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Toward an integrated theory of the relationship between chemotrophic microbial communities and free energy

Research Project

Project/Area Number 22K06390
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 45040:Ecology and environment-related
Research InstitutionNara Women's University

Principal Investigator

瀬戸 繭美  奈良女子大学, 自然科学系, 助教 (10512717)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2023: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywords酸化還元 / 化学熱力学 / 微生物生態学 / 群集生態学 / 地球微生物学 / ギブスエネルギー / 生物多様性 / 生態系機能 / 微生物群集 / ネットワーク / 生体エネルギー論 / 酸化還元化学 / 個体群動態モデル / 化学合成微生物 / 物質循環 / 熱力学 / 理論生態学
Outline of Research at the Start

本研究は化学反応をエネルギー源として利用する微生物の群集構造と系のエネルギーの関係性をモデル・シミュレーションで明らかにし、統合的理論を確立することを目標とする。生命は個体、個体群、群集、生態系のそれぞれの階層で、エネルギー獲得によりその機能を維持する。生物群集構造とエネルギー状態やその利用効率との間に法則性を見出すことは生態学の理論を補強するだけでなく、他階層の生命の理解をも助けるだろう。

Outline of Annual Research Achievements

本年度の研究では、化学合成微生物群集とその生態系の自由エネルギーの動態に焦点を当て、Eco-geochemicalモデル(Eco-Redoxモデルに改称)を用いた数値シミュレーションを実施した。以下に成果をまとめる。
・系の自由エネルギーと微生物群集の関係:化学合成微生物群集と系の自由エネルギーの関係性を明らかにするため、ギブスエネルギーを指標としたシミュレーションを行った。これにより、微生物の種数やリサイクル率が高いほど、ギブスエネルギー利用量が増加することが示された。この結果は、エネルギー供給量が少ない状態での微生物のエネルギー保存戦略を説明する。
・微生物群集の相互作用とエネルギー利用効率:相利的な種間相互作用が多いほど、系の自由エネルギーの利用効率が向上することが示された。この研究では、種間相互作用のパターンがエネルギー効率に与える影響を評価することで、群集のエネルギー利用に関する法則性を読み解くことができることを明らかにした。
・研究成果の発表と次のステップ:本研究成果をEcology Letters誌で発表した(Seto, M., & Kondoh, M. (2023). Microbial redox cycling enhances ecosystem thermodynamic efficiency and productivity. Ecology Letters, 26(10), 1714-1725.)。この論文では、エネルギー供給が少ない生態系における微生物のエネルギー保存戦略と相互作用がエネルギー利用効率を向上させることを示した。さらに、現在は窒素の反応系を対象とした反応ネットワーク研究を進めており、この結果についても論文化を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

まず、化学合成微生物群集と生態系の自由エネルギーの関係性について、当初目標以上の成果が得られた。ギブスエネルギーを指標としたシミュレーションにより、微生物の種数やリサイクル率が高いほど、ギブスエネルギー利用量が増加することを示した。この成果は、エネルギー供給量が少ない環境においても微生物生態系が維持されるメカニズムを明らかにするものである。
次に、微生物群集の相互作用とエネルギー利用効率に関する研究も目標を達成することができた。研究の結果、相利的な種間相互作用が多いほど、系の自由エネルギーの利用効率が向上することが示された。これにより、種間相互作用のパターンが群集のエネルギー利用に与える影響を明らかにすることができた。
さらに、本研究の成果を国際誌であるEcology Letters誌に発表した。この論文では、エネルギー供給が少ない生態系における微生物のエネルギー保存戦略と相互作用がエネルギー利用効率を向上させることを示した。また、論文の内容を国内外の学会やセミナーで発表した。
現在進行中の窒素反応系を対象とした反応ネットワーク研究も順調に進んでおり、この分野における新たな知見の創出が期待されている。この研究では、窒素反応系の中で特にエネルギー出力が大きい反応が微生物代謝と合致しているかどうかを調べており、既に論文化を進めている段階である。この進捗は、当初計画の時点では予測していなかったものであり、研究の発展性を示す重要な成果である。

Strategy for Future Research Activity

反応ネットワーク研究の拡張:
現状、現実の反応系を対象としたモデリングは窒素の酸化還元反応系のみを対象として実施している。今後は他の酸化還元化学種とその反応系を入力データに追加し、エネルギー出力の大きい反応と微生物代謝との合致について評価する。

自由エネルギーと微生物代謝の進化・群集の安定性の関係性:
これまでの研究から、微生物多様性や群集間相互作用と自由エネルギー利用との間に法則性が存在することが明らかになった。もし、微生物群集がエネルギー利用を増加する方向に発展する傾向があるのであれば、微生物多様性や相互作用はエネルギー獲得をめぐる進化過程によって複雑化し、特に利用エネルギーが限られる場合には相利的な群集に向かうと考えられる。そこで、進化シミュレーションを実施することにより、この予測が正しいかどうかを検証する。

Report

(2 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 8 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Microbial redox cycling enhances ecosystem thermodynamic efficiency and productivity2023

    • Author(s)
      Seto Mayumi、Kondoh Michio
    • Journal Title

      Ecology Letters

      Volume: 26 Issue: 10 Pages: 1714-1725

    • DOI

      10.1111/ele.14287

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] An integrated theoretical approach towards ecolagical understanding of microbial communities and reaction networks2023

    • Author(s)
      Seto Mayumi
    • Organizer
      The CIJK International Conference on Mathematical and Theoretical Biology
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Microbial community ecosystem network model for chemical energy transport2023

    • Author(s)
      Seto Mayumi
    • Organizer
      The 2nd Joint Symposium of the international Societies for Environmental Biogeochemistry and Subsurface Microbiology
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Adaptive Metabolic Evolution:Converging on Ecological Redox Niches2023

    • Author(s)
      Seto Mayumi
    • Organizer
      The 36th JSME & The13th ASME
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 微生物の酸化還元ネットワーク理解のための数理「化学」アプローチ2023

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      2023年度数理生物学会年会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Eco-redox network model: Efficient energy-use strategy at microbial community level2023

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      11th ELSI symposium: The Living Universe
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 微生物反応ネットワークと理論研究の展望2023

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      触媒・酵素・エコシステムの統合理解に向けた数理実験融合 2023年3月9日
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Thermodynamics-based microbial network modeling: Efficient energy-use strategy at community level2023

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      Research meeting: Principle of Microbial Ecosystems
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 微生物レドックスネットワークの トポロジーに依存した熱力学的効率2023

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      第70回 日本生態学会大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Q*則: 生命とギブスエネルギーのフィードバック2022

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      2022年日本数理生物学会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Eco-redox network model を用いた化学合成微生物群集 の発展とエネルギー転換効率に関する熱力学的考察2022

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      2022年度日本地球化学会年会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Eco-redox model: Towards a fundamental understanding of ecological metabolism2022

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      RIKEN seminar
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 化学合成微生物群集の熱力学的理解: 群集レベルのエネルギー利用最適化戦略2022

    • Author(s)
      瀬戸繭美
    • Organizer
      数理生物学のフロンティア2022
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Remarks] 瀬戸研究室

    • URL

      https://www.e.ics.nara-wu.ac.jp/~seto/index_ja.html

    • Related Report
      2023 Research-status Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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