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自動追跡ロボット技術と超高速三次元イメージング技術の統合による脳動作原理の解明

Research Project

Project/Area Number 22KK0100
Research Category

Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 44:Biology at cellular to organismal levels, and related fields
Research InstitutionNagoya City University

Principal Investigator

木村 幸太郎  名古屋市立大学, 大学院理学研究科, 教授 (20370116)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 武石 明佳  国立研究開発法人理化学研究所, 脳神経科学研究センター, 理研白眉研究チームリーダー (30862007)
大友 康平  順天堂大学, 大学院医学研究科, 先任准教授 (40547204)
堤 元佐  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(機構直轄研究施設), 生命創成探究センター, 特任助教 (60782422)
高橋 光規  山梨大学, 大学院総合研究部, 助教 (30788922)
Project Period (FY) 2022-10-07 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥20,020,000 (Direct Cost: ¥15,400,000、Indirect Cost: ¥4,620,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000)
Fiscal Year 2023: ¥10,660,000 (Direct Cost: ¥8,200,000、Indirect Cost: ¥2,460,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Keywordsイメージング / カルシウムイメージング / 高速三次元イメージング / 自動追跡 / 線虫C. エレガンス
Outline of Research at the Start

脳研究は現代生命科学における一大重要分野であるが、脳の動作原理の詳細は不明な点が多い。本研究では、米国コロンビア大学・Hillmanらが開発した超高速三次元イメージングシステムSCAPEと、研究代表者・木村の自動追跡型ロボット顕微鏡OSBを統合し、線虫C. エレガンスの脳全体の神経細胞活動と行動を網羅的かつ自動的に計測する世界で唯一の自動追跡型超高速三次元イメージングロボット顕微鏡を開発する。これにより、線虫の刺激応答行動やその学習に関わる重要な神経細胞活動の伝達経路を解明し、脳の基本的動作原理の理解につなげる。また本研究成果を新たな生体深部高速イメージング技術の開発に発展させる。

Outline of Annual Research Achievements

脳研究は現代生命科学における一大重要分野であるが、脳の動作原理の詳細は不明な点が多い。本研究では、米国コロンビア大学・ヒルマン教授らが開発した超高速三次元イメージング顕微鏡(SCAPEシステム)と、研究代表者・木村の自動追跡型ロボット顕微鏡を統合し、モデル動物・線虫C. エレガンスの脳全体の神経細胞活動と行動を網羅的かつ自動的に計測する世界で唯一の自動追跡型超高速三次元イメージングロボット顕微鏡を開発することを目指している。これにより、脳機能に重要な活動カスケードの全体像を世界で初めて解明することが可能になる。本研究で確立した手法をさらに発展させることで、カルシウムイメージング・高密度神経プローブ・機能的MRIなどによって高等動物やヒトの脳から得られた大規模神経活動データから重要な神経活動伝達経路を正確に推定する技術の開発にも貢献できる。
当該年度においてSCAPEシステムの検討をさらに進めた結果、基本設計は優れている一方で、運用面の細部において複数の問題が明らかになった。並行して代替システムの検討を行った結果、ライトフィールド顕微鏡システム(以下「LFMシステム」)が候補に上がった。そこで同システムの検討を進めていた分担者・高橋との共同研究を開始した。既に報告されているLFMシステムに対して独自の改良を進める事で、速度・解像度共にSCAPEシステムを上回る性能を実現しつつある。
なお、研究代表者が所有する自動追跡顕微鏡ステージに一時的なトラブルが発生したが、現在はすでに解消されている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

1. 超高速三次元イメージングと自動追跡顕微鏡ステージとの統合:上述のように、SCAPEシステムは基本設計は優れているものの、実際の運用にかかわる細部において問題がいくつか存在する事が明らかになった。SCAPEシステムは現在でも注目を集めている先端的な光学系であるが、本プロジェクトに関しては必ずしも最適でないことがこの時点で明らかになった。そこで、分担者・高橋とLFMシステムの共同研究を開始した。既に報告されているLFMシステムに対してハードウェアおよびソフトウェアレベルの独自の改良を進める事で、速度・解像度共にSCAPEシステムを超える性能が達成されつつある。なお、以上の過程において分担者・大友および堤とも議論や技術的な検討を行った。
2. アリーナ型のマイクロ流体装置:行動中の線虫の脳全体の神経活動を上記システムで高倍率で計測するためには、専用のマイクロ流体装置を用いる必要がある。分担者・高橋との共同研究として、木村Gにマイクロ流体装置を作成するための機材一式を導入した。これにより、外注すると高価な線虫行動用マイクロ流体装置を安価に作成できるようになった。
3.感覚刺激に対する全脳神経活動と行動を結ぶ活動カスケード:拘束下の線虫に対して、刺激に対する全脳神経活動を計測した。さらに全脳神経活動を数理モデル化して解析を行った結果、重要な活動を示す神経細胞群を客観的に抽出する事が可能になった。なお、分担者・武石とも議論や技術的な検討を行った。

