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Bioorganic studies on the genotoxicity of colibactin produced from human microbiome in colorectal cancer

Research Project

Project/Area Number 20K05849
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 38040:Bioorganic chemistry-related
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

Murakami Kazuma  京都大学, 農学研究科, 准教授 (80571281)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Keywords腸内細菌 / バイオーム分子 / 天然物化学 / コリバクチン / ヒューミマイシン / 標的探索 / プロバイオティクス / 片利共生 / 抗菌活性 / 大腸がん / 有機合成化学
Outline of Research at the Start

腸内には多くの外来細菌が生息し,細菌ー宿主間および細菌ー細菌間の相互作用によって片利共生関係(片方が共生によって利益を得るが,一方にとっては利害が発生しない関係)が成立している.片利共生において様々な代謝産物が腸内細菌により産生される一方,これらの代謝バランスが破綻するとがんや糖尿病,神経変性疾患等の発症につながると考えられている.大腸菌が生産するコリバクチンは,大腸がんの原因物質の一つであり,発がん作用を示す一方,抗炎症効果を併せもつユニークな細菌毒素である.本研究では,コリバクチンの構造活性相関を調べ,ビオチンプローブ化することによって標的タンパク質の探索を行う.

Outline of Final Research Achievements

There is a large number of ectoparasitic microbiota in human intestine, where a commensalistic relationship is established. These imbalances can lead to cancer and neurodegenerative diseases, but the structure and mode of action of secondary metabolites ("biome molecules") related to the pathology are still largely unknown. In this study, we investigated colibactin produced by Escherichia coli and humimycin produced by Rhodococcus spp. using organic synthesis, structure-activity relationship study, and target ID method. The results suggest that cyclopropane rings and planar structures may be required for DNA binding in the genotoxicity of colibactin. Humimycin analogues showed potent DNA binding activity as well as antibacterial activity against pathogens related to the food industry.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

近年,ヒトの腸内における微生物群と疾患との関連性は各種オミクス解析によって明らかになりつつある.一方,疾患に関わりがある微生物が複数種同定されているものの,片利共生のインバランスのトリガーになりうる2次代謝物(バイオーム分子)の構造や作用機構などその実体は不明な点が多い.本研究では,代表的なバイオーム分子2種を例に挙げて,それらの遺伝毒性や抗菌活性に重要な役割を果たす構造因子の基礎的な知見を得たことは学術的に意義深い.特に,ヒューミマイシン類縁体が食品産業と関わりの深い病原菌に対して強い抗菌活性を示すことを明らかにしたことは,今後の社会的有用性を予見させるものである.

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (11 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (1 results) Remarks (6 results)

  • [Journal Article] 腸内細菌生産天然物による創薬研究の新展開2023

    • Author(s)
      村上一馬
    • Journal Title

      アグリバイオ

      Volume: 7 (5) Pages: 58-60

    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Research-status Report
  • [Journal Article] 統計解析を駆使した生物活性物質の探索法-アミロイド蛋白質の凝集を阻害するファンクショナルフードを例として-2023

    • Author(s)
      村上一馬
    • Journal Title

      Functional Food Research

      Volume: -

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Natural products derived from microbiota in the intestine as pharmaceutical resources (accepted)2024

    • Author(s)
      Kazuma Murakami
    • Organizer
      The 51st Naito Conference
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] アミロイド凝集を阻害する天然物の論理的探索法2023

    • Author(s)
      村上一馬
    • Organizer
      第19回ファンクショナルフード学会学術集会(先端シンポジウム)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Book] New Tide of Natural Product Chemistry (Chapter 15: High-Throughput Searches for Natural Products as Aggregation Modulators of Amyloidogenic Proteins)2023

    • Author(s)
      Kazuma Murakami
    • Total Pages
      356
    • Publisher
      Springer Nature
    • ISBN
      9789819917136
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  • [Remarks] 京都大学大学院農学研究科食品生物科学専攻生命有機化学分野(研究代表者の所属研究室)ホームページ

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      http://www.orgchem.kais.kyoto-u.ac.jp

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  • [Remarks] 京都大学教育研究活動データベース

    • URL

      https://kyouindb.iimc.kyoto-u.ac.jp/j/zP8kX

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Published: 2020-04-28   Modified: 2025-01-30  

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