• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to previous page

Method to measure vibrational spectra of proteins in aqueous solution for detection of intermolecular interactions using solid/liquid interface

Research Project

Project/Area Number 20K05415
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 32010:Fundamental physical chemistry-related
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

Masato Kondoh  筑波大学, 数理物質系, 助教 (20611221)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 石橋 孝章  筑波大学, 数理物質系, 教授 (70232337)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords生体分子 / 振動スペクトル / 固液界面 / 振動和周波発生分光 / 全内部反射ラマン分光 / 脂質膜 / シリカコート / シランカップリング / 界面 / 基板支持脂質二分子膜 / シリカコート基板 / タンパク質
Outline of Research at the Start

本研究では,固体と液体の界面を利用して,水溶液中のタンパク質の振動スペクトルを高感度に得る新しい方法論を確立する.具体的には,フッ化カルシウム(CaF2)基板と水溶液界面に,水溶性タンパク質をその配向を制御して保持した試料を準備する.この試料を,界面選択的な振動分光法である振動和周波発生(VSFG)分光で測定する.タンパク質分子を特定の配向に制御された状態で界面に局在させることで,興味あるタンパク質およびこれに水和して特定の配向を持った水分子の振動スペクトルだけを得る.この方法を,水溶液中でのタンパク質変性に伴う構造変化や分子間相互作用変化を捉える研究に応用する.

Outline of Final Research Achievements

In this study, I have applied interface-sensitive spectroscopy to proteins immobilized at a solid/aqueous solution interface to develop a new method to obtain vibrational spectra of biomolecules in aqueous environment with high-sensitivity. For this purpose, I have developed and improved a CaF2 substrate coated by a thin layer of silica. I was initially going to fix protein samples chemically on the silica-coated surface of this substrate using silane coupling agents. However, in the middle of the research, some problems arose concerning the flatness of the coated surface of the substrate, and they made it difficult to move the project.
Thus, I reconsidered the project and performed experiments to measure vibrational spectra of alamethicin, one of membrane-binding peptides, interacting with lipid bilayer membranes prepared at a solid/aqueous solution interface. As a result, I have successfully detected Raman bands of alamethicin interacting with phospholipid bilayers.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

界面敏感なラマン分光法で,界面にある脂質膜と相互作用した膜結合ペプチドの振動スペクトルを検出できたことが本研究の主な成果である.概要の項目で述べたように,途中に計画を見直したが,当初着目した「界面を利用する」という独自の視点で取り組んだ研究である.膜結合ペプチドは,抗生物質としての重要な働きを持つ.その抗菌作用は,ペプチドが細胞膜と結合し,膜に侵入して孔をあけることで発現する.抗菌作用の機構を理解するには,膜とペプチドの相互作用を調べることが不可欠である.本研究の学術的意義は,こうした相互作用を,界面を利用した新しい視点から研究する方法を与えたことにある.

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2022 2021 2020

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Total Internal Reflection Raman Spectra of Alamethicin Interacting with Supported Lipid Bilayers at a Silica/Water Interface2022

    • Author(s)
      Masato Kondoh, Arisa Sano, Izuru Kawamura, Taka-aki Ishibashi*
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Issue: 50 Pages: 10712-10720

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c06371

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-resolved infrared spectroscopy with multivariate analysis on photoinduced proton transfer in aromatic urea-acetate anion complex2022

    • Author(s)
      Masato Kondoh, Hayato Honda, Kei Togasaki, Yoshinobu Nishimura, Tatsuro Arai, Taka-ak Ishibashi*
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Issue: 4 Pages: 912-921

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c09526

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 全内部反射ラマン分光による膜結合ペプチドと基板支持脂質二分子膜の相互作用の観測2022

    • Author(s)
      近藤正人,佐野有里紗,鈴木沙弥,石橋孝章
    • Organizer
      第16回分子科学討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] リン脂質二分子膜中のグラミシジンAの全内部反射ラマンスペクトル測定2022

    • Author(s)
      鈴木沙弥,近藤正人,石橋孝章
    • Organizer
      第16回分子科学討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 4’-ジヘキシルアミノ-4-スルホアゾベンゼン水溶液上の脂質単分子膜のHD-VSFG分光2022

    • Author(s)
      篠田亮介,近藤正人,百武篤也,石橋孝章
    • Organizer
      第16回分子科学討論会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Time-resolved IR spectroscopy of photo-induced ring opening and closure reactions between 2-hydroxychalcone and flav-3-en-2-ol2021

    • Author(s)
      Masato Kondoh, Taka-aki Ishibashi
    • Organizer
      The 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem)
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 全内部反射ラマン分光による固液界面リン脂質二重膜とアラメチシンの相互作用観測の試み2021

    • Author(s)
      佐野有里紗,近藤正人,川村出,石橋孝章
    • Organizer
      2021年日本分光学会年次講演会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] VSFG分光で観るSHG活性色素Ap3の平面支持脂質二重膜への吸脱着過程2021

    • Author(s)
      近藤正人,中島晃希,新井達郎,石橋孝章
    • Organizer
      第15回分子科学討論会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 非光反応性タンパク質の紫外光励起過渡回折格子信号とその起源の検討2021

    • Author(s)
      永山弘季,近藤正人,田島優衣,石橋孝章
    • Organizer
      第15回分子科学討論会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 固液界面におけるリン脂質二重膜と膜透過ペプチドの全内部反射ラマンスペクトル測定2021

    • Author(s)
      佐野有里紗,近藤正人,川村出,石橋孝章
    • Organizer
      第15回分子科学討論会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] HD-VSFG分光法で観るSHGプローブ色素AP3と水上脂質単分子膜の相互作用2020

    • Author(s)
      中島晃希,近藤正人,新井達郎,石橋孝章
    • Organizer
      2020年度日本分光学会年次講演会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] リン脂質/コレステロール混合二重膜の全内部反射ラマン分光2020

    • Author(s)
      佐野有里紗,近藤正人,石橋孝章
    • Organizer
      2020年度日本分光学会年次講演会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] HD-VSFG分光で観る脂質二分子膜の構造に対するコレステロールの影響2020

    • Author(s)
      筑波標,近藤正人,石橋孝章
    • Organizer
      2020年度日本分光学会年次講演会
    • Related Report
      2020 Research-status Report

URL: 

Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi