロテオミックス的手法を用いた薬剤作用解析システムの構築

Research Project

Project/Area Number 19658047
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Bioproduction chemistry/Bioorganic chemistry
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

室井 誠  The Institute of Physical and Chemical Research, 化合物ライブラリー評価研究チーム, 先任研究員 (30261168)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川谷 誠  独立行政法人理化学研究所, 長田抗生物質研究室, 協力研究員 (50391925)
Project Period (FY) 2007 – 2009
Project Status Completed (Fiscal Year 2009)
Budget Amount *help
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2009: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
Keywordsproteomic analysis / small molecule / target protein / 2D-DIGE / proteome analysis / target Protein / プロテオミクス / 阻害剤 / 標的分子 / プロテオーム解析 / HeLa細胞 / クラスター解析
Research Abstract

昨年度に続き、薬剤標的を同定することを目的として、プロテオミックスを応用した薬剤解析システムの構築を行なった。本システムでは、二次元電気泳動を行なった全てのゲルで検出されるスポットを解析対象にするように解析系をデザインした。しかし、比較薬剤数を多くする為に解析するゲルの数が増えた場合に、現在の手法では、全てのスポットデータを欠損無く得ることが難しい為に、本方法では比較に用いることのできるスポットが減少することがわかった。そこで、約40枚のゲルを用いて再現性よく検出できた約300スポットを選出し、これらのスポットについてゲルのゆがみを補正する英国Nonlinear Dynamics社製Progenesis Same Spotsを用いることによって欠損値の無いデータを得ることした。これらのスポットを用いてクラスター解析を行なったところ、以前の方法に比べ比較できるスポットが少なくなることによるクラスタリングの精度の低下を抑制する良好な結果が得られた。これを基にデータベースシステムの変更を行った。本システムのデータベースとなる、既知化合物の解析を行ない、以前解析を行なったデータも再度スポットの定量を行ないデータベースに登録し、システム再構築した。解析のために選択したスポットのうち、いくつかの未同定のスポットの同定を行い解析時に利用できるようにシステムに登録した。クラスター解析を行ない、検討した阻害剤が作用によって分類できることを確認した。

Report

(3 results)
  • 2009 Annual Research Report
  • 2008 Annual Research Report
  • 2007 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2009 2008 2007

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (2 results)

  • [Journal Article] Polo-like kinase 1 phosphorylates and regulates Bcl-xL during pironetin-induced apoptosis2009

    • Author(s)
      Tamura, Y.
    • Journal Title

      Oncogene 28

      Pages: 107-116

    • Related Report
      2009 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The identification of an osteoclastogenesis inhibitor through the inhibition of glyoxalase I2008

    • Author(s)
      Kawatani, M.
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA 105

      Pages: 11691-11696

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Requirement of the conserved, hydrophobic C-terminus region for the activation of heparanase2008

    • Author(s)
      Lai, N. S.
    • Journal Title

      Exp. Cell Res. 314

      Pages: 2834-2845

    • Related Report
      2008 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Involvement of disuldide bond formation in the activation of heparanase.2007

    • Author(s)
      Simizu, S. et. al.
    • Journal Title

      Cancer Research 67

      Pages: 7841-7849

    • Related Report
      2007 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 薬剤処理HeLa細胞のプロテオームプロファイリングシステムの拡張2009

    • Author(s)
      室井誠, 野田和恵, 近藤久恵, 仲田優子, 星元紀, 長田裕之
    • Organizer
      日本農芸化学会
    • Place of Presentation
      福岡市 福岡国際会議場
    • Related Report
      2009 Annual Research Report
  • [Presentation] GUT-70、並びに、誘導体BNS-22のプロテオミクスを用いた作用標的解析2008

    • Author(s)
      室井誠, 風見紗弥香, 高山浩, 川谷誠, 木村晋也, 前川平, 長田裕之
    • Organizer
      第12回がん分子標的治療研究会
    • Place of Presentation
      東京都千代田区学術総合センター
    • Related Report
      2008 Annual Research Report

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Published: 2007-04-01   Modified: 2016-04-21  

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