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Construction of Database of Drug Development for Intractable/Rare Diseases

Research Project

Project/Area Number 20K12056
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
Research InstitutionNational Institutes of Biomedical Innovation, Health and Nutrition

Principal Investigator

SAKATE Ryuichi  国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 医薬基盤研究所 難治性疾患研究開発・支援センター, プロジェクトリーダー (50509495)

Project Period (FY) 2020-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2021: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2020: ¥260,000 (Direct Cost: ¥200,000、Indirect Cost: ¥60,000)
Keywords難病・希少疾患 / 薬剤(医薬品)開発情報 / 標的遺伝子・パスウェイ / 疾患横断的解析 / 創薬標的探索 / 薬物作用機序 / 疾患発症機序 / データベース / 創薬標的選定支援 / 薬物(医薬品)の開発情報 / 疾患横断的な比較 / 創薬標的の選定 / 薬物作用機序・疾患発症機序 / 薬物(医薬品)の開発情報
Outline of Research at the Start

本研究は、難病・希少疾患の臨床試験データから開発薬物(医薬品)を抽出して、創薬情報として整備し、疾患横断的に比較できるデータベースを構築するものである。開発薬物(医薬品)とその標的遺伝子・パスウェイの情報を連結し、比較可能とすることで、患者が少なく創薬が難しい難病・希少疾患の創薬研究を加速する。本研究は疾患名、薬物(医薬品)名のオントロジー(辞書)整備を行って、これらを実現する。これまで疾患ごとにバラバラだった創薬情報を統合して、データベースから広く公開することで、トランスレーショナル研究の裾野を広げることができる。

Outline of Final Research Achievements

In this study, we developed and improved a database named "DDrare" (database of Drug Development for RARE diseases; ddrare.nibiohn.go.jp) that provides information on drug development and their target genes/pathways extracted from clinical trial data in Japan, the United States, Europe, and China for the 338 designated intractable diseases of the Ministry of Health, Labour and Welfare, Japan. DDrare was updated annually for all data, and several times for disease ontology improvement and patient numbers. The main improvements of the system were (1) the redesign of the whole interface to enhance user experience, and (2) the enhancement of disease details pages with additional information of the related pediatric chronic specific diseases, drug repositioning data, etc.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

難病の多くは希少疾患であり患者数が少ないため、創薬研究がなかなか進まない状況である。一方、疾患数は約7,000、患者数合計は世界全体で3.5億人とされていて、疾患領域としての創薬ニーズが高い。本研究において開発・改良したDDrareは、薬と標的の情報を疾患横断的に比較可能とするデータベースである。これにより、製薬企業等の創薬研究において、DDrareは特にドラッグ・リポジショニング候補の探索に有用である。また、DDrareでは指定難病の疾患オントロジー(英語名及び同義語リスト)を整備していることから、国内外の様々な難病・希少疾患のデータをつないで利活用するためにも有用なデータベースである。

Report

(4 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • 2020 Research-status Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2023 2022 2021 2020 Other

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results) Book (2 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Drug repositioning trends in rare and intractable diseases2022

    • Author(s)
      Sakate Ryuichi、Kimura Tomonori
    • Journal Title

      Drug Discovery Today

      Volume: 27 Issue: 7 Pages: 1789-1795

    • DOI

      10.1016/j.drudis.2022.01.013

    • Related Report
      2022 Annual Research Report 2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Drug target gene-based analyses of drug repositionability in rare and intractable diseases2021

    • Author(s)
      Sakate Ryuichi、Kimura Tomonori
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 12338-12338

    • DOI

      10.1038/s41598-021-91428-4

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 小児慢性特定疾病児童等および指定難病患者データベースの連結による利活用推進研究2022

    • Author(s)
      山﨑千里, 坂手龍一, 村井英継, 盛一享德,木村友則
    • Organizer
      トーゴーの日シンポジウム2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] DDrare Update ~難病・希少疾患創薬データベースの更新~2022

