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Experimental and theoretical survey of diverse far-red O2-evolving photosynthesis

Research Project

Project/Area Number 20K06684
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 44030:Plant molecular biology and physiology-related
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

伊藤 繁  名古屋大学, 理学研究科, 名誉教授 (40108634)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木村 明洋  名古屋大学, 理学研究科, 助教 (20345846)
井原 邦夫  名古屋大学, 遺伝子実験施設, 准教授 (90223297)
Project Period (FY) 2020-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥260,000 (Direct Cost: ¥200,000、Indirect Cost: ¥60,000)
Fiscal Year 2022: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2020: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords光合成反応中心 / 近赤外光 / 酸素発生 / クロロフィルーf / クロロフィルーd / 理論モデル / 構造決定 / 励起子理論 / 光合成 / クロロフィル / 励起エネルギー移動 / 励起子理論モデル / 遠赤外光合成 / 蛍光寿命 / 光合成細菌 / シアノバクテリア / 光化学系Ⅰ反応中心 / 光エネルギー利用 / 励起エネルギー移動理論 / 進化 / 環境適応 / タンパク質構造決定
Outline of Research at the Start

近年発見された、 Chl a(クロロフィルa)より長波長に吸収帯をもつ① Chl d, ②Chl f, ③会合型Chl a (red-Chl a)色素(図1)のいずれかにより、700-800nmの近赤外光だけでも光合成可能なシアノバクテリア、藻類、コケの「近赤外光を使う酸素発生型光合成(FR-O2型光合成)」の光反応機構を検討する。生化学、生物物理的解析、ピコ秒レーザ分光実験などを行い、励起子理論モデルを用いて理論解析する。さらに広範な「FR-O2型光合成系」を調べ、従来の可視光型光合成との違い、多様性、変動範囲、限界を確認し、その「秘められた能力」を理解して応用を考える。

Outline of Annual Research Achievements

植物とシアノバクテリアの行う酸素発生型光合成反応は、可視光のエネルギーを利用し、地球生命の使うほぼ全エネルギーを供給する。H2Oを光反応で分解酸化し、大気中に副産物O2を放出し、取り出した電子でCO2を還元固定して糖を合成し、生命活動を支える。太陽光は、エネルギーの高い短波長光(紫外光)、可視光(紫ー赤)、より低エネルギーの長波長光(近赤外ー赤外光)を含む。酸素発生型光合成は、主要色素であるクロロフィルa (Chl a) が吸収する可視光(波長400-700nm)のみを使う。このため。地球上の光合成生物の生息領域も限られる。一方、太陽電池や人工光合成では、より広い波長範囲の光の利用も試みられている。しかし近年、可視光だけでなく、近赤外光も利用できる天然光合成系が我々も関わり発見された。これらは新型クロロフィルdやf(Chl d, Chl f)を使い近赤外光でも同じ光合成を行える。本研究では、これらの新型光合成系、さらにプロトタイプである光合成細菌の近赤外適応I型反応中心を対象に実験・理論研究を進めた。新しい光合成系の探索をさらに進め、反応機構の実験・理論両面からの検討、遺伝子操作による改変も行った。理論モデルによる解析法を開発し、近赤外光対応型光合成反応中心の実験・理論研究を行い、既知の光合成反応中心機能の理解も進めた。理論研究者と協力し分子構造を使い「光合成反応中心の精密理論モデル」を計算機中に作成し、人為構造改変に伴う、エネルギー移動効率や反応効率の変化などを予測した。生体光合成系は多数のクロロフィルが反応中心タンパク質内に規則的に固定され、全体が量子力学的に相互作用しあって光反応が進む。この仕組みを、実験と理論両面から総合的に検討することで、「なぜ、この構造が必要なのか?」「どうして変化が可能なのか?」を検討した。新型光合成系の作成法も検討した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の研究計画では、最近発見され、可視光より低エネギーの近赤外光を使う光合成系の多様性、反応機構、特に光化学系Ⅰ型反応中心の構造と機能、を明らかにすることを目的とした。これまでに、次の研究成果が得られた、(1)兵庫県立大、理研播磨との共同による新型クロロフィルdをもつシアノバクテリアの光化学系I反応中心の立体構造の解明。これにより、クロロフィルdとフェオフィチンaを結合する特異な反応中心の精密構造をあきらかにした。(2)さらに、この構造に励起子理論を適用し、クロロフィルd色素間の励起子相互作用、各色素と周囲タンパク質の静電相互作用を計算し、反応中心上に作られる、エネルギー状態を量子力学的に計算し、スペクトルと励起エネルギー移動速度を算定できた。(3)このような構造情報と理論解析を、別に緑色硫黄細菌の反応中心にも適用し、遺伝子操作による構造改変を行い、理論予測した。さらにChl-f型反応中心でも、理論モデルを作成、遺伝子操作による改変結果も理論予測し、さらに多様な光合成系も探索した。期待以上の成果があがり新しい研究方法が生まれた。

