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New development of spatio-temporal molecular programming

Research Project

Project/Area Number 20H00618
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Medium-sized Section 62:Applied informatics and related fields
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

村田 智  東北大学, 工学研究科, 教授 (10334533)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川又 生吹  京都大学, 理学研究科, 准教授 (30733977)
安部 桂太  東北大学, 工学研究科, 特任助教 (00982860)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥44,200,000 (Direct Cost: ¥34,000,000、Indirect Cost: ¥10,200,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2020: ¥23,530,000 (Direct Cost: ¥18,100,000、Indirect Cost: ¥5,430,000)
Keywords空間分子プログラミング / DNAコンピューティング / 反応拡散系 / マテリアライゼーション / 時空間分子プログラミング / DNAコンピューティング
Outline of Research at the Start

本研究では,分子プログラミングの技術をもちいて,生物が実現しているような自由自在な化学反応場の時空間制御を実現する.近年,人工的な反応拡散系によるパターン形成の研究が注目を集めているが,分子の拡散を制御するという観点が欠けているためできたパターンがすぐに散逸してしまうという問題や,できたパターンを機能化するための方法論がないといった問題があり,応用に結び付いていない.そこで本研究では,化学反応場において分子の拡散を積極的に制御する方法,および,できたパターンから物理化学的機能を引き出す方法を開発することにより,こうした問題を解決し,時空間分子プログラミングの基盤技術を確立する.

Outline of Annual Research Achievements

本研究では,(1)時空間分子プログラミングに適した反応系の設計,(2)形成したパターンの物質化,(3)シミュレーションモデルの構築の3つを研究目的としている.
今年度,(1)の時空間プログラミングに適した反応系の設計,および(2)の形成したパターンの物質化については,ゾル中の反応拡散パターン形成実験を行い,波打ちや霧散などの特徴的な動的パターンの生成条件を絞り込むと同時に,生成された動的パターンの物性測定に取組んだ.また,新たな試みとして反応場中のDNA分子に電場を印加することにより積極的にパターンを形成する手法の開発に着手した.これまでに,予備的な流路形状の設計,泳動条件の検討,反応系の設計などを行い,スケーラブルなシステム構築が可能であるという感触を得ている.(3)のシミュレーションモデルの構築については,前述の電場駆動反応拡散場のスケーラブルな拡張可能性について数理的な検討を行った.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

動的パターンの形成現象について,さまざまな観点からの評価を勧めるとともに,より積極的なパターン形成の方法として電場駆動の検討に着手し,スケーラブルな反応系構築に向けた手掛かりを得ることができたため.

Strategy for Future Research Activity

動的なパターン現象について,今後は,マイクロビーズなどの微粒子を系に混入することで,より精密な計測を行い,反応,拡散および移流のそれぞれの効果について定量的に評価し,動的反応拡散現象のモデル化に取り組む.また,能動的に動くエージェント,例えば電場駆動ヤヌス粒子や分子モーターなどをゲル中に封入し,その挙動をDNAによってプログラムし制御する方法の開発にも取り組む.あわせて,電場駆動反応拡散系の実証を目指し,複数の反応槽での反応拡散生成物をマイクロ流路により分離統合した反応拡散システムを構築する技術の開発に取り組む.

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Comments on the Screening Results   Annual Research Report
  • Research Products

    (25 results)

All 2024 2023 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results) Book (3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ソルボンヌ大学(Jean Perrin Laboratory)(フランス)

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    • Author(s)
      Morita Masamune、Sakamoto Tetsuro、Nomura Shin‐ichiro M.、Murata Satoshi、Yanagisawa Miho、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Advanced Materials Interfaces

      Volume: 11 Issue: 13 Pages: 2300898-2300898

    • DOI

      10.1002/admi.202300898

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    • Author(s)
      Matsubayashi Hideaki T.、Mountain Jack、Takahashi Nozomi、Deb Roy Abhijit、Yao Tony、Peterson Amy F.、Saez Gonzalez Cristian、Kawamata Ibuki、Inoue Takanari
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 15 Issue: 1 Pages: 1-16

    • DOI

      10.1038/s41467-024-46855-y

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    • Author(s)
      Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Yuki Suzuki
    • Journal Title

      JACS Au

      Volume: To appear Issue: 5 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00091

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  • [Journal Article] From Molecular Robotics to Molecular Cybernetics: The First Step Toward Chemical Artificial Intelligence2023

