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Study of protein crystal nucleation process using newly developed BLL nanostructures

Research Project

Project/Area Number 21H01754
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Review Section Basic Section 28030:Nanomaterials-related
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

Yao Min  北海道大学, 先端生命科学研究院, 名誉教授 (40311518)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 尾瀬 農之  北海道大学, 先端生命科学研究院, 教授 (80380525)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,420,000 (Direct Cost: ¥13,400,000、Indirect Cost: ¥4,020,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2022: ¥5,720,000 (Direct Cost: ¥4,400,000、Indirect Cost: ¥1,320,000)
Fiscal Year 2021: ¥6,630,000 (Direct Cost: ¥5,100,000、Indirect Cost: ¥1,530,000)
Keywords結晶核形成 / タンパク質 / BLLナノ構造 / 核剤 / 相転移 / 構造生物学
Outline of Research at the Start

タンパク質の結晶化には、基本的に大量な試行錯誤での条件探索が必要であり、タンパク質結晶構造解析法のボトルネック技術となっている。申請者は金属有機構造体の繰返し構造を利用したタンパク質結晶核形成技術を研究し、バランスト・ラティス・レッジ (BLL) と名付けたナノ構造がタンパク質の結晶核形成に非常に有効であることを見出した。本研究では、BLLナノ構造を持つ核剤が誘発する、タンパク質の「液液相分離を経た液結晶相転移メカニズム」を研究することによって、より汎用性のある有効な核剤の設計法を開発し、構造生物学分野だけではなく、医学や材料科学分野にも波及する結晶核形成過程制御技術の開拓をめざす。

Outline of Final Research Achievements

Protein crystal nucleation proceeds through a solution-crystal phase transition process, which is infrequent and difficult to control due to the morphological complexity of protein molecules and molecular surfaces. Therefore, even today, protein crystallization remains a significant challenge, as crystal structure analysis technology is developing rapidly. To overcome this problem, we have developed a nucleant Co-cage-1 with a BLL nanostructure, which induces regularity in the arrangement of protein molecules and promotes the process that causes molecular self-organization and crystalline packing.
In this study, we clarified and confirmed the nucleation mechanism of the BLL nanostructure, making it possible to design and create a more versatile and effective nucleating agent for protein crystallization.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

核剤によるタンパク質分子の溶液-結晶相転移の核形成機構は、長い間の研究にもかかわらず、未解明のままであるため、理論的に設計された汎用な核剤はまだ存在しない。本研究で得られた結果により、汎用性のある、有効なタンパク質結晶化の核剤の設計・創製が可能となり、タンパク質結晶学のボトルネックの解消が期待される。
また、タンパク質結晶核形成という溶液-結晶相転移の熱力学に支配される物理化学的過程は生体内でも観察され、白内障、筋萎縮性側索硬化症、鎌状赤血球貧血症、アルツハイマー病などの疾患の原因となっている。従って、本研究から得られた知見は、これらの疾病の形成過程の理解や治療にも繋がることが期待される。

Report

(4 results)
  • 2024 Final Research Report ( PDF )
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis of EHEP-mediated offense against phlorotannin-induced defense from brown algae to protect akuBGL activity2023

    • Author(s)
      Sun Xiaomei、Ye Yuxin、Sakurai Naofumi、Wang Hang、Kato Koji、Yu Jian、Yuasa Keizo、Tsuji Akihiko、Yao Min
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 12 Pages: 1-21

    • DOI

      10.7554/elife.88939

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural insights into the substrate specificity and activity of a novel mannose 2-epimerase from Runella slithyformis.2023

    • Author(s)
      Wang, H., Sun, X., Saburi, W., Hashiguchi, S., Yu, J., Ose, T., Mori, H., and Yao, M.
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D: Structural Biology

      Volume: 79 Issue: 7 Pages: 585-595

    • DOI

      10.1107/s205979832300390x

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural snapshot of a glycoside hydrolase family 8 endo-β-1,4-glucanase capturing the state after cleavage of the scissile bond2022

