Analysis of molecular evolution of various respiratory viruses in an area of the Philippines
| Project/Area Number |
19KK0204
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| Research Category |
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 49:Pathology, infection/immunology, and related fields
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
押谷 仁 東北大学, 医学系研究科, 教授 (80419994)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
乙丸 礼乃 東北大学, 医学系研究科, 大学院非常勤講師 (00849416)
岡本 道子 東北大学, 医学系研究科, 助教 (10593981)
古瀬 祐気 京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 特定助教 (50740940)
小田切 崇 岩手医科大学, 医学部, 助教 (80770221)
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| Project Period (FY) |
2019-10-07 – 2023-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2020)
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| Budget Amount *help |
¥18,460,000 (Direct Cost: ¥14,200,000、Indirect Cost: ¥4,260,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,460,000 (Direct Cost: ¥4,200,000、Indirect Cost: ¥1,260,000)
Fiscal Year 2019: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
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| Keywords | 呼吸器ウイルス / 分子進化 / フィリピン / ウイルス学 / 疫学 |
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| Outline of Research at the Start |
呼吸器ウイルスの多くはヒトのみを宿主としており、ヒトからヒトに継続的に伝播することでウイルスが維持されていると考えられる。しかし、ウイルスがどのように維持されているかについては不明な点も多い。また、フィリピンのような熱帯・亜熱帯地域では、年間を通して呼吸器ウイルスが伝播しており、ウイルスの維持に重要な役割を果たしている可能性ある。熱帯地域に位置する小規模な島という環境で長期にわたり検出したウイルスを解析することにより、呼吸器ウイルスの地域内での伝播・維持のメカニズムについて明らかにするとともに、グローバルレベルでの呼吸器ウイルスの伝播・維持に果たす役割についても明らかにする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
家庭レベルから高次医療機関までを包括した統合的な解析によって、フィリピン・ビリラン島における呼吸器ウイルス感染症の実態を解明し、特に、さまざまなウイルスの疾病負荷や、疫学的な特徴の違いを明らかにすることができた（Clin Microbiol Infect. 2020） 。また、さまざまな呼吸器ウイルスの増殖や伝播に有利であったゲノム上の変異を同定する新規のアルゴリズ開発に成功した。メタニューもウイルス（MPV)については、ビリラン島という狭い地域において複数の遺伝子型が共存して流行していることや、RSウイルスと違い明確な季節性をもたないことが明らかになった。さらにG遺伝子に日本などでも報告されている特異な遺伝子挿入（111および180 nucleotideのInsertion）をもつ株が見いだされた。これはMPVウイルスについてもグローバルレベルでの伝播が起きていることを示唆するデータである。C型インフルエンザ（Flu C）については全ゲノムを次世代シークエンサーで解析する方法論を確立し、遺伝子解析を進めた。この結果、近年のビリラン島で検出されたFlu C株はサンパウロ系統であることが明らかになった。エンテロウイルスD68（EVD-68）については、近年検出数の増えているClade Dウイルスについての遺伝子系統的解析を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
フィリピンにおいては新型コロナウイルスの流行状況は依然として深刻であり、フィリピンへの渡航はできない状況が続いていた。しかし、これまで長年にわたり蓄積されていたさまざまな呼吸器ウイルスの検体を対象として、解析を行うことで遺伝子解析についてはおおむね当初の予定通り進展しているが、新型コロナウイルスの流行のために当初日本に送付する予定であった検体の輸送が滞ったり、現地においての追加調査ができなかったこともあり一部予算を次年度に繰り越した。
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| Strategy for Future Research Activity |
疫学・臨床データのさらなる詳細な解析を行うとともに、今後は病原体のゲノムデータも組み合わせることで、その進化様式・伝播動態・病原性メカニズムの解明を試みる予定である。
RSウイルスについて次年度では、フィリピンへの渡航が可能になれば現地での調査の再開を目指す。フィリピンへの渡航が引き続き難しい場合は、これまでに収集したデータをまとめながら研究成果に繋げていく方針である。FluCについては引き続きフィリピンにおける当該ウイルスの検出を試みるともに、検出されたFluCの全遺伝子配列を決定することで過去から現在までの進化動態の解析を試みる予定である。
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Report
(2 results)
Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Risk of transmission and viral shedding from the time of infection for Respiratory Syncytial Virus in households.2021
Author(s)
Hirono Otomaru, Johanna Beulah T. Sornillo, Taro Kamigaki, Samantha Louise P. Bado, Michiko Okamoto, Mariko Saito-Obata, Marianette T. Inobaya, Edelwisa Segubre-Mercado, Portia P. Alday, Mayuko Saito, Veronica L. Tallo, Beatriz P. Quiambao, Hitoshi Oshitani, and Alex R Cook
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Journal Title
American Journal of Epidemiology
Volume: -
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Epidemiological and clinical characteristics of children with acute respiratory viral infections in the Philippines: a prospective cohort study.2020
Author(s)
Furuse Y, Tamaki R, Suzuki A, Kamigaki T, Okamoto M, Saito-Obata M, Nakagawa E, Saito M, Segubre-Mercado E, Tallo V, Lupisan S, Oshitani H.
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Journal Title
Clin Microbiol Infect.
Volume: -
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
