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mitoTALEN法を用いた植物ミトコンドリアゲノム修復と細胞質雄性不稔の解析

Research Project

Project/Area Number 19KK0391
Research Category

Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (A))

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 39010:Science in plant genetics and breeding-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

有村 慎一  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (00396938)

Project Period (FY) 2020 – 2024
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥15,210,000 (Direct Cost: ¥11,700,000、Indirect Cost: ¥3,510,000)
Keywordsミトコンドリア / ゲノム編集 / 植物ミトコンドリア / ミトコンドリアゲノム編集
Outline of Research at the Start

植物ミトコンドリアゲノムは遺伝子組換え技術が確立されていなかったが,申請者らは最近ゲノム編集技術TALENを応用して標的遺伝子破壊に世界で初めて成功(mitoTALEN法)した.このmitoTALEN法を活かして①CMSと②ミトコンドリアゲノム修復について,各トップ研究者と共同研究を行う.また基課題は,mitoTALEN技術を応用発展させた遺伝子導入とCMS移植技術開発に挑戦している.それぞれの成果を基課題にフィードバックするとともに,開発する新たな技術も共同研究の枠組みに随時組み入れることで,技術開発のみに留まらずにこれを用いた研究を飛躍的に進め,国際貢献と先端研究ネットワーク構築を目指す.

Outline of Annual Research Achievements

フランスストラスブール大学のJose Gualberto博士とその大学院生との共同研究は順調に推移しており、植物ミトコンドリアDNAの狙った位置をゲノム編集技術で切断したのちのDNA修復について、さまざまな変異体との交配と其の後代の準備が完成し、それらのDNAの出力のさまざまな、予測内と予測外の変化が確認された。これらの結果を現地で整理するとともに、そこから生まれた新たな仮説をもとに、引き続きの新しい研究と実験計画をたて、今後の日仏での作業分担を行なって帰国した。引き続きそれぞれの国での作業を続けるとともに、フランス側で困難になっていたバイオインフォ解析について、日本側の共同研究者を新たに紹介しブレークスルーに繋がった。INRAeベルサイユでは、別の共同研究である、植物のミトコンドリアゲノムの未知ORFが引き起こす雄性不稔現象について、データ検証と論文執筆の最終段階の打ち合わせを行った。結果として標的とした遺伝子が正解であり、日本側の技術でこれを特異的に破壊することで雄性不稔現象が解消されることが明らかになり、またフランス側ではこの雄性不稔植物とその回復系統を用いて、ドイツの研究者とともに細胞内でのATP量変化などの細胞生理を詳細に行うことに成功した。後述するようにBiorRxiveとして論文公開し、年度末時点ではイギリスでの専門国際学術誌の審査-改訂-再審査中という段階にある。また、年度末に豪州の研究者2名に来日してもらい、国際シンポジウムで発表してもらうとともに共同研究、並びに植物オルガネラを標的とした、DNAゲノム編集技術とRNA編集技術について議論を行なった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

コロナによる閉鎖の間も両者でできる分担作業をやっていたことについて、直接に議論したことで、想定通り順調だった部分に加え、新しい研究課題が見つかり、議論が大変盛り上がった。引き続きの共同研究に繋がり、またJSPSのCore-to-Core事業に繋がり、また国際植物ミトコンドリア会議のフランス大会での議論の約束、並びにその次の国際会議の日本開催後押しをいただき、国際的に高い評価と日仏研究者の信頼と絆の形成につながった。また、年度末に豪州の研究者2名に来日してもらい、国際シンポジウムで発表してもらい、議論も深めることができた。

Strategy for Future Research Activity

ストラスブール大学とのDNA修復の研究は、ちょうど2024年度中に担当大学院生の学位取得を目指した論文投稿になりまとまる予定である。2024年5月末に上記国際植物ミトコンドリア会議ICPMB2024に合わせて渡仏して、発表と議論を行う。INRAeベルサイユとの共同研究はすでに研究が完了し、論文が国際誌に掲載されるか否か、引き続き論文執筆と審査過程への協調努力を行う。ICPMB2024には豪州の研究者らも参加発表するため、そこで引き続きの研究情報交換と協働を行う。

