Method for sequencing and analyzing huge plant genomes

• Project/Area Number: 20H03239
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 43060:System genome science-related
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: 笠原 雅弘 東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (60376605)
• Project Period (FY): 2020-04-01 – 2023-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2020)
• Budget Amount: ¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000); Fiscal Year 2021: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000); Fiscal Year 2020: ¥6,110,000 (Direct Cost: ¥4,700,000、Indirect Cost: ¥1,410,000)
• Keywords: ゲノムアセンブリ / 長鎖DNAシークエンサー / 植物ゲノム / 反復配列 / アルゴリズム

Outline of Research at the Start

長鎖DNAシークエンサーの登場により、動物のゲノム配列は高精度・高連続度で比較的簡単に決定できるようになった。しかし、植物のゲノム配列は動物より概して大きく、大量の反復配列が含まれている種も数多いためゲノム配列決定の難易度が高い。
そこで本研究では、大量の反復配列が含まれる植物種のゲノムから長鎖DNAシークエンサーを用いて読み取った大量のゲノム断片配列を繋ぎ合わせ、元のゲノム配列を高精度・高連続度で推定する新規ゲノムアセンブリアルゴリズムを開発する。本研究により産業上の多くの植物有用種に対してゲノム解析を新たに可能とすることを目指す。