    • Author(s)
      坂手龍一,宇佐美祐子,田辺麻央,深川明子,木村友則
    • Organizer
      トーゴーの日シンポジウム2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] PubMedによる指定難病と他疾患との創薬研究動向の比較2022

    • Author(s)
      平田誠,坂手龍一
    • Organizer
      トーゴーの日シンポジウム2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 難病における臨床試験中の治療薬と疾患遺伝子のパスウェイ解析2022

    • Author(s)
      田辺麻央,坂手龍一,木村友則
    • Organizer
      トーゴーの日シンポジウム2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Drug repositioning network in rare and intractable diseases based on analysis of clinical trial information.2022

    • Author(s)
      Sakate R, Kimura T
    • Organizer
      ASHG 2022 Annual Meeting
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] AI-AAM. Lead-to-lead scaffold hopping for drug repositioning.2022

    • Author(s)
      Nakabayashi Y, Tsumura K, Ohira S, Iwato K, Tanabe M, Usami Y, Sakate R, Kimura T.
    • Organizer
      CBI学会2022年大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 難病領域でのデータドリブンの研究と社会実装への展望2021

    • Author(s)
      木村友則、坂手龍一
    • Organizer
      2021年第3回HOT Forum(Health Outcomes & Technology Forum) -医療・ヘルスケア分野におけるアウトカム評価研究会-
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] DDrare - 難病の開発薬物と標的遺伝子・パスウェイのデータベース -2021

    • Author(s)
      坂手龍一、深川明子、宇佐美祐子、水口賢司、木村友則
    • Organizer
      トーゴーの日シンポジウム2021
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  • [Presentation] Drug Target Gene-based Analyses of Drug Repositionability in Rare and Intractable Diseases2021

    • Author(s)
      Sakate R., Kimura T.
    • Organizer
      CBI学会2021年大会
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  • [Presentation] 難病・希少疾患における薬物標的遺伝子によるドラッグ・リポジショニングの解析2021

    • Author(s)
      坂手龍一、木村友則
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 難病データベース:情報解析による難病創薬の効率化へ向けて 〜開発薬物データ(DDrare)、患者臨床データ〜2020

    • Author(s)
      坂手龍一
    • Organizer
      2020年度データ関連人材育成事業(D-DRIVE) 医療・創薬データサイエンスコンソーシアム(MD-DSC) 第2回連携機関連絡会議
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] DDrare ―難病の開発薬物と標的遺伝子・パスウェイのデータベース―2020

    • Author(s)
      坂手龍一、深川明子、水口賢司、鍵井英之、佐々木隆之、森田正実、木村友則
    • Organizer
      トーゴーの日シンポジウム2020
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] PubMedから探る難病創薬の研究動向2020

    • Author(s)
      平田誠、坂手龍一、甲斐陽子、深川明子、木村友則
    • Organizer
      トーゴーの日シンポジウム2020
    • Related Report
      2020 Research-status Report
  • [Presentation] 難治性疾患研究開発・支援センターにおける難病情報解析2020

    • Author(s)
      坂手龍一、木村友則
    • Organizer
      日本製薬工業協会 創薬研究部会
    • Related Report
      2020 Research-status Report
    • Invited
  • [Book] 腎疾患・透析最新の治療2023-20252023

    • Author(s)
      山縣邦弘、南学正臣
    • Total Pages
      400
    • Publisher
      南江堂
    • ISBN
      9784524233694
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  • [Book] 「世界のオーファンドラッグ開発動向 2021 ~ 創薬の疾患ターゲットの中心はオーファン疾患に ~」書籍+データ編2021

    • Author(s)
      (共著)
    • Total Pages
      247
    • Publisher
      株式会社シード・プランニング
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Remarks] 難病・希少疾患創薬データベース DDrare

    • URL

      https://ddrare.nibiohn.go.jp

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  • [Remarks] 難病・希少疾患創薬データベースDDrare

    • URL

      https://ddrare.nibiohn.go.jp

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  • [Remarks] DDrare: 難病・希少疾患創薬データベース

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      https://ddrare.nibiohn.go.jp

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Published: 2020-04-28   Modified: 2024-01-30  

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