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Elucidation of epigenetic pattern formation mechanisms that distinguish genes from harmful sequences

Research Project

Project/Area Number 22K06180
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 43050:Genome biology-related
Research InstitutionInstitute of Science Tokyo (2024)
The University of Tokyo (2022)

Principal Investigator

To Taiko  東京科学大学, 生命理工学院, 准教授 (10623978)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2022: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
KeywordsDNAメチル化 / 植物 / エピジェネティクス / トランスポゾン / ヘテロクロマチン / ヒストンバリアント / クロマチン / ゲノム
Outline of Research at the Start

真核生物は、ゲノム中に存在する遺伝子と有害配列を正確に識別し、それぞれに適したクロマチン修飾を付加して転写制御する。この識別は個体発生やゲノム維持に不可欠であるが、識別メカニズムは未知である。本研究では、CGメチル化とヒストンバリアントに焦点をあて、遺伝学とエピゲノミクスを駆使して、エピゲノムパターン構築におけるこれら因子の寄与を評価し、遺伝子と有害配列を識別する機構解明を目指す。

Outline of Final Research Achievements

This study aimed to elucidate the mechanism by which plants identify and specifically suppress harmful transposable elements in their genomes.Through observations of the loss and recovery of repressive epigenetic modifications, it was revealed that histone H2A variants play a crucial role in the formation of transposon-specific repressive modifications in chromosome arm regions, with H2A.W promoting heterochromatin formation. On the other hand, in the pericentromeric regions where transposons are densely located, robust and autonomous recovery was observed, indicating that the chromosomal position significantly influences the efficiency of repressive epigenome pattern formation.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

遺伝子抑制に関与するエピジェネティック修飾について、消失した際の転写への影響や表現型解析などが主流な中、植物が抑制対象をどのように識別するか、といった研究は少ない。しかし、その知見はエピゲノム編集技術の開発のためには不可欠であり、解明が求められている。本研究は、ヒストンH2Aバリアントが植物のエピゲノムパターン形成に重要であることを遺伝学的に示し、本成果はエピゲノム編集技術の開発に資する。

Report

(2 results)
  • 2024 Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2022

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Crosstalk among pathways to generate DNA methylome2022

    • Author(s)
      To Taiko Kim、Kakutani Tetsuji
    • Journal Title

      Current Opinion in Plant Biology

      Volume: 68 Pages: 102248-102248

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2022.102248

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 非ゲノム情報のゲノム内パターン形成における非ゲノム情報間クロストーク - 植物の視点から -2022

    • Author(s)
      藤泰子、角谷徹仁
    • Organizer
      第74回細胞生物学会 シンポジウム
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 2種のDNAメチル化間のクロストークが植物エピゲノムパターン形成を駆動する2022

    • Author(s)
      藤 泰子, 山崎慈恵, 小田頌子, 富永さやか, 竹内俊平, 角谷徹仁
    • Organizer
      第94回日本遺伝学会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Local and global crosstalk among heterochromatin marks drives epigenome patterning in plants2022

    • Author(s)
      Taiko To, Tetsuji Kakutani
    • Organizer
      第95回日本生化学会シンポジウム
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Local and global crosstalk among heterochromatin marks drives epigenome patterning in plants2022

    • Author(s)
      Taiko To, Tetsuji Kakutani
    • Organizer
      第1回非ゲノム情報複製シンポジウム
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Crosstalk between CG and non-CG DNA methylation drives plant epigenomic pattern formation2022

    • Author(s)
      Taiko To, Chikae Yamasaki, Shoko Oda, Shumpei Takeuchi, Sayaka Tominaga, Tetsuji Kakutani
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia, Plant Epigenetics
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2026-01-16  

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