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胃癌におけるクロマチン構造異常による癌化機構の解明

Research Project

Project/Area Number 19KK0415
Research Category

Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (A))

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 43050:Genome biology-related
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

岡部 篤史  千葉大学, 大学院医学研究院, 助教 (80778118)

Project Period (FY) 2020 – 2021
Project Status Granted (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥15,210,000 (Direct Cost: ¥11,700,000、Indirect Cost: ¥3,510,000)
Keywordsクロマチン構造 / 胃癌
Outline of Annual Research Achievements

本国際共同研究では、高度なクロマチン構造解析を可能とし、癌ウイルス感染に伴うゲノムワイドなクロマチン構造変化を詳細に同定する。対象を癌ウイルス感染による胃癌だけでなく、胃癌全体に拡大し、胃癌におけるエピゲノム異常及びクロマチン構造異常を統合的に解析することにより、胃癌の各分子サブタイプとエピゲノム異常、クロマチン構造異常との関連を明らかにし、胃癌の癌化・癌悪性化メカニズムを解明する。
これまでに、胃正常上皮細胞株2例、胃癌細胞株15例を用いてHi-C法によるクロマチン構造解析を行い、クロマチン構造変化による層別化を行った。これにより、Epstein-Barrウイルス(EBV)陽性胃癌特異的なクロマチン構造変化を同定した。更にEBV陰性胃癌についても更にクロマチン構造変化で2群に分かれることを明らかにした。更に、胃癌臨床検体について、EBV陰性胃癌サンプル1例、EBV陽性胃癌サンプル1例についてもHi-C法を行い、解析を進めている。
更にIn vitroでのEBV感染系を用いて、ウイルス感染前後におけるHi-C法によるクロマチン構造データを取得し、解析を進めている。特にクロマチンの活性状態と相関するコンパートメント変化、転写制御機構の理解に重要なドメイン構造変化を同定した。
また、胃癌におけるこれまでのゲノム異常のデータから高頻度での変異が報告されているARID1aについて、ノックアウト細胞の樹立とHi-C法によるクロマチン構造のデータを取得した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

新型コロナウイルスの世界的蔓延により、現時点で渡航が難しく、渡航時期の目途も立っていない。新型コロナの状況が改善し次第、渡航を行いたい。
しかしながら、可能な範囲で国際共同研究を進めるため、国内で取得可能なデータについて取得を進めている。また、Zoomによるweb会議によりディスカッションを進め、データ解析についても進めている。

Strategy for Future Research Activity

コロナ禍によって渡航が困難であったため、国内でのデータ取得を進め、更にweb会議でのディスカッションによるデータ解析を進めている。
今後の研究の方向性として、クロマチン構造変化により層別化された胃癌サブタイプごとに特徴的に変化しているゲノム領域の抽出と、これまでの共同研究により得られたエピゲノムデータを統合解析を進め、クロマチン構造異常誘導機構の解明につなげたい。
更に、胃癌において高頻度な変異が報告されているARID1aなどのエピゲノム・クロマチン構造関連因子についてノックアウトによるクロマチン構造異常、エピゲノム異常を統合解析し、癌化メカニズムの理解につなげていきたい。

Report

(1 results)
  • 2020 Research-status Report

Research Products

(7 results)

All 2021 2020

All Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Cross-species chromatin interactions drive transcriptional rewiring in Epstein-Barr virus-positive gastric adenocarcinoma2020

    • Author(s)
      Okabe Atsushi, Huang Kie Kyon, Matsusaka Keisuke, Fukuyo Masaki, Xing Manjie, Ong Xuewen, Hoshii Takayuki, Usui Genki, Seki Motoaki, Mano Yasunobu, Rahmutulla Bahityar, Kanda Teru, Suzuki Takayoshi, Rha Sun Young, Ushiku Tetsuo, Fukayama Masashi, Tan Patrick, Kaneda Atsushi
    • Journal Title

      Nat Genet

      Volume: 52 Pages: 919-930

    • DOI

      10.1038/s41588-020-0665-7

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Epstein‐Barr virus positive gastric cancer involves enhancer activation through ATF32020

    • Author(s)
      Asakawa Yuta、Okabe Atsushi、Fukuyo Masaki、Li Wenzhe、Ikeda Eriko、Mano Yasunobu、Funata Sayaka、Namba Hiroe、Fujii Takahiro、Kita Kazuko、Matsusaka Keisuke、Kaneda Atsushi
    • Journal Title

      Cancer Sci.

      Volume: 00 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1111/cas.14370

    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ウイルスがもたらすヘテロクロマチン破綻と 新たなエピジェネティック発癌機構「エンハンサー侵襲」の発見2021

    • Author(s)
      岡部篤史、Kie Kyon Huang、松坂恵介、福世真樹、星居孝之、臼井源紀、 関元昭、眞野恭伸、Bahityar Rahmutulla、神田輝、鈴木孝禎、牛久哲男、 深山正久、Patrick Tan、金田篤志
    • Organizer
      第14回日本エピジェネティクス研究会年会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] CHROMATIN REWIRING BY ONCOVIRUS INFECTION THROUGH THE NOVEL MECHANISM ”ENHANCER INFESTATION” IN GASTRIC ADENOCARCINOMA2021

    • Author(s)
      Atsushi Okabe, Kie Kyon Huang, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Takayuki Hoshii, Bahityar Rahmutulla, Manjie Xing, Xuewen Ong, Patrick Tan, Atsushi Kaneda
    • Organizer
      15th Asian Epigenomics Meeting
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] (イ)Heterochromatin reprogramming and chromatin structural rewiring induced by oncovirus infection in gastric adenocarcinoma2020

    • Author(s)
      (エ)Atsushi Okabe, Kie Kyon Huang, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Bahityar Rahmutulla, Takayuki Hoshii, Patrick Tan, Atsushi Kaneda
    • Organizer
      第31回日本消化器癌発生学会総会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] Chromatin Structural Aberrations due to oncovirus infection activate neighboring oncogenes through enhancer activation2020

    • Author(s)
      Atsushi Okabe, Kie Kyon Huang, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Bahityar Rahmutulla, Patrick Tan, Atsushi Kaneda
    • Organizer
      第79回日本癌学会学術総会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Heterochromatin disruption and chromatin structural rewiring in gastric adenocarcinoma infected by Epstein-Barr virus2020

    • Author(s)
      Atsushi Okabe, Kie Kyon Huang, Keisuke Matsusaka, Masaki Fukuyo, Bahityar Rahmutulla, Patrick Tan, Atsushi Kaneda
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Meeting Epigenetics and Chromatin
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2020-02-06   Modified: 2021-12-27  

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