Strategy for Future Research Activity

従来の光合成研究では、光合成生物と細菌の生物学的探索、得られた生物種を使っての生化学、生物物理学的な計測、さらに、光合成反応中心タンパク質の立体構造の決定、遺伝子操作を利用した構造改編、そして、量子力学理論を使用しての反応過程の解析が、それぞれ別の専門分野の研究者によって、個別に行われてきた。本研究では、異分野の研究者のnetworkを作り、同じ研究対象を異なる研究手法、技術、思考法で研究した。これにより、研究物間の相互作用、有機的な研究発展ができた。構造情報をもとに、理論家が理論モデルを作成し、これを使い、重要部分を予測し、遺伝子操作により改変する。この前後にも理論検討を行なう。このような新タイプの研究を さらに多様な光合成系についても展開している。理論解析は実験結果を予測し、実験は新しい理論課題を与える。あきらかになった構造のどの部分が、どのような機能をになうかを、多数のクロロフィル色素を含む、可視光型、近赤外光型の反応中心について、総合的に検討した。人工光合成系も考察する。同じ課題を理論、実験家が別に童子に検討する中で新しいタイプの生物研究者が生まれるであろう。このためにはnetworkを利用した検討は大変有効で、老若の知識と能力を結合できることがわかった。これを進める。

Report

(4 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (39 results)

All 2024 2023 2022 2021 2020

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results) Presentation (31 results) (of which Int'l Joint Research: 11 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Experimental and Theoretical Mutation of Exciton States on the Smallest Type-I Photosynthetic Reaction Center Complex of a Green Sulfur Bacterium Chlorobaclum tepidum2024

    • Author(s)
      Kimura Akihiro、Kitoh-Nishioka Hirotaka、Kondo Toru、Oh-oka Hirozo、Itoh Shigeru、Azai Chihiro
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 128 Issue: 3 Pages: 731-743

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.3c07424

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Theoretical Model of the Far-Red-Light-Adapted Photosystem I Reaction Center of Cyanobacterium <i>Acaryochloris marina</i> Using Chlorophyll <i>d</i> and the Effect of Chlorophyll Exchange2022

    • Author(s)
      Kimura Akihiro、Kitoh-Nishioka Hirotaka、Aota Toshimichi、Hamaguchi Tasuku、Yonekura Koji、Kawakami Keisuke、Shinzawa-Itoh Kyoko、Inoue-Kashino Natsuko、Ifuku Kentaro、Yamashita Eiki、Kashino Yasuhiro、Itoh Shigeru
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Issue: 22 Pages: 4009-4021

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.2c00869

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Exciton quenching by oxidized chlorophyll Z across the two adjacent monomers in a photosystem II core dimer.2022

    • Author(s)
      Ahmed Mohamed, Shunsuke Nishi, Keisuke Kawakami, Jian-Ren Shen, Shigeru Itoh, Hiroshi Fukumura, Yutaka Shibata
    • Journal Title

      Photosynthesis Research

      Volume: 154 Issue: 3 Pages: 277-289

    • DOI

      10.1007/s11120-022-00948-1

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Comparative genomic analysis of the marine cyanobacterium Acaryochloris marina MBIC10699 reveals the impact of phycobiliprotein reacquisition and the diversity of Acaryochloris plasmids2022

    • Author(s)
      Haruki Yamamoto, Kazuma Uesaka, Yuki Tsuzuki, Hisanori Yamakawa, Shigeru Itoh, Yuichi Fujita
    • Journal Title

      Microorganisms

      Volume: 10(7) Issue: 7 Pages: 1374-1374

    • DOI

      10.3390/microorganisms10071374

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Effects of light and oxygen on chlorophyll d biosynthesis in a marine cyanobacterium Acaryochloris marina.2022

    • Author(s)
      Yuki Tsuzuki, Yusuke Tsukatani, Hisanori Yamakawa, Shigeru Itoh, Yuichi Fujita, and Haruki Yamamoto
    • Journal Title

      Plants

      Volume: 11 Issue: 7 Pages: 915-915

    • DOI

      10.3390/plants11070915

    • Related Report
      2022 Research-status Report 2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Direct Energy Transfer from Allophycocyanin-Free Rod-Type CpcL-Phycobilisome to Photosystem I2021

    • Author(s)
      Tomoyasu Noji, Mai Watanabe, Takehisa Dewa, Shigeru Itoh, Masahiko Ikeuchi
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. Lett.

