| Project/Area Number |
22KJ3202
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| Project/Area Number (Other) |
22J00577 (2022)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2023)
Single-year Grants (2022) |
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| Section | 国内 |
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| Review Section |
Basic Section 40040:Aquatic life science-related
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases (2023)
Fisheries Research and Education Agency (2022) |
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Principal Investigator |
川戸 智 国立感染症研究所, 感染症危機管理研究センター, 任期付研究員
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| Project Period (FY) |
2023-03-08 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | 内在性ウイルス配列 / WSSV / 甲殻類 / クルマエビ / ニマウイルス科 |
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| Outline of Research at the Start |
クルマエビの染色体には、自らのゲノムを埋め込み潜伏する大型DNAウイルス (Marsupenaeus japonicus endogenouos nimavirus: MjeNMV)が散在する。本研究の目的は、クルマエビゲノム中にMjeNMVが存在し続けられるメカニズムを解明するとともに、ストレスによるMjeNMV暴走の可能性と、暴走がクルマエビの繁殖に与える影響を検証することである。
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| Outline of Annual Research Achievements |
公共データベース上の甲殻類ゲノムデータからウイルス由来配列を複数発見したほか、ウイルスおよび最近のゲノムダイアグラムを描画するプログラムの開発を進めた。
ホワイトスポットシンドロームウイルス (WSSV) のカプシドタンパク質 (VP664) アミノ酸配列をクエリとしてNCBIデータベースに対してTBLASTN検索を行い、ニマウイルス由来配列を複数発見した。ニマウイルス科内在性ウイルスはクルマエビ類以外の甲殻類にも幅広く存在しており、宿主ゲノム中に複数コピーが存在していると考えられた。これらの配列はいずれもゲノムアセンブリ上の配列であるが、ウイルスの全長ゲノム配列がそのまま取得できることはほとんどない。そこで、ウイルスのドラフト配列をアセンブリから切り出し、ウイルス配列に対して生リード配列を貼り付け、再アセンブリすることで、ウイルスゲノムのコンセンサス配列を得た。これまでに収集した配列をもとに、内在性ニマウイルスをニマウイルス科の種として国際ウイルス分類委員会 (ICTV) に申請する準備を進めている。
微生物ゲノム描画プログラムのパッケージ化を進めている。元となったPythonスクリプトは2022年に作成したものであり、これまでに3報の英文査読論文で使用している。本プログラムはGenBank形式ファイルを入力として環状・直鎖状ゲノムを描画し、 PNG, PDF, SVG等の形式で画像ファイルを出力する。現在、エラー・例外発生時の処理を実装して安全性を強化するとともに、ユーザー向けのドキュメンテーションを追加している。完成後はMIT licenseのオープンソースソフト としてcondaパッケージを公開予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
今年度はクルマエビのドラフトゲノム構築を予定していたが、研究代表者が他機関へ異動したためサンプルの入手・生体の維持が想定していたよりも困難となった。代替として、今年度は解析・可視化手法の精緻化を進めた。
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| Strategy for Future Research Activity |
甲殻類生体を入手・維持することが必ずしも容易ではないため、配列解析およびその手法開発を中心に据えることを検討する。
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