    • Author(s)
      Fujiwara Takaaki、Fujishima Ayumi、Nakamura Yui、Tajima Kenji、Yao Min
    • Journal Title

      Acta Crystallographica Section D Structural Biology

      Volume: 78 Issue: 2 Pages: 228-237

    • DOI

      10.1107/s2059798321012882

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] The study for understanding the reaction mechanism of tRNA seleno-modification enzyme SelU2023

    • Author(s)
      Takuya Usui, Hana Oe, Yume Ishikawa, Akiyoshi Nakamura, Toyoyuki Ose, Min Yao
    • Organizer
      International Union of Crystallography (IUCr 2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 新たな蛋白質結晶化促進剤の開発と応用2021

    • Author(s)
      姚閔
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 鉄硫黄クラスターを持つ酵素が触媒するtRNA硫黄修飾の反応機構2021

    • Author(s)
      石坂 優人, 陳 明皓, 奈良井 峻, 堀谷 正樹, 田中 良和, 于 健, 姚 閔
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] tRNA Se 修飾酵素 SelU の複数基質との相互作用解析2021

    • Author(s)
      碓井 拓哉, 大江 花, 中村 彰良, 尾瀬 農之, 姚 閔
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural insights into the phlorotannin binding of EHHP and akuBGL for producing biofuel from algae2021

    • Author(s)
      Xiaomei Sun, Yuxin Ye, Naofumi Sakurai, Koji Kato, Jian Yu, Keizo Yuasa, Akihiko Tsuji, Min Yao
    • Organizer
      IUCr2021 (国際結晶学会)
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 複数の転写後修飾を含むtRNA結合蛋白質の結晶化2021

    • Author(s)
      石坂 優人, 陳 明皓, 奈良井 峻, 堀谷 正樹, 田中 良和, 姚 閔
    • Organizer
      2021年度 日本結晶学会年会若手の会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Structure insights into the assembly of EnBcsEQR complex in cellulose synthesis2021

    • Author(s)
      Xiaomei Sun・Takaaki Fujiwara・Koji Kato・Naofumi Sakurai・Jian Yu・Min Yao
    • Organizer
      日本結晶学会2021年度年会及び会員総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Alfafold2を用いた構造未知酵素-tRNA複合体の位相決定2021

    • Author(s)
      碓井 拓哉・大江 花・尾瀬 農之・姚 閔
    • Organizer
      日本結晶学会2021年度年会及び会員総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Structure of a novel epimerase enzyme RsME: insights into the substrate recognition mechanism2021

    • Author(s)
      Hang Wang・Xiaomei Sun・Wataru Saburi・Jian Yu・Min Yao
    • Organizer
      日本結晶学会2021年度年会及び会員総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] GH8に属するエンドグルカナーゼBcsZの構造機能解析2021

    • Author(s)
      藤原 孝彰・藤島 あゆみ・中村 結衣・田島 健二・姚 閔
    • Organizer
      日本結晶学会2021年度年会及び会員総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] Synthesis of MOF nucleant with nanostructure via solution-phase self-assembly2021

    • Author(s)
      Long Li・Xiao-mei Sun・Min Yao
    • Organizer
      日本結晶学会2021年度年会及び会員総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] The structural and functional insights into tRNA ligation2021

    • Author(s)
      Meirong Chen・Wakana Suzuki・Jian Yu・Koji Kato・Min Yao
    • Organizer
      日本結晶学会2021年度年会及び会員総会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Presentation] 鉄硫黄クラスターの構造と酵素活性の相関解析によるtRNA硫黄修飾機構の解明2021

    • Author(s)
      石坂 優人, 陳 明皓, 奈良井 峻, 堀谷 正樹, 田中 良和, 姚 閔
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report
  • [Book] Cellulose2021

    • Author(s)
      Kenji Tajima, Tomoya Imai, Toshifumi Yui, Min Yao, and Inder Saxena.
    • Total Pages
      23
    • Publisher
      Springer
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2026-01-16  

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