      Volume: 12 Issue: 28 Pages: 6692-6697

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.1c01763

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of the far-red light utilizing photosystem I of Acaryochloris marina2021

    • Author(s)
      Hamaguchi Tasuku、Kawakami Keisuke、Shinzawa-Itoh Kyoko、Inoue-Kashino Natsuko、Itoh Shigeru、Ifuku Kentaro、Yamashita Eiki、Maeda Kou、Yonekura Koji、Kashino Yasuhiro
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Issue: 1 Pages: 2333-2333

    • DOI

      10.1038/s41467-021-22502-8

    • NAID

      120007032350

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      2021 Research-status Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comparison between the Light-Harvesting Mechanisms of Type-I Photosynthetic Reaction Centers of Heliobacteria and Photosystem I: Pigment Site Energy Distribution and Exciton State2021

    • Author(s)
      Kimura Akihiro、Kitoh-Nishioka Hirotaka、Shigeta Yasuteru、Itoh Shigeru
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 125 Issue: 15 Pages: 3727-3738

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.0c09400

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      2021 Research-status Report 2020 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 9 種のクロロフィル f 産生シアノバクテリアのPSI,PSII 色素系の多様性と反応機構2024

    • Author(s)
      伊藤繁,北崎翔,大野智輝,山川壽伯,宮下英 明
    • Organizer
      第65回 日本植物整理学会年会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 多種色素からなるアシドバクテリア C. thermophilum が持つI型反応中心の光捕集機構解析2024

    • Author(s)
      下岡渉、鬼頭宏任、伊藤繁、木村明洋
    • Organizer
      第65回日本植物生理学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] I型反応中心の光捕集機構の原理2023

    • Author(s)
      伊藤繁、鬼頭宏任、木村明洋
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 多様なI型反応中心の光捕集機構を理論で俯瞰する2023

    • Author(s)
      木村明洋、 鬼頭宏任、伊藤繁
    • Organizer
      第13回日本光合成学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌、ヘリオバクテリア、A. marina、T. elongatusのI型反応中心光捕集理論モデル2023

    • Author(s)
      木村明洋、鬼頭宏任、伊藤 繁
    • Organizer
      第30回 光合成セミナー2023
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] I型反応中心3種の励起子モデルをベイズ最適化2023

    • Author(s)
      下岡 渉、鬼頭宏任、伊藤 繁、木村明洋
    • Organizer
      第30回 光合成セミナー2023
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 光合成タンパク質における励起エネルギー移動の計算機シミュレーション2023

    • Author(s)
      鬼頭 宏任、下岡 渉、伊藤 繁、木村明洋
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ベイズ最適化による光合成I型反応中心3種の励起子モデルの修正2023

    • Author(s)
      下岡渉、鬼頭宏任、伊藤繁、木村明洋
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] I型光合成反応中心の多様性と光捕集機構2023

    • Author(s)
      木村 明洋、 鬼頭 宏任、伊藤 繁
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Auto Dock vina を用いたT. elongatus 光化学系Iのキノン結合サイトにおける分子結合シミュレーション2023

    • Author(s)
      高木歩夢、伊藤繁、木村明洋、鬼頭宏任
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光合成反応中心内の色素が持つサイトエネルギーをアミノ酸単位で粗視化する試み2023

    • Author(s)
      松下 将典、鬼頭 宏任、伊藤 繁、下岡 渉、木村 明洋
    • Organizer
      2023年度 生物物理学会中部支部討論会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] I型反応中心の光捕集機構の原理2023

    • Author(s)
      伊藤繁、鬼頭宏任、木村明洋
    • Organizer
      第64回日本植物生理学会年会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ベイズ最適化によるI型反応中心の励起子ハミルトニアンの修正2023

    • Author(s)
      下岡 渉、木村明洋 、鬼頭宏任、伊藤 繁
    • Organizer
      日本物理学会2023年春季大会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 新発見の遠赤色光型光化学系Iを用いた光合成光捕集効率向上への計算機実験2023

    • Author(s)
      中村有花、大河内幹仁、伊藤 繁、木村明洋
    • Organizer
      日本物理学会2023年春季大会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌 I 型反応中心の励起状態の理論計算と主要 BChl-a 除去実験2022

    • Author(s)
      伊藤繁、木村明洋、鬼頭宏任、浅井智広、大岡宏造
    • Organizer
      第12回日本光合成学会年会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 遠赤色光型反応中心 A. marina PSI の 光捕集におけるクロロフィル d の役 割:クロロフィル a を持つ T. elongatus PSI との比較2022