Strategy for Future Research Activity

1. 超高速三次元イメージングと自動追跡顕微鏡ステージとの統合:主に分担者・高橋との共同研究として、代表者・木村の研究室にLFMシステムを導入している。近日中に完成する予定であるので、自動追跡顕微鏡ステージと組み合わせて、マイクロ流体装置中の線虫の全脳神経活動を計測する。実際に運用を始めれば、LFMシステムのハードウェア、マイクロ流体装置、得られたデータの処理にはさまざまな最適化が必要になると予想されるが、これまでの経験から問題の解決は可能であると考えている。
2. 感覚刺激に対する全脳神経活動と行動を結ぶ活動カスケード:これまでの研究から、拘束下の線虫において電気刺激に対して重要な活動を示す神経細胞を数理モデルから推定する事ができた。今後はこれら推定された神経細胞の機能的重要性を実験的に検証することを目指す。具体的には、推定された神経細胞にヒスタミンによって開口する陰イオンチャネル (HisCl)を発現させた形質転換株を作製し、この線虫にヒスタミンを添加して電気応答行動に異常が生じれば実際に重要な神経細胞である事が証明できる。逆に光刺激によって開口する陽イオンチャネルChRを用いることもできる。

Report

(3 results)
  • 2024 Research-status Report
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • Research Products

    (20 results)
  • Research Data

    (1 results)

All 2025 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 9 results)

  • [Int'l Joint Research] University of California, San Francisco/University of Massachusetts(米国)

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  • [Int'l Joint Research] Columbia大学/Northeastern大学(米国)

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  • [Journal Article] Unifying community whole-brain imaging datasets enables robust neuron identification and reveals determinants of neuron position in C. elegans2025

    • Author(s)
      Sprague Daniel Y.、Rusch Kevin、Dunn Raymond L.、Borchardt Jackson M.、Ban Steven、Bubnis Greg、Chiu Grace C.、Wen Chentao、Suzuki Ryoga、Chaudhary Shivesh、Lee Hyun Jee、Yu Zikai、Dichter Benjamin、Ly Ryan、Onami Shuichi、Lu Hang、Kimura Koutarou D.、Yemini Eviatar、Kato Saul
    • Journal Title

      Cell Reports Methods

      Volume: 5 Issue: 1 Pages: 100964-100964

    • DOI

      10.1016/j.crmeth.2024.100964

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    • Author(s)
      Takahashi Taiga、Zhang Hong、Agetsuma Masakazu、Nabekura Junichi、Otomo Kohei、Okamura Yosuke、Nemoto Tomomi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 7 Issue: 1 Pages: 232-232

    • DOI

      10.1038/s42003-024-05865-8

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  • [Journal Article] Multibeam continuous axial scanning two-photon microscopy for in vivo volumetric imaging in mouse brain2024

    • Author(s)
      Ataka Mitsutoshi、Otomo Kohei、Enoki Ryosuke、Ishii Hirokazu、Tsutsumi Motosuke、Kozawa Yuichi、Sato Shunichi、Nemoto Tomomi
    • Journal Title

      Biomedical Optics Express

      Volume: 15 Issue: 2 Pages: 1089-1089

    • DOI

      10.1364/boe.514826

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  • [Journal Article] Seg2Link: an efficient and versatile solution for semi-automatic cell segmentation in 3D image stacks2023

    • Author(s)
      Wen Chentao、Matsumoto Mami、Sawada Masato、Sawamoto Kazunobu、Kimura Koutarou D.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 7109-7109

    • DOI

      10.1038/s41598-023-34232-6

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  • [Journal Article] Electric shock causes a fleeing-like persistent behavioral response in the nematode <i>Caenorhabditis elegans</i>2023

    • Author(s)
      Tee Ling Fei、Young Jared J、Maruyama Keisuke、Kimura Sota、Suzuki Ryoga、Endo Yuto、Kimura Koutarou D
    • Journal Title

      GENETICS

      Volume: 225 Issue: 2

    • DOI

      10.1093/genetics/iyad148

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  • [Journal Article] Neural mechanism of experience-dependent sensory gain control in C. elegans2023

