Uncovering hidden functions of intrinsic metabolites using chemical genetics and informatics

• Project/Area Number: 23H05473
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Broad Section F
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 吉田 稔 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, グループディレクター (80191617)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 白井 智量 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 上級研究員 (00639586) ; 西村 慎一 広島大学, 統合生命科学研究科(生), 教授 (30415260) ; 伊藤 昭博 東京薬科大学, 生命科学部, 教授 (40391859)
• Project Period (FY): 2023-04-12 – 2028-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥204,750,000 (Direct Cost: ¥157,500,000、Indirect Cost: ¥47,250,000); Fiscal Year 2024: ¥40,040,000 (Direct Cost: ¥30,800,000、Indirect Cost: ¥9,240,000); Fiscal Year 2023: ¥55,120,000 (Direct Cost: ¥42,400,000、Indirect Cost: ¥12,720,000)
• Keywords: 内在性代謝物 / 化学遺伝学 / 翻訳後修飾 / 細胞間コミュニケーション / シミュレーション / 代謝フェロモン / 代謝シミュレーション

Outline of Research at the Start

近年、本来の機能とは異なる代謝物の活性に注目が集まっている。しかし、代謝物の新しい活性を探索しようという研究は、代謝物ライブラリーや適切な評価系がないなどの理由で、偶然に発見されたものを除いてほとんど行われてこなかった。よって組織的に代謝物の新機能を解明しようという研究は、未知の新しい研究領域を拓く可能性がある。そこで、(1) 申請者らが独自に構築した内在性代謝物ライブラリーや天然化合物ライブラリーを用いて新機能代謝物と代謝変換化合物を探索し、 (2) 脂質代謝による細胞内応答、(3) 代謝物を介した細胞間コミュニケーション、 (4) 代謝フラックス予測技術を用いた情報科学を展開し、代謝物の新機能発見に迫る。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、組織的に代謝物の新機能を解明することを目指し、以下の結果を得た。(1) 新機能代謝物と代謝変換化合物の探索：独自の内在性代謝物ライブラリーから低酸素応答に関わる転写因子HIF-1αを活性化するオンコメタボライト様活性を有するN-アシルドーパミンを同定した。ドーパミンアシル化酵素の候補遺伝子としてリン脂質アシル基転移酵素PLAATを同定し、その機能解析を進めた。また、がん組織など、酸性条件下で増加する代謝物としてN1-アセチルポリアミンを同定し、そのアセチル化酵素SAT1の解析からN1-アセチルポリアミンががん細胞の増殖に関与することを明らかにした（PNAS Nexus, 2023）。 (2) 脂質代謝による細胞内応答：ショットガンMS解析により、がん抑制経路であるHippo経路により制御される転写因子TEADのリジン残基が長鎖アシル化されることを見出した。機能解析の結果、リジン長鎖アシル化修飾は転写共役因子YAPとの結合に重要で、転写活性を制御することを明らかにした（Cell Rep, 2023）。また、奇数鎖脂肪酸が分裂酵母の生育を強く抑制することを見いだし、最も強い活性を示す飽和ベンタデカン酸（C15:0）の代謝経路の解明を試みた。 (3) 代謝物を介した細胞間コミュニケーション：分裂酵母の遺伝子破壊株ライブラリーから貧栄養で生育できない遺伝子破壊株を網羅的に探索し、それらの中で野生株の近傍で適応生育できる株を同定した。 (4) 代謝フラックス予測技術を用いた情報科学：代謝におけるネットワーク全体の変化を予測し、特定の代謝物や代謝調節化合物の投与によって、代謝全体がどのように変化するかを理解する新しいシステムの構築を開始した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

近年、本来の機能とは異なる代謝物の活性に注目が集まっているが、組織的に代謝物の新機能を解明しようという研究は、これまでほとんど行われてこなかった。そこで本研究では、(1) 申請者らが独自に構築した内在性代謝物ライブラリーや天然化合物ライブラリーを用いて新機能代謝物と代謝変換化合物を探索し、 (2) 脂質代謝による細胞内応答、(3) 代謝物を介した細胞間コミュニケーション、 (4) 代謝フラックス予測技術を用いた情報科学を展開し、代謝物の新機能発見に迫ることを目的とする。まず、内在性オンコメタボライト様代謝物として同定したアシルドーパミンの合成酵素遺伝子候補としてリン脂質アシル基転移酵素PLAATを同定し、リコンビナントタンパク質がドーパミンに対してアシル基転移酵素活性を有することを見出した。さらに、酵素活性欠失変異体を用いた解析により、ドーパミンのアシル化はPLAATのアシル基転移酵素活性により引き起こされることを確認している。転写因子TEADのリジン残基が長鎖アシル化されることを見いだしたが、興味深いことに、TEADの分子内には長鎖アシル化されるシステイン残基があり、構造情報からこのシステイン残基は標的リジン残基にごく近傍に存在していた。変異体解析により、リジンの長鎖アシル基は、このシステイン残基から非酵素的に転移されることが判明した。ペンタデカン酸の作用機序としては、リン脂質に取り込まれて小胞体膜などに異常が起こると考えられる。遺伝学的解析から、特定のアシルCoAリガーゼおよびアシル転移酵素がその代謝に関与していることが示唆された。適応生育試験から分裂酵母の細胞間コミュニケーション分子が複数存在することを示唆する結果が得られ、その一部は分子として同定した。このように、当初の計画通り、おおむね順調に進展し、一部については想定外の発見も生まれている。

