Establishing a comparative method for time-course single-cell data to elucidate cell kinetics

Research Project

Project/Area Number	21K12109
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Allocation Type	Multi-year Fund
Section	一般
Review Section	Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
Research Institution	Osaka University
Principal Investigator	加藤有己大阪大学, 医学系研究科, 助教 (10511280)
Project Period (FY)	2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status	Granted (Fiscal Year 2021)
Budget Amount *help	¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000) Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000) Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000) Fiscal Year 2021: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Keywords	シングルセル解析 / 細胞状態経路 / 遺伝子発現
Outline of Research at the Start	近年の実験手法の発展により、組織や器官を形作る様々な細胞の種類や個数を、遺伝子発現情報をもとに１細胞レベルで定量できるようになった。ある時刻で組織から取得した細胞集団は様々な経過時間の細胞が含まれると考えられ、各細胞の発現データをコンピューターで解析することで、細胞状態の遷移過程 (細胞状態経路) を捉えることができる。本研究では、２つの細胞状態経路を、分岐などの形状情報を考慮し高精度で比較する手法を確立する。これにより、例えば疾患モデルとコントロールの二者の細胞状態経路を比較し、発現ダイナミクスの異なる因子を抽出することで、疾患病態の解明に迫ることができると考えられる。