    • Author(s)
      Ikejiri Yosuke、Tanimoto Yuki、Fujita Kosuke、Hiramatsu Fumie、Yamazaki Shuhei J.、Endo Yuto、Iwatani Yasushi、Fujimoto Koichi、Kimura Koutarou D.
    • Journal Title

      Neuroscience Research

      Volume: 191 Pages: 77-90

    • DOI

      10.1016/j.neures.2023.01.006

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  • [Journal Article] Optical Control of Cell Signaling with Red/Far-Red Light-Responsive Optogenetic Tools in Caenorhabditis elegans2023

    • Author(s)
      Oda Shigekazu、Sato-Ebine Emi、Nakamura Akinobu、Kimura Koutarou D.、Aoki Kazuhiro
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 12 Issue: 3 Pages: 700-708

    • DOI

      10.1021/acssynbio.2c00461

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Improving two-photon excitation microscopy for sharper and faster biological imaging2023

    • Author(s)
      Otomo Kohei、Ishii Hirokazu、Nemoto Tomomi
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 20 Issue: 1 Pages: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0009

    • ISSN
      2189-4779
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 「一遺伝子一項」説:線虫の感覚ニューロン活動の数理モデルと遺伝子の対応2025

    • Author(s)
      木村幸太郎
    • Organizer
      定量生物学の会 九州大学キャラバン 2025
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    • Invited
  • [Presentation] Whole-brain functional omics approach in C. elegans: single-cell gene expression, circuit mapping, activity imaging and manipulation.2025

    • Author(s)
      木村幸太郎
    • Organizer
      APPW2025(第130回日本解剖学会/第102日本生理学会/第98回日本薬理学会合同大会)
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  • [Presentation] Seeing and manipulating the mind of a worm2024

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      Kotaro Kimura
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      MNC2024 (37th International Microprocesses and Nanotechnology Conference)
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  • [Presentation] 進化を超えて保存されたドーパミンの役割とは?遺伝学や人工知能解析から見えてくるもの2024

    • Author(s)
      木村幸太郎
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      第26回活性アミンに関するワークショップ
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  • [Presentation] 記憶・意思決定・感情の原理解明を目指した線虫の全脳活動イメージング2023

    • Author(s)
      木村幸太郎
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      第72回「脳の医学・生物学研究会」
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      木村幸太郎
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      第75回日本細胞生物学会、シンポジウム:環境を感じる細胞(招待講演)
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    • Author(s)
      Kohei Otomo
    • Organizer
      Neurolunch; Colombia Univ. Biological Sciences
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  • [Presentation] Multidimensional intravital imaging based on novel multi-photon microscopic technologies2023

    • Author(s)
      Kohei Otomo
    • Organizer
      第 100 回日本生理学会大会
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  • [Presentation] 生体内 3D構造の縦断可視化に向けた蛍光顕微技術開発2023

    • Author(s)
      大友康平
    • Organizer
      第 14 回 「光塾」
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    • Invited

All 2026

  • Whole-brain spontaneous GCaMP activity with NeuroPAL cell ID information of semi-restricted worms2026

    • Funder
      • Funder Name
        Japan Society For The Promotion Of Science
      • e-Rad_funder
        1025
      • Identifier of Crossref Funder Registry

        https://doi.org/10.13039/501100001691

      • Japan Grant Number
        JP22KK0100
      • Project Name
        自動追跡ロボット技術と超高速三次元イメージング技術の統合による脳動作原理の解明
    • Title
      Whole-brain spontaneous GCaMP activity with NeuroPAL cell ID information of semi-restricted worms
    • Issued Date
      2026-04-06
    • Abstract
      Spontaneous neuronal activities were extracted from GCaMP and tagRFP images, covering nearly all neurons in the nematode C. elegans brain.
    • Research Field
      ライフサイエンス
    • Data Type
      experimental data
    • Data Utilization and Provision Policy
      CC-BY-4.0
    • Access Rights Type
      open access
    • Repository Information
      生命科学系データベースアーカイブ
    • DOI

      10.48324/dandi.000692/0.240402.2118

    • Contributor
      • Contributor Type
        Data Manager
      • Contributor Name
        DANDI (https://dandiarchive.org)
      • Contributor Type
        Hosting Institution
      • Contributor Name
        The BRAIN Initiative (https://braininitiative.nih.gov)
      • Contributor Type
        Contact Of Data Manager
      • Contributor Name
        satra*mit.edu (メールアドレスは「@」を「*」に置換しています。)
    • Data No.

      JP22KK0100-2024-0001

    • Related Report
      2024 Research-status Report

URL: 

Published: 2022-10-11   Modified: 2026-04-14  

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