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Elucidation of the third element of tritium exposure, "decay effect", by molecular simulation

Research Project

Project/Area Number 21K19845
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 63:Environmental analyses and evaluation and related fields
Research InstitutionKyoto Institute of Technology

Principal Investigator

FUJIWARA Susumu  京都工芸繊維大学, 材料化学系, 教授 (30280598)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 中村 浩章  核融合科学研究所, ヘリカル研究部, 教授 (30311210)
阿蘇 司  富山高等専門学校, その他部局等, 教授 (30290737)
米谷 佳晃  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 関西光科学研究所 光量子科学研究部, 主幹研究員 (80399419)
Project Period (FY) 2021-07-09 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,730,000 (Direct Cost: ¥2,100,000、Indirect Cost: ¥630,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Keywords分子動力学シミュレーション / 反応力場 / トリチウムの壊変効果 / DNAの水和構造 / OHラジカル / Geant4-DNA
Outline of Research at the Start

福島での原発事故において、トリチウム汚染水の処理が社会的関心を集めている。トリチウム被曝では、従来の研究で考慮されてきた直接作用と間接作用に加えて壊変効果が存在するにも関わらず、これまで見落とされてきた。本研究では、トリチウム被曝の第三要素「壊変効果」に着目し、置換トリチウムのβ壊変によるDNA損傷の分子機構を分子シミュレーションにより解明する。具体的には、トリチウムの置換部位を特定するための分子動力学(MD)計算とDNAの壊変効果を解析するための反応力場MD計算の組合せにより、置換トリチウムの壊変効果を解き明かす。さらに、置換トリチウムの壊変効果も含めたGeant4-DNAの開発を進める。

Outline of Final Research Achievements

Focusing on the third element of tritium exposure, "decay effect", we performed molecular dynamics (MD) calculations to identify the substitution site of tritium, aiming to elucidate the molecular mechanism of DNA damage by β-decay of substituted tritium through molecular simulations. The results show that the accessibility of DNA to sugar hydrogens differs significantly between water molecules and OH radicals. It was also found that the data on the substitution site of tritium obtained from MD calculations can be implemented in Geant4-DNA to examine the validity of the conditions for determining strand breakage by indirect action.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

福島での原発事故において、トリチウムを含む大量の汚染水の処理が社会的関心を集めている。トリチウム被曝においては、第三の要素「壊変効果」が存在するにも関わらず、これまで見落とされてきた。従来見落とされていた壊変効果の分子メカニズムを分子シミュレーションにより解き明かすことを目的とした本研究の成果は、生体の放射線被曝に関する理解の新展開に繋がるという学術的意義だけでなく、生体への放射線影響解析の今後の方向性を大きく変革し得るという社会的な意義も有する。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (22 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Mechanism of DNA Damage by Tritium―Fluorescence Microscope Observation of Double-Strand Breaks and Simulation2022

    • Author(s)
      藤原 進、波多野 雄治、中村 浩章
    • Journal Title

      Butsuri

      Volume: 77 Issue: 1 Pages: 35-41

    • DOI

      10.11316/butsuri.77.1_35

    • NAID

      130008139662

    • ISSN
      0029-0181, 2423-8872
    • Year and Date
      2022-01-05
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Open Access
  • [Journal Article] Damages of DNA in tritiated water2022

    • Author(s)
      Y. Hatano, H. Nakamura, S. Fujiwara, S. Seiki, T. Kenmotsu
    • Journal Title

      The Enzimes: DNA Damage and Double Strand Breaks Part A

      Volume: Vol. 5, Chap. 9 Pages: 131-152

    • DOI

      10.1016/bs.enz.2022.08.009

    • ISBN
      9780323993975
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Journal Article] Molecular dynamics study of microscopic mechanism of OH radical-induced DNA damage2022

    • Author(s)
      Ryuta Kawanami, Susumu Fujiwara, Tomoko Mizuguchi, Yoshiteru Yonetani, Hiroaki Nakamura
    • Journal Title

      Conference Proceedings of the 41st JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST 2022)

      Volume: - Pages: 270-273

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      2022 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Evaluation tolerance of DNA damaged by tritium beta decay using MD simulation2022

    • Author(s)
      Kento Ishiguro, Hiroaki Nakamura, Shunsuke Usami, Susumu Fujiwara, Seiki Saito
    • Journal Title

      Conference Proceedings of the 41st JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST 2022)

      Volume: - Pages: 135-138

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      2022 Annual Research Report
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  • [Journal Article] Atomistic analysis of strand breaks of DNA in tritiated water using Geant4-DNA simulation2022

    • Author(s)
      Tsukasa Aso, Masahara Hara, Yoshiyuki Hirano, Yoshiteru Yonetani, Susumu Fujiwara
    • Journal Title

      Conference Proceedings of the 41st JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST 2022)

      Volume: - Pages: 131-134

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  • [Journal Article] Effect of tritium beta decay in deoxy-D-ribose on duplex of telomeric DNA2021

    • Author(s)
      K. Ishiguro, H. Nakamura, T. Yasunaga, S. Fujiwara, T. Mizuguchi, A. Nakata, T. Miyazaki, T. Kenmotsu, Y. Hatano, S. Saito and Y. Yonetani
    • Journal Title

      Conference Proceedings of the 40th JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST 2021)

      Volume: - Pages: 352-355

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      2021 Research-status Report
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  • [Journal Article] 分子動力学法を用いた生体高分子のトリチウム誘起壊変シミュレーションと精度評価のための実験系の構築2021