Report

(4 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2024 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (15 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Open Access: 13 results,  Peer Reviewed: 12 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] The mitochondrial<i>orf117Sha</i>gene desynchronizes pollen development and causes pollen abortion in the Arabidopsis Sha CMS2024

    • Author(s)
      Dehaene No?mie、Boussardon Cl?ment、Andrey Philippe、Charif Delphine、Brandt Dennis、Gilouppe Taillefer Cl?mence、Nietzel Thomas、Ricou Anthony、Simon Matthieu、Tran Joseph、Vezon Daniel、Camilleri Christine、Arimura Shin-ichi、Schwarzl?nder Markus、Budar Fran?oise
    • Journal Title

      BioRxive

      Volume: なし

    • DOI

      10.1101/2024.01.17.575984

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mitochondrial DNA editing in potato through mitoTALEN and mitoTALECD: molecular characterization and stability of editing events2024

    • Author(s)
      Nicolia Alessandro、Scotti Nunzia、D’Agostino Nunzio、Festa Giovanna、Sannino Lorenza、Aufiero Gaetano、Arimura Shin-ichi、Cardi Teodoro
    • Journal Title

      Plant Methods

      Volume: 20 Issue: 1

    • DOI

      10.1186/s13007-023-01124-9

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Mitochondrial genome editing of <i>WA352</i> via <scp>mitoTALENs</scp> restore fertility in cytoplasmic male sterile rice2024

    • Author(s)
      Zhou Jiawei、Nie Liyun、Zhang Shuo、Mao Hailiang、Arimura Shin-ichi、Jin Shuangxia、Wu Zhiqiang
    • Journal Title

      Plant Biotechnology Journal

      Volume: 1 Issue: 7 Pages: 1-3

    • DOI

      10.1111/pbi.14315

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Targeted A-to-G base editing in the organellar genomes of Arabidopsis with monomeric programmable deaminases2023

    • Author(s)
      Zhou Chang、Okuno Miki、Nakazato Issei、Tsutsumi Nobuhiro、Arimura Shin-ichi
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 194 Issue: 4 Pages: 2278-2287

    • DOI

      10.1093/plphys/kiad678

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A Method for Precisely Identifying Modifications to Plant Mitochondrial Genomes by mitoTALENs2023

    • Author(s)
      Kazama Tomohiko、Arimura Shin-ichi
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2615 Pages: 365-378

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2922-2_25

    • ISBN
      9781071629215, 9781071629222
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      2022 Research-status Report
  • [Journal Article] <i>orf137</i> triggers cytoplasmic male sterility in tomato2022

    • Author(s)
      Kuwabara Kosuke、Arimura Shin-ichi、Shirasawa Kenta、Ariizumi Tohru
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 未定 Issue: 2 Pages: 1-4

    • DOI

      10.1093/plphys/kiac082

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      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Targeted base editing in the mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana2022

    • Author(s)
      Issei Nakazato, Miki Okuno, Chang Zhou, Takehiko Itoh, Nobuhiro Tsutsumi, Mizuki Takenaka, Shin-ichi Arimura
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Issue: 20 Pages: 1-9

    • DOI

      10.1073/pnas.2121177119

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      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] <scp>TALEN</scp> ‐mediated depletion of the mitochondrial gene <i>orf312</i> proves that it is a Tadukan‐type cytoplasmic male sterility‐causative gene in rice2022

    • Author(s)
      Takatsuka Ayumu、Kazama Tomohiko、Arimura Shin‐ichi、Toriyama Kinya
    • Journal Title

      The Plant Journal

      Volume: 未定 Issue: 4 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1111/tpj.15715

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      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Plant genome engineering from lab to field-a Keystone Symposia report2021

    • Author(s)
      Cable J, Ronald PC, Voytas D, Zhang F, Levy AA, Takatsuka A, Arimura S, Jacobsen SE, Toki S, Toda E, Gao C, Zhu J, Boch J, Van Eck J, Mahfouz M, Andersson M, Fridman E, Weiss T, Wang K, Qi Y, Jores T, Adams T, Bagchi R
    • Journal Title