Strategy for Future Research Activity

(1) 内在性代謝物ライブラリーや天然化合物ライブラリーを用いた新機能代謝物と代謝変換化合物の探索、 (2) 脂質代謝による細胞内応答、(3) 代謝物を介した細胞間コミュニケーション、 (4) 代謝フラックス予測技術を用いた情報科学の各研究項目について、それぞれ今後の展開が期待される結果が得られているので、大きな成果が得られるよう綿密な実験計画を立てて進めていきたい。また、代謝変換を誘導する内在性代謝物、微生物二次代謝産物などをさらに探索し、その作用機序の解明を進める。特に脂質関連物質とポリアミン関連物質に興味深い生理活性が多く見られることからそれらの役割や作用機序の解明を進める。代謝シミュレーションに関しては、ヒト細胞、出芽酵母、分裂酵母において、ゲノムスケールレベルの代謝モデルを準備し、培地条件など環境変化をインプットデータとした場合の代謝フラックスバランス解析（FBA）を実行したが、シミュレーションが上手く完了する場合と計算が実行できない場合が生じた。特に、ヒトの代謝モデルを用いて実際の実験における培地条件を入力値とした場合に、計算が進まない結果となった。今後は、この原因を解析するとともに、トランスクリプトームやメタボロームデータを導入することにより、高精度化に向けた代謝予測技術を確立するための基盤を構築する予定である。

