ターゲット・リシーケンスによるイネ特定ゲノム領域内の網羅的一塩基多型検出法の確立
Project/Area Number |
21925027
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Research Category |
Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
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Allocation Type | Single-year Grants |
Research Field |
農学・水産学
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Research Institution | National Institute for Basic Biology |
Principal Investigator |
山口 勝司 National Institute for Basic Biology, 技術課, 技術職員
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Project Period (FY) |
2009
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Project Status |
Completed (Fiscal Year 2009)
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Budget Amount *help |
¥590,000 (Direct Cost: ¥590,000)
Fiscal Year 2009: ¥590,000 (Direct Cost: ¥590,000)
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Keywords | 次世代DNAシーケンサー / ターゲットリシーケンス |
Research Abstract |
研究課題である、ターゲット・リシーケンスによる特定ゲノム領域の網羅的一塩基多型を検出するための問題点の1つは、その領域を含むDNA断片を如何に釣り上げてくるかという点に注目し、研究を進めてきた。その中で他の研究者からの情報、および研究試薬会社からの情報として、鋳型となるDNAを用いて、目的のターゲット領域を釣り上げる方法よりむしろ、RNAを鋳型とする方が特異性が高いことが明らかにされた。これにより、本研究課題もその方法を利用しつつ、且つ安価にそれらをおこなうことができるような方法を目指した。主に、mRNAからcDNAを合成する際に、予めT7 RNAポリメラーゼのプロモータ配列を付加させる。次にin vitroでa RNAを合成することで、その領域を釣り上げる系の開発が可能であることが分かった。今後、この方法をさらに発展させることで、例えば、BACクローンの両端にT7RNAプロモータの配列を付加後、RNAをin vitroで合成することも可能であり、簡便に目的領域の鋳型をRNAとして合成する手法の目処が立ったと言える。 また、次世代DNAシーケンサーを用いて、一塩基多型を検出する場合、得られた結果の解析において、様々なバイオインフォマティックスの分野を含んだ検討をする必要性が研究課題を進める中で明確になった。特にシーケンスにより得られる個々の配列情報が短いものほど、一塩基多型と、単なる読み間違いによる変化の区別が難しく、個々の配列情報がゲノム上のどの場所由来によるものかを、より明確にする決定する手法の開発にも時間を費やした。現時点においては、それぞれの配列リードの由来する場所の確率をそれぞれ加味させて、解析を検討をすべきであると考えている。この点においては今後に課題を残した。
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Report
(1 results)
Research Products
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