| Project/Area Number |
19658047
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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| Allocation Type | Single-year Grants |
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| Research Field |
Bioproduction chemistry/Bioorganic chemistry
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| Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
室井 誠 The Institute of Physical and Chemical Research, 化合物ライブラリー評価研究チーム, 先任研究員 (30261168)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
川谷 誠 独立行政法人理化学研究所, 長田抗生物質研究室, 協力研究員 (50391925)
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| Project Period (FY) |
2007 – 2009
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2009)
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| Budget Amount *help |
¥3,500,000 (Direct Cost: ¥3,500,000)
Fiscal Year 2009: ¥700,000 (Direct Cost: ¥700,000)
Fiscal Year 2008: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,300,000)
Fiscal Year 2007: ¥1,500,000 (Direct Cost: ¥1,500,000)
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| Keywords | proteomic analysis / small molecule / target protein / 2D-DIGE / proteome analysis / target Protein / プロテオミクス / 阻害剤 / 標的分子 / プロテオーム解析 / HeLa細胞 / クラスター解析 |
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| Research Abstract |
昨年度に続き、薬剤標的を同定することを目的として、プロテオミックスを応用した薬剤解析システムの構築を行なった。本システムでは、二次元電気泳動を行なった全てのゲルで検出されるスポットを解析対象にするように解析系をデザインした。しかし、比較薬剤数を多くする為に解析するゲルの数が増えた場合に、現在の手法では、全てのスポットデータを欠損無く得ることが難しい為に、本方法では比較に用いることのできるスポットが減少することがわかった。そこで、約40枚のゲルを用いて再現性よく検出できた約300スポットを選出し、これらのスポットについてゲルのゆがみを補正する英国Nonlinear Dynamics社製Progenesis Same Spotsを用いることによって欠損値の無いデータを得ることした。これらのスポットを用いてクラスター解析を行なったところ、以前の方法に比べ比較できるスポットが少なくなることによるクラスタリングの精度の低下を抑制する良好な結果が得られた。これを基にデータベースシステムの変更を行った。本システムのデータベースとなる、既知化合物の解析を行ない、以前解析を行なったデータも再度スポットの定量を行ないデータベースに登録し、システム再構築した。解析のために選択したスポットのうち、いくつかの未同定のスポットの同定を行い解析時に利用できるようにシステムに登録した。クラスター解析を行ない、検討した阻害剤が作用によって分類できることを確認した。
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