Shell museomics: Experimental study to utilize museum collections
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19K21646
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 3:History, archaeology, museology, and related fields
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
スティアマルガ デフィン 和歌山工業高等専門学校, 生物応用化学科, 准教授 (50625259)
川島 武士 国立遺伝学研究所, 情報研究系, 助教 (10378531)
藤田 敏彦 独立行政法人国立科学博物館, 動物研究部, 部長 (70222263)
西秋 良宏 東京大学, 総合研究博物館, 教授 (70256197)
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| Project Period (FY) |
2019-06-28 – 2022-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
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| Keywords | 博物館 / 貝殻 / DNA / 博物館標本 / DNA抽出 / ミューゼオミクス / 博物館学 / 分類学 |
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| Outline of Research at the Start |
本研究の目的は、実験的研究を通じて、博物館に収蔵された標本の新しい活用法を模索するものである。具体的には、(1)貝殻からDNAを抽出する実験、(2)次世代シーケンサを用いて博物館の標本からDNA抽出を効率的に行うための実験、(3)様々な年代、保存状態の標本を対象としたDNAの適正な保存条件の検討を行う。本研究では、微細構造、殻層ごとに実験を行う点が特に重要である。そして、以上の結果をもとに、標本を大規模に破壊することなく博物館の古い標本からDNA情報を取得するための技術を高める。
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| Outline of Final Research Achievements |
The purpose of this study is to investigate methods to utilize museum specimens by extracting DNA from shells in museum collections. Due to their high species and morphological diversity, shells are often the subject of collections, and a vast number of specimens are stored in museums in various regions. We conducted experiments in a variety of taxa with the intention of using them for molecular phylogenetic analysis. The results of this study indicate that DNA can be extracted from shells of any species, but the extraction efficiency depends on the method. The question of why DNA can be preserved in shells is a topic for the future.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
DNA用のサンプルの保存には冷凍が理想的であるが、大量の標本を非常に長期に亘って博物館で冷凍収蔵することは現実的ではない。もし乾燥標本もDNA研究に使用することができれば、幅広い分野で博物館標本を活用できるものと期待される。
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Report
(4 results)
Research Products
(14 results)
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[Journal Article] Complete mitochondrial genome of the Pacific limpet Cellana nigrolineata (Gastropoda: Patellogastropoda) determined by shotgun sequencing using the Illumina NGS platform.2021
Author(s)
Nakashima, S., Shimizu, M., Hirota, K., Hiruta, S. F., Nakaji, N., Fujita, T., Sasaki, T. and Setiamarga, D. H. E.
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Journal Title
Mitochondrial DNA Part B
Volume: 6
Pages: 1857-1859
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Hydrophilic shell matrix proteins of Nautilus pompilius and the identification of a core set of conchiferan domains2021
Author(s)
Setiamarga, D. H. E., Hirota, K., Yoshida, M., Takeda, Y., Kito, K., Shimizu, K., Isowa, Y., Ikeo, K., Sasaki, T. and Endo, K.
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Journal Title
Genes
Volume: 12:1925
Pages: 1-16
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] Population genetic structure of the pen shell Atrina pectinata sensu lato (Bivalvia: Pinnidae) throughout East Asia2021
Author(s)
Hashimoto, K., Yamada K., Sekino, M., Kobayashi, M., Sasaki, T., Fujinami, Y., Yamamoto, M., Choi, K. and Henmi, Y.
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Journal Title
Regional Studies in Marine Science
Volume: 48: 102024
Pages: 1-12
DOI
Related Report
Peer Reviewed
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[Journal Article] DNA barcoding study of shelled gastropods in the intertidal rocky coasts of central Wakayama Prefecture, Japan, using two gene markers2019
Author(s)
Setiamarga, D. H. E., Nakaji, N., Iwamoto, S., Teruya, S. & Sasaki, T.
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Journal Title
International Journal of GEOMATE
Volume: 17
Pages: 9-16
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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