      Annals of the New York Academy of Sciences

      Volume: 1506 Issue: 1 Pages: 35-54

    • DOI

      10.1111/nyas.14675

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Targeted base editing in the plastid genome of Arabidopsis thaliana2021

    • Author(s)
      Nakazato Issei、Okuno Miki、Yamamoto Hiroshi、Tamura Yoshiko、Itoh Takehiko、Shikanai Toshiharu、Takanashi Hideki、Tsutsumi Nobuhiro、Arimura Shin-ichi
    • Journal Title

      Nature Plants

      Volume: 7 Issue: 7 Pages: 906-913

    • DOI

      10.1038/s41477-021-00954-6

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Effects of mitoTALENs-Directed Double-Strand Breaks on Plant Mitochondrial Genomes2021

    • Author(s)
      Arimura Shin-ichi
    • Journal Title

      Genes

      Volume: 12 Issue: 2 Pages: 153-153

    • DOI

      10.3390/genes12020153

    • Related Report
      2021 Research-status Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Investigating the mitochondrial genomic landscape of Arabidopsis thaliana by long-read sequencing2021

    • Author(s)
      Bansho Masutani, Shin-ichi Arimura, Shinichi Morishita
    • Journal Title

      PLOS Computational Biology

      Volume: 17 Issue: 1 Pages: e1008597-e1008597

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1008597

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] FMT, a protein that affects mitochondrial distribution, interacts with translation-related proteins in Arabidopsis thaliana2021

    • Author(s)
      Ayabe Hiroki、Kawai Narumi、Shibamura Mitsuhiro、Fukao Yoichiro、Fujimoto Masaru、Tsutsumi Nobuhiro、Arimura Shin-ichi
    • Journal Title

      Plant Cell Reports

      Volume: 40 Issue: 2 Pages: 327-337

    • DOI

      10.1007/s00299-020-02634-9

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      2021 Research-status Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Recent advances and perspectives in plant mitochondrial biology for plant breeding2020

    • Author(s)
      Kubo Tomohiko、Arakawa Takumi、Kitazaki Kazuyoshi、Kazama Tomohiko、Takenaka Mizuki、Sakamoto Wataru、Ishihara Naotada、Nakamura Takahiro、Niikura Satoshi、Arimura Shin-ichi、Handa Hirokazu、Koizuka Nobuya
    • Journal Title

      Breeding Research

      Volume: 22 Issue: 1 Pages: 87-94

    • DOI

      10.1270/jsbbr.22.W05

    • NAID

      130007869258

    • ISSN
      1344-7629, 1348-1290
    • Year and Date
      2020-06-01
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Targeted gene disruption of ATP synthases 6‐1 and 6‐2 in the mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana by mitoTALENs2020

    • Author(s)
      Arimura Shin‐ichi、Ayabe Hiroki、Sugaya Hajime、Okuno Miki、Tamura Yoshiko、Tsuruta Yu、Watari Yuta、Yanase Shungo、Yamauchi Takaki、Itoh Takehiko、Toyoda Atsushi、Takanashi Hideki、Tsutsumi Nobuhiro
    • Journal Title

      The Plant Journal

      Volume: 104 Issue: 6 Pages: 1459-1471

    • DOI

      10.1111/tpj.15041

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 植物ミトコンドリアのゲノム編集2021

    • Author(s)
      有村慎一
    • Organizer
      植物生理学会
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      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] mitoTALEN法による標的遺伝子破壊から垣間見えた植物ミトコンドリアゲノムの修復尾維持機構と特徴2020

    • Author(s)
      有村慎一
    • Organizer
      分子生物学会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 植物ゲノムの編集方法2021

    • Inventor(s)
      有村慎一、
    • Industrial Property Rights Holder
      有村慎一、
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2021
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Overseas

URL: 

Published: 2020-02-06   Modified: 2024-12-25  

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