Complex structure and affinity prediction among cancer vaccine peptides and immune related proteins

• Project/Area Number: 20H03229
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 43040:Biophysics-related
• Research Institution: University of Hyogo
• Principal Investigator: 神谷 成敏 兵庫県立大学, 情報科学研究科, 特任教授 (80420462)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 織田 昌幸 京都府立大学, 生命環境科学研究科, 教授 (20318231) ; 伊藤 暢聡 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (40361703) ; Bekker Gerardu 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任助教(常勤) (80813758)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2021)
• Budget Amount: ¥18,070,000 (Direct Cost: ¥13,900,000、Indirect Cost: ¥4,170,000); Fiscal Year 2022: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000); Fiscal Year 2021: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000); Fiscal Year 2020: ¥10,790,000 (Direct Cost: ¥8,300,000、Indirect Cost: ¥2,490,000)
• Keywords: 分子動力学シミュレーション / 構造予測 / 親和性予測

Outline of Research at the Start

ヒトMajor Histocompatibility Complex (MHC)はペプチドをT細胞受容体(TCR)に提示し、最終的にT細胞がそのペプチドを分泌する細胞を攻撃する。癌細胞が分泌するペプチドを同定できれば、そのペプチドをワクチンとすることで癌細胞攻撃性のT細胞の誘導が期待される。本研究では、分子動力学シミュレーションによる結合自由エネルギー計算に基づいたタンパク質-タンパク質の複合体構造/親和性予測法を開発し、MHC-癌ワクチンペプチドの２者複合体の予測、MHC-ペプチド-TCRの３者複合体の予測に適用する。親和性や立体構造の実験を実施し、結果を照合することで開発を加速する。