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Extension of lineages of ref fluorescent proteins based on in vitro molecular evolution and structural analysis

Research Project

Project/Area Number 20H03221
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Imamura Hiromi  京都大学, 生命科学研究科, 准教授 (20422545)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 今田 勝巳  大阪大学, 大学院理学研究科, 教授 (40346143)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,680,000 (Direct Cost: ¥13,600,000、Indirect Cost: ¥4,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,980,000 (Direct Cost: ¥4,600,000、Indirect Cost: ¥1,380,000)
Fiscal Year 2020: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Keywords蛍光タンパク質 / イメージング / X線結晶構造解析 / タンパク質工学 / 試験管内分子進化
Outline of Research at the Start

個体・組織レベルでの生命現象を理解するために、生体深部のイメージングに適した赤色以上の長波長蛍光を発する、明るく安定な蛍光タンパク質の開発が強く求められている。しかし、既存の赤色蛍光タンパク質(RFP)はお互いのアミノ酸配列がよく似ているため、新しい長波長蛍光タンパク質を開発するための自由度は限られている。そこで、本研究では既存のRFPとはアミノ酸配列の類似性が低い緑色蛍光タンパク質(GFP)のアミノ酸配列を改変することにより新しいRFPを創り出す。並行して、RFPにおいて赤色の蛍光団が形成するために本質的に重要なアミノ酸残基の立体配置についての知見を得る。

Outline of Final Research Achievements

We have successfully convert a naturally occurring green fluorescent protein (GFP) into a red fluorescent protein (RFP) by protein engineering. A detailed comparison of the conformations before and after conversion revealed the structural elements considered to be important for the formation of the RFP chromophore. The RFP developed from GFP in this study has one of the highest quantum yields among existing RFPs, indicating that artificial conversion from GFP may be a promising method for developing new bright RFPs.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究は、不可能と思われていた緑色の蛍光タンパク質を赤色に変えることが可能であることを実証した。今回開発したRFPは、明るい蛍光を発するGFP並みの量子効率をもつものの励起光の吸収効率が悪いため、まだ明るさが十分とはいえない。一方で、今回の研究により赤色発色団を形成するために重要な発色団周囲の環境が明らかになった。本研究は、天然に広範に存在するGFPからのRFPの創成に道を開くもので、明るく高性能なRFPの開発を一気に加速させる成果である。このようなRFPを用いれば、現在は難しい組織や臓器内といった生体深部のイメージングが可能になり、医学・生物学研究の進展に大きく寄与すると考えられる。

Report

(4 results)
  • 2023 Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (24 results)

All 2023 2021 2020

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Microbial energy metabolism fuels an intestinal macrophage niche in solitary isolated lymphoid tissues through purinergic signaling2023

    • Author(s)
      Chiaranunt Pailin、Burrows Kyle、Ngai Louis、Tai Siu Ling、Cao Eric Y.、Liang Helen、Hamidzada Homaira、Wong Anthony、Gschwend Julia、Fl?chter Pascal、Kuypers Meggie、Despot Tijana、Momen Abdul、Lim Sung Min、Mallevaey Thierry、Schneider Christoph、Conway Tyrrell、Imamura Hiromi、Epelman Slava、Mortha Arthur
    • Journal Title

      Science Immunology

      Volume: 8 Issue: 86

    • DOI

      10.1126/sciimmunol.abq4573

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Red fluorescent proteins engineered from green fluorescent proteins2023

    • Author(s)
      Imamura Hiromi、Otsubo Shiho、Nishida Mizuho、Takekawa Norihiro、Imada Katsumi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Issue: 45

    • DOI

      10.1073/pnas.2307687120

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lactate is an energy substrate for rodent cortical neurons and enhances their firing activity2021

    • Author(s)
      Karagiannis Anastassios、Gallopin Thierry、Lacroix Alexandre、Plaisier Fabrice、Piquet Juliette、Geoffroy H?l?ne、Hepp R?gine、Naud? J?r?mie、Le Gac Benjamin、Egger Richard、Lambolez Bertrand、Li Dongdong、Rossier Jean、Staiger Jochen F、Imamura Hiromi、Seino Susumu、Roeper Jochen、Cauli Bruno
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10

    • DOI

      10.7554/elife.71424

    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Shear stress activates mitochondrial oxidative phosphorylation by reducing plasma membrane cholesterol in vascular endothelial cells2020

    • Author(s)
      Yamamoto Kimiko、Nogimori Yoshitsugu、Imamura Hiromi、Ando Joji
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 117 Issue: 52 Pages: 33660-33667

    • DOI

      10.1073/pnas.2014029117

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Single-cell dynamics of pannexin-1-facilitated programmed ATP loss during apoptosis2020

