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Development for quantum-theoretical approach by observing hydrogen atom positions in drug target proteins

Research Project

Project/Area Number 20H03377
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 47020:Pharmaceutical analytical chemistry and physicochemistry-related
Research InstitutionNational Institutes for Quantum Science and Technology

Principal Investigator

Adachi Motoyasu  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 上席研究員 (60293958)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 岡島 俊英  大阪大学, 産業科学研究所, 准教授 (10247968)
高橋 知里  同志社女子大学, 薬学部, 助教 (70833680)
老川 典夫  関西大学, 化学生命工学部, 教授 (80233005)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥17,680,000 (Direct Cost: ¥13,600,000、Indirect Cost: ¥4,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2021: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2020: ¥6,760,000 (Direct Cost: ¥5,200,000、Indirect Cost: ¥1,560,000)
Keywords酵素 / 補酵素 / 結晶構造解析 / 中性子 / neutron / crystal / protein / hydrogen / drug
Outline of Research at the Start

タンパク質の最大の特徴の一つは、非常に多くの原子が規則正しく整列し、ユニークな反応場を形成することである。申請者らは、近年、水素原子の原子核位置を決定できる中性子結晶構造解析を行うなかで、通常観測される位置とは異なった位置に水素原子を観測してきている。そのことは、タンパク質がその機能発揮に有利となる特殊な環境を局所的に作り出していることを示唆している。本研究では、創薬標的タンパク質の中でも補酵素をもったタンパク質を研究対象として展開し、中性子結晶構造解析と変異体解析によって、特殊な環境に置かれた水素原子の位置と機能を究明する。

Outline of Final Research Achievements

Five enzymes related to drug design (human dihydrofolate reductase, human monoamine oxidases, human cytochrome P450 2D6, amino acid racemase, and human DOPA decarboxylase) were targeted, and this study focused on preparing protein samples and crystals with the aim of obtaining highly accurate three-dimensional structural information including hydrogen atoms by neutron crystal structure analysis in the future. For human dihydrofolate reductase, X-ray crystal structure analysis of the target ternary complex with folic acid and NADP was succeeded. For human cytochrome P450 2D6, this study succeeded in analyzing the interaction with paroxetine, which is used as an antidepressant.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

近年、水素原子の原子核位置を決定できる中性子結晶構造解析によって、通常観測される位置とは異なった位置に水素原子を観測してきている。そのことは、タンパク質がその機能発揮に有利となる特殊な環境を局所的に作り出していることを示唆している。本研究では、創薬標的タンパク質の中でも補酵素をもったタンパク質を研究対象として展開した。研究の基礎となる試料調製での成果が中心であったが、将来、中性子結晶構造解析の実現によって、量子化学計算での技術開発に貢献し、補酵素の光物理過程の量子ダイナミクス解析の土台となり、タンパク質機能およびタンパク質と薬剤との分子間相互作用の理解を深化する量子論型研究につながる。

Report

(4 results)
  • 2023 Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • 2020 Annual Research Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Open Access: 2 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] ミュンヘン工科大学(ドイツ)

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      Shibazaki Chie, Shimizu Rumi, Kagotani Yuji, Andreas Ostermann, Tobias E. Schrader, Adachi Motoyasu
    • Journal Title

      Annual Reports / MLZ - Heinz Maier-Leibnitz Zentrum

      Volume: 2020 Pages: 52-52

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    • Author(s)
      米谷 佳晃, 安達 基泰
    • Journal Title

      分子シミュレーション学会会誌

      Volume: 23 Pages: 182-187

    • NAID

      40022664215

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      Volume: 39(464) Pages: 84-88

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      Motoyasu Adachi
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      DEUNET Virtual meeting
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    • Int'l Joint Research / Invited

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Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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