    • Author(s)
      Kuzuya Akinori、Nomura Shin-Ichiro M.、Toyota Taro、Nakakuki Takashi、Murata Satoshi
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Molecular, Biological and Multi-Scale Communications

      Volume: 9 Issue: 3 Pages: 354-363

    • DOI

      10.1109/tmbmc.2023.3304243

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chemo-mechanical forces modulate the topology dynamics of mesoscale DNA assemblies2023

    • Author(s)
      Karna Deepak、Mano Eriko、Ji Jiahao、Kawamata Ibuki、Suzuki Yuki、Mao Hanbin
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 6459-6459

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41604-z

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  • [Journal Article] Collective Cargo Transport and Sorting with Molecular Swarms2023

    • Author(s)
      Aubert-Kato Nathanael、Nitschke Geoff、Kawamata Ibuki、Kakugo Akira
    • Journal Title

      ALIFE 2023

      Volume: -

    • DOI

      10.1162/isal_a_00593

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  • [Journal Article] Web Server with a Simple Interface for Coarse-grained Molecular Dynamics of DNA Nanostructures2021

    • Author(s)
      Yudai Yamashita, Kotaro Watanabe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • Journal Title

      Chem-Bio Informatics Journal

      Volume: 21 Issue: 0 Pages: 28-38

    • DOI

      10.1273/cbij.21.28

    • NAID

      130008031759

    • ISSN
      1347-0442, 1347-6297
    • Year and Date
      2021-04-30
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      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 25 Issue: 25 Pages: 6160-6167

    • DOI

      10.1039/d1sm00296a

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Autonomous control of assembling and disassembling of microtubules by DNA2024

    • Author(s)
      Ibuki Kawamata
    • Organizer
      Seminar at The Institute of Intelligent Systems and Robotics (ISIR), Paris, France
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 分子ロボティクス2023

    • Author(s)
      川又生吹
    • Organizer
      CBI学会2023大会  口頭発表 O08
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  • [Presentation] 人工生体分子で脂質膜間通信を目指す2023

    • Author(s)
      川又生吹, 佐藤 佑介, 小宮 健, 多田隈 尚史, 豊田 太郎
    • Organizer
      CBI学会2023大会 フォーカストセッション FS07
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  • [Presentation] 分岐したDNAモチーフを用いたゾル媒体中でのパターン形成2022

    • Author(s)
      緒方寛,安部桂太,川又生吹,村田智
    • Organizer
      第6回分子ロボティクス年次大会
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  • [Presentation] Pattern formation in sol media using branched DNA motifs2022

    • Author(s)
      Hiroshi Ogata, Keita Abe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • Organizer
      CBI学会2022年大会
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  • [Presentation] Cascaded pattern formation in DNA based Reaction-diffusion system2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • Organizer
      FNANO 2021: 18th Annual Conference Foundations of Nanoscience
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cascaded Pattern Formation in DNA-based Reaction-Diffusion System2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • Organizer
      DNA27: International Conference on DNA computing and Molecular Programming
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA-based reaction-diffusion system for cascaded pattern formation2021

    • Author(s)
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
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      第59回日本生物物理学会年会
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      第4回分子ロボティクス年次大会(併催分子ロボット倫理シンポジウム)
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      安部 桂太, 川又生吹, 村田 智
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      SICE分子ロボティクス研究会第2回オンライン定例研究会
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      安部桂太
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      第3回 非線形科学オンライン研究会(若手の会)
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    • Author(s)
      Keita ABE, Ibuki KAWAMATA, Shin-ichiro M. NOMURA, and Satoshi MURATA
    • Organizer
      26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
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  • [Book] Visions of DNA Nanotechnology at 40 for the Next 40: A Tribute to Nadrian C. Seeman2023

    • Author(s)
      Satoshi Murata (Editors: Natasha Jonoska, Erik Winfree)
    • Total Pages
      431
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      9789811998904
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    • Author(s)
      川又生吹, 清水 稜, Richard J. Archer, 野村 M. 慎一郎(第10章5節)
    • Total Pages
      545
    • Publisher
      技術情報協会
    • ISBN
      9784861049941
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Book] Molecular Robotics -An Introduction2022

    • Author(s)
      Satoshi Murata (Editor)
    • Total Pages
      296
    • Publisher
      Springer
    • ISBN
      9789811939860
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Remarks] 分子ロボティクス研究室ウェブサイト/研究成果/反応拡散によるパターン形成

    • URL

      http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/achievements/

    • Related Report
      2021 Annual Research Report 2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2024-12-25  

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