    • Author(s)
      Imamura Hiromi、Sakamoto Shuichiro、Yoshida Tomoki、Matsui Yusuke、Penuela Silvia、Laird Dale W、Mizukami Shin、Kikuchi Kazuya、Kakizuka Akira
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 9

    • DOI

      10.7554/elife.61960

    • NAID

      120006893984

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Spatiotemporal ATP Dynamics during AKI Predict Renal Prognosis2020

    • Author(s)
      Yamamoto Shinya、Yamamoto Masamichi、Nakamura Jin、Mii Akiko、Yamamoto Shigenori、Takahashi Masahiro、Kaneko Keiichi、Uchino Eiichiro、Sato Yuki、Fukuma Shingo、Imamura Hiromi、Matsuda Michiyuki、Yanagita Motoko
    • Journal Title

      Journal of the American Society of Nephrology

      Volume: 31 Issue: 12 Pages: 2855-2869

    • DOI

      10.1681/asn.2020050580

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intracellular ATP levels in mouse cortical excitatory neurons varies with sleep-wake states2020

    • Author(s)
      A. Natsubori, T. Tsunematsu, A. Karashima, H. Imamura, N. Kabe, A. Trevisiol, J. Hirrlinger, T. Kodama, T. Sanagi, K. Masamoto, N. Takata, K-A Nave, K. Matsui, K.F. Tanaka, M. Honda
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 3 Issue: 1 Pages: 491-491

    • DOI

      10.1038/s42003-020-01215-6

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      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] GFPからRFPへの人工的な変換によって明らかになったRFP蛍光団形成メカニズム2023

    • Author(s)
      今村博臣、大坪史歩、西田水穂、竹川宜宏、今田勝巳
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第49回討論会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 化学遺伝学的手法による細胞内ATP濃度の制御方法の開発2023

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      竹本哲也、今村博臣
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第49回討論会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] マウスメラノーマ細胞は酸性環境下でグルコース飢餓や抗がん剤に耐性な休眠状態へと移行する2023

    • Author(s)
      髙井菜月、今村博臣
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] ダイナミックレンジを増大させたFRET型ATPバイオセンサーによる単一細胞ATP計測2023

    • Author(s)
      米満茜、西田水穂、今村博臣
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 単量体化した人工赤色蛍光蛋白質AzamiRedの構造2023

    • Author(s)
      大坪史歩、今村博臣、永富勇、竹川宜宏、今田勝巳
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 2.発表標題 Visualization and detection of the cellular energy currency with genetically encoded fluorescent biosensors2023

    • Author(s)
      Hiromi Imamura
    • Organizer
      FAOPS2023
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] AzamiGreenより作成した新規赤色蛍光蛋白質AzamiRed1.0の赤色発色団形成機構2023

    • Author(s)
      大坪史歩、今村博臣、竹川宜宏、今田勝巳
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞内ATP濃度とタンパク質凝集2023

    • Author(s)
      今村博臣
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会年会
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 緑色蛍光タンパク質由来赤色蛍光タンパク質の創出2021

    • Author(s)
      今村博臣、大坪史歩、竹川宣宏、今田勝巳
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 緑色蛍光蛋白質AzamiGreen変異体における赤色蛍光発生の構造基盤2021

    • Author(s)
      大坪史歩、竹川宣宏、今村博臣、今田勝巳
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 単一細胞ATP濃度イメージングによって明らかとなったアポトーシス細胞内ATP濃度のダイナミクスとその制御2021

    • Author(s)
      今村博臣
    • Organizer
      第94回日本生化学会大会
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 緑色蛍光蛋白質AzamiGreen由来赤色蛍光蛋白質の結晶構造解析に基づく赤色蛍光団形成の構造基盤2021

    • Author(s)
      大坪史歩、今村博臣、竹川宣宏、今田勝巳
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 緑色蛍光蛋白質由来赤色蛍光蛋白質の開発2021

    • Author(s)
      今村博臣、大坪史歩、西田水穂、竹川宣宏、今田勝巳
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Imaging of ATP dynamics inside living and dying cells2021

    • Author(s)
      今村博臣
    • Organizer
      第5回日本循環器学会基礎研究フォーラム
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      2021 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 緑色蛍光タンパク質から赤色蛍光タンパク質を創り出す2021

    • Author(s)
      今村博臣、大坪史歩、西田水穂、竹川宣宏、今田勝巳
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第47回討論会
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      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] アポトーシスにおいてパネキシン1によって駆動されるプログラムされたATP減少の単一細胞イメージング2020

    • Author(s)
      今村博臣
    • Organizer
      光塾2020
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      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 単一細胞ATP濃度イメージングによって明らかにされたアポトーシス時の細胞内ATP減少におけるパネキシン1の役割2020

    • Author(s)
      今村博臣、坂本修一朗、垣塚彰
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第46回討論会
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      2020 Annual Research Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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