| Project/Area Number |
22KJ0786
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| Project/Area Number (Other) |
22J10792 (2022)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2023)
Single-year Grants (2022) |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 56030:Urology-related
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
牧野 克洋 東京大学, 大学院医学系研究科, 特別研究員(DC2)
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| Project Period (FY) |
2023-03-08 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥1,700,000 (Direct Cost: ¥1,700,000)
Fiscal Year 2023: ¥400,000 (Direct Cost: ¥400,000)
Fiscal Year 2022: ¥900,000 (Direct Cost: ¥900,000)
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| Keywords | シングルセル解析 / 尿路上皮癌 / 膀胱癌 / シングルセルマルチオミクス / マルチオミクス / 免疫微小環境 |
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| Outline of Research at the Start |
近年シングルセル解析を用いて、腫瘍免疫微小環境を詳らかにする"cell atlas project"が多くのがん種で行われている。しかしながら、泌尿器悪性腫瘍（特に尿路上皮癌）については十分な細胞数のアトラスが未だないのが現状である。
また、その多くがsingle-cell RNA-seqを用いて作られたアトラスであるが、我々は単一細胞からトランスクリプトーム、エピゲノム、細胞表面タンパクの3層にわたる情報を同時にかつ網羅的に取得可能なDOGMA-seqを利用して、より精緻に免疫微小環境を特徴づけることを目的としている。
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| Outline of Annual Research Achievements |
DOGMA-seqと呼ばれるsingle-cell multi-omicsアプローチを用いて、尿路上皮癌の免疫微小環境についてのcell atlas作成を試みた。1年目にDOGMA-seqに使用する検体の収集を行い、dissociationした後に凍結保存した。2年目にこれらのサンプルをを利用してDOGMA-seqを行った。
得られた遺伝子発現プロファイルに基づいて腫瘍細胞に内在するgene programを同定し、特定のgene programが予後と相関することを見出した。Spatial transcriptome analysisを併用し、このgene programの発現が高い腫瘍は免疫抑制性の癌関連線維芽細胞を腫瘍近位に誘導し、immune coldなニッチを形成することを明らかにした。さらに、DOGMA-seqによって得られた表面タンパクの発現状況や転写因子のactivityを推定することで、このgene programを駆動するregulonが同定できた。これらはbulk RNA-seqの結果に基づいて提唱されている従来の分類とは異なる新たな患者層別化を提唱し、尿路上皮癌の潜在的な新規治療標的分子を提供するものである。
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