    • Author(s)
      中村浩章、藤原進、波多野雄治
    • Journal Title

      プラズマ・核融合学会誌

      Volume: 97 Pages: 561-567

    • NAID

      40022741100

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      2021 Research-status Report
    • Open Access
  • [Journal Article] 置換トリチウムのβ崩壊に伴う高分子・DNA構造変化の分子シミュレーション2021

    • Author(s)
      藤原進
    • Journal Title

      分子研レターズ

      Volume: 84 Pages: 36-37

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    • Open Access
  • [Presentation] トリチウムβ崩壊を模擬したDNAテロメア構造の二重鎖切断の分子動力学シミュレーション2023

    • Author(s)
      中村 浩章, 石黒 健人, 藤原 進, 中田 彩子, 波多野 雄治, 齋藤 誠紀, 安永 卓生, 米谷 佳晃
    • Organizer
      日本物理学会2023年春季大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] トリチウム壊変効果による損傷がもたらすDNA鎖結合強度変化のMDシミュレーション2023

    • Author(s)
      石黒 健人, 中村 浩章, 宇佐見 俊介, 藤原 進, 齋藤 誠紀, 米谷 佳晃, 安永 卓生, 中田 彩子
    • Organizer
      2022年度核融合科学研究所一般共同研究(研究会)「医工連携を目指した生体分子・医療データの数値解析に関する研究会」
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  • [Presentation] OHラジカルによるDNAの水素引き抜きの分子論的メカニズム2023

    • Author(s)
      川波 竜太, 藤原 進, 水口 朋子, 米谷 佳晃, 阿蘇 司, 中村 浩章
    • Organizer
      2022年度核融合科学研究所一般共同研究(研究会)「医工連携を目指した生体分子・医療データの数値解析に関する研究会」
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Evaluation of the effect of tritium decay on the tolerance of DNA structure by MD simulation2022

    • Author(s)
      Kento Ishiguro, Hiroaki Nakamura, Shunsuke Usami, Susumu Fujiwara, Yuji Hatano
    • Organizer
      The 31st International Toki Conference on Plasma and Fusion Research (ITC-31)
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Study of damaged DNA sites by hydroxyl radical on the accessibility of deoxyribose hydrogen by using the Geant4-DNA based simulation2022

    • Author(s)
      Tsukasa Aso, Yoshiyuki Hirano, Masanori Hara, Yoshiteru Yonetani, Susumu Fujiwara
    • Organizer
      2022 IEEE Nuclear Science Symposium, Medical Imaging Conference and Room Temperature Semiconductor Detector Conference (2022 IEEE NSS-MIC-RTSD)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular dynamics study of microscopic mechanism of OH radical-induced DNA damage2022

    • Author(s)
      Ryuta Kawanami, Susumu Fujiwara, Tomoko Mizuguchi, Yoshiteru Yonetani, Tsukasa Aso and Hiroaki Nakamura
    • Organizer
      The 41st JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST2022)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Evaluation tolerance of DNA damaged by tritium beta decay using MD simulation2022

    • Author(s)
      Kento Ishiguro, Hiroaki Nakamura, Shunsuke Usami, Susumu Fujiwara and Seiki Saito
    • Organizer
      The 41st JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST2022)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] トリチウム崩壊がDNA構造の耐性に与える影響のMDシミュレーションによる評価2022

    • Author(s)
      中村 浩章, 石黒 健人, 宇佐見 俊介, 藤原 進, 波多野 雄治
    • Organizer
      第39回プラズマ・核融合学会 年会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAへのトリチウム壊変効果影響評価についての分子動力学シミュレーション2022

    • Author(s)
      中村 浩章, 石黒 健人, 藤原 進, 齋藤 誠紀, 波多野 雄治
    • Organizer
      第14回核融合エネルギー連合講演会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] トリチウム壊変がもたらすDNA損傷のMDシミュレーション2022

    • Author(s)
      石黒 健人, 中村 浩章, 宇佐見 俊介, 藤原 進, 齋藤 誠紀, 米谷 佳晃
    • Organizer
      光・量子ビーム科学合同シンポジウム2022(OPTO2022)
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] OHラジカルによるDNA損傷メカニズムの分子動力学シミュレーション研究2022

    • Author(s)
      川波 竜太, 藤原 進, 水口 朋子, 米谷 佳晃, 中村 浩章
    • Organizer
      光・量子ビーム科学合同シンポジウム2022(OPTO2022)
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  • [Presentation] OHラジカルによるDNA損傷メカニズムの分子動力学シミュレーション研究2022

    • Author(s)
      川波 竜太, 藤原 進, 水口 朋子, 米谷 佳晃, 中村 浩章
    • Organizer
      量子生命科学会第4回大会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] DNAテロメア壊変のReaxFF を用いたMD シミュレーション2022

    • Author(s)
      石黒 健人, 中村 浩章, 安永 卓生, 藤原 進, 水口 朋子, 中田 彩子, 宮崎 剛, 剣持 貴弘, 波多野 雄治, 斉藤 真司, 米谷 佳晃
    • Organizer
      2021年度核融合科学研究所一般共同研究(研究会)
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Effect of tritium beta decay in deoxy-D-ribose on duplex of telomeric DNA2021

    • Author(s)
      Kento Ishiguro, Hiroaki Nakamura, Takuo Yasunaga, Susumu Fujiwara, Tomoko Mizuguchi, Ayako Nakata, Tsuyoshi Miyazaki, Takahiro Kenmotsu, Yuji Hatano, Shinji Saito, Yoshiteru Yonetani
    • Organizer
      The 40th JSST Annual International Conference on Simulation Technology (JSST2021)
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2021-07-13   Modified: 2024-01-30  

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