    • Author(s)
      木村明洋、鬼頭宏任、青田俊道、浜口祐、米倉功治、川上恵典、新沢-伊藤恭子、井上-菓子野名津子、伊福健太郎、菓子野康浩、山下栄樹、伊藤繁
    • Organizer
      第12回日本光合成学会年会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 異なる色素種をもつ多様な光化学系I型反応中心上での励起エネルギー移動機構の理論的研究2022

    • Author(s)
      中村有花、下岡渉、鬼頭宏任、伊藤繁、木村明洋
    • Organizer
      量子生命科学会第4回大会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Exciton states on the Type-I reaction center of green sulfur bacterium Chlorobaculum tepidum studied by genetic manipulation of bacteriochlorophyll a and the structure-based theoretical modeling2022

    • Author(s)
      Chihiro Azai, Hirozo Oh-oka, Hirotaka Kitoh-Nishioka, Akihiro Kimura, Shigeru Itoh
    • Organizer
      International Congress on Photosynthesis Research 2022
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ヘリオバクテリア反応中心におけるChl-aFからBChl-gへの励起エネルギー移動速度の理論的解析2022

    • Author(s)
      下岡 渉、木村明洋 、鬼頭宏任、伊藤 繁
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
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      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 遠赤色光に適応した光化学系Iの光捕集におけるChlorophyll-fとRed-Chlorophyllの役割に関する理論的研究2022

    • Author(s)
      中村有花、大河内幹仁、伊藤 繁、木村明洋
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
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      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 緑色硫黄細菌の最小 I 型反応中心の光捕集機構:遺伝子操作的改変と理論的検討2022

    • Author(s)
      浅井智広、大岡宏造、伊藤繁、鬼頭宏任、木村明洋
    • Organizer
      第64回 日本植物生理学会年会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] クロロフィルdを持つ遠赤色光型反応中心 A.marina 光化学系Ⅰの光捕集機構に関する理論解析2022

    • Author(s)
      木村明洋, 鬼頭宏任, 青田俊道, 浜口祐, 米倉功治, 川上恵典, 新沢-伊藤恭子, 井上-菓子野名津子, 伊福健太郎, 菓子野康浩, 山下栄 樹, 伊藤繁
    • Organizer
      日本物理学会 第77回年次大会
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      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chlorophyll f を含む遠赤色光型光化学系1の光捕集におけるRed-Chlorophyll の役割に関する理論的研2022

    • Author(s)
      中村有花、大河内幹仁、伊藤繁、木村明洋
    • Organizer
      日本物理学会 第77回年次大会
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      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヘリオバクテリアI型反応中心の光捕集機構の理論解析:光化学系Iとの機能的差異2021

    • Author(s)
      木村明洋, 鬼頭宏任, 重田育照, 伊藤繁
    • Organizer
      第11回日本光合成学会年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] I型光合成反応中心の構造と機能の多様性:ヘリオバクテリア反応中心と光化学系Iとの比較2021

    • Author(s)
      木村明洋, 鬼頭宏任, 重田育照, 伊藤繁
    • Organizer
      第28回「光合成セミナー2021
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  • [Presentation] 細菌と植物のもつ多様な光合成 I 型反応中心の光捕集機能に関する比較2021

    • Author(s)
      村明洋、鬼頭宏任、浜口祐、米倉功治、川上恵典、菓子野康浩、浅井智広、大岡宏造、伊藤繁
    • Organizer
      量子生命科学会 第3回大会
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  • [Presentation] A. marina の光化学系 I の光捕集機構:T. elongatus の光化学系 I との比較2021

    • Author(s)
      木村明洋,鬼頭宏任,浜口祐,米倉功治,川上恵典,菓子野康浩,伊藤繁
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ヘリオバクテリア I 型反応中心と PSI の in silico モデル比較 : 色素サイトエネルギー分布と励起移動2021

    • Author(s)
      木村明洋, 鬼頭宏任, 重田育照, 伊藤繁
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      第62回日本植物生理学会年会
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  • [Presentation] ヘリバクテリアI 型反応中心とPSIのin silico モデル比較 : 色素サイトエネルギー分布と励起移動2021

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      木村明洋, 鬼頭宏任, 重田育照, 伊藤繁
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      生物物理学会中部支部会
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  • [Presentation] ヘリオバクテリアI型反応中心の光捕集機構の理論解析:光化学系Iとの機能的差異2020

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      木村明洋, 鬼頭宏任, 重田育照, 伊藤繁
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      日本物理学会 2020年 秋季大会
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  • [Presentation] ヘリオバクテリアI型反応中心と光化学系Iにおける光捕集機能の解析と比較2020

    • Author(s)
      木村明洋, 鬼頭宏任, 重田育照, 伊藤繁
    • Organizer
      量子生命科学会 第2回大会
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      2020 Research-status Report

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-12-25  

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