Research Products

• [Int'l Joint Research] University of Toronto(カナダ)
• [Int'l Joint Research] University of Freiburg(ドイツ)
• [Int'l Joint Research] Zhejiang University(中国)
• [Journal Article] Ligand-based design and synthesis of new trityl histamine and trityl cysteamine derivatives as SIRT2 inhibitors for cancer therapy (2024)
  • Author(s): Badran Mostafa M.、Abbas Samar H.、Tateishi Hiroshi、Maemoto Yuki、Toma Tsugumasa、Ito Akihiro、Fujita Mikako、Otsuka Masami、Abdel-Aziz Mohamed、Radwan Mohamed O.
  • Journal Title: European Journal of Medicinal Chemistry Volume: 269 Pages: 116302-116302
  • DOI: 10.1016/j.ejmech.2024.116302
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Identification of small-molecule inhibitors against the interaction of RNA-binding protein PSF and its target RNA for cancer treatment (2023)
  • Author(s): Takayama Ken-ichi、Matsuoka Seiji、Adachi Shungo、Honma Teruki、Yoshida Masahito、Doi Takayuki、Shin-ya Kazuo、Yoshida Minoru、Osada Hiroyuki、Inoue Satoshi
  • Journal Title: PNAS Nexus Volume: 2 Issue: 6 Pages: 208-208
  • DOI: 10.1093/pnasnexus/pgad203
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Lysine long-chain fatty acylation regulates the TEAD transcription factor (2023)
  • Author(s): K. Noritsugu, T. Suzuki, K. Dodo, K. Ohgane, Y. Ichikawa, K. Koike, S. Morita, T. Umehara, K. Ogawa, M. Sodeoka, N. Dohmae, M. Yoshida, A. Ito
  • Journal Title: Cell Rep. Volume: 42 Issue: 4 Pages: 112388-112388
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112388
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Identification of triazenyl indoles as inhibitors of fungal fatty acid biosynthesis with broad-spectrum activity (2023)
  • Author(s): K. R. Iyer, S. C. Li, N. M. Revie, J. W. Lou, D. Duncan, S. Fallah, H. Sanchez, I. Skulska, M. M. U_aj, H. Safizadeh, B. Larsen, C. Wong, A. Aman, T. Kiyota, M. Yoshimura, H. Kimura, H. Hirano, M. Yoshida,... Y. Yashiroda, C. Boone, L. E. Cowen
  • Journal Title: Cell Chem. Biol. Volume: 30 Issue: 7 Pages: 795-810
  • DOI: 10.1016/j.chembiol.2023.06.005
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Discovery of Novel Substrate-Competitive Lysine Methyltransferase G9a Inhibitors as Anticancer Agents (2023)
  • Author(s): Yosuke Nishigaya, Shohei Takase, Tatsunobu Sumiya, Ko Kikuzato, Tomohiro Sato, Hideaki Niwa, Shin Sato, Akiko Nakata, Takeshi Sonoda, Noriaki Hashimoto, Ryosuke Namie, Teruki Honma, Takashi Umehara, Mikako Shirouzu, Hiroo Koyama, Minoru Yoshida, Akihiro Ito, Fumiyuki Shirai
  • Journal Title: Journal of Medicinal Chemistry Volume: 66 Issue: 6 Pages: 4059-4085
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.2c02059
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] <scp>RNAi</scp> screening reveals a synthetic chemical?genetic interaction between <scp>ATP</scp> synthase and <scp>PFK1</scp> in cancer cells (2023)
  • Author(s): Kobayashi Hiroki、Takase Shohei、Nishimura Haruna、Matsumoto Ken、Harada Hironori、Yoshida Minoru
  • Journal Title: Cancer Science Volume: 114 Issue: 4 Pages: 1663-1671
  • DOI: 10.1111/cas.15713
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Identification of Fungal and Bacterial Denitrification Inhibitors Targeting Copper Nitrite Reductase (2023)
  • Author(s): Ashutosh Kumar, Masaki Matsuoka, Akihisa Matsuyama, Minoru Yoshida, Kam Y. J. Zhang
  • Journal Title: J. Agric. Food Chem. Volume: 71 Issue: 13 Pages: 5172-5184
  • DOI: 10.1021/acs.jafc.3c00896
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] UBL3 Interacts with Alpha-Synuclein in Cells and the Interaction Is Downregulated by the EGFR Pathway Inhibitor Osimertinib. (2023)
  • Author(s): Chen B, Hasan MM, Zhang H, Zhai Q, Waliullah ASM, Ping Y, Zhang C, Oyama S, Mimi MA, Tomochika Y, Nagashima Y, Nakamura T, Kahyo T, Ogawa K, Kaneda D, Yoshida M, Setou M.
  • Journal Title: Biomedicines Volume: 11 Issue: 6 Pages: 1685-1685
  • DOI: 10.3390/biomedicines11061685
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Identification of a derivative of the alkaloid emetine as an inhibitor of the YAP-TEAD interaction and its potential as an anticancer agent (2023)
  • Author(s): Saaya Sekine, Shohei Takase, Runa Hayase, Kota Noritsugu, Yuki Maemoto, Yasue Ichikawa, Kenji Ogawa, Yasumitsu Kondoh, Hiroyuki Osada, Minoru Yoshida, Akihiro Ito
  • Journal Title: Bioscience, biotechnology, and biochemistry Volume: 98 Issue: 5 Pages: 501-510
  • DOI: 10.1093/bbb/zbad022
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Acidic Extracellular pH Drives Accumulation of N1-Acetylspermidine and Recruitment of Pro-Tumor Neutrophils (2023)
  • Author(s): Kato M, Maeda K, Nakahara R, Hirose H, Kondo A, Aki S, Sugaya M, Hibino S, Nishida M, Hasegawa M, Morita H, Ando R, Tsuchida R, Yoshida M, Kodama T, Yanai H, Shimamura T and Osawa T
  • Journal Title: PNAS Nexus Volume: 10 Issue: 10 Pages: 1093-1093
  • DOI: 10.1093/pnasnexus/pgad306
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Protocol for detecting threonine deaminase activity in fission yeast cell lysates (2023)
  • Author(s): M. Sasaki, S. Nishimura, A. Matsuyama, M. Yoshida
  • Journal Title: STAR Protoc. Volume: 4 Issue: 4 Pages: 102675-102675
  • DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102675
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] UBL3 Interaction with α-Synuclein Is Downregulated by Silencing MGST3. (2023)
  • Author(s): .Yan J, Zhang H, Tomochika Y, Chen B, Ping Y, Islam MS, Aramaki S, Sato T, Nagashima Y, Nakamura T, Kahyo T, Kaneda D, Ogawa K, Yoshida M, Setou M.
  • Journal Title: Biomedicines Volume: 11 Issue: 9 Pages: 2491-2491
  • DOI: 10.3390/biomedicines11092491
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Protein-protein interaction-mediated regulation of lysine biosynthesis of <i>Thermus thermophilus</i> through the function-unknown protein LysV (2023)
  • Author(s): Morita Yutaro、Yoshida Ayako、Ye Siyan、Tomita Takeo、Yoshida Minoru、Kosono Saori、Nishiyama Makoto
  • Journal Title: The Journal of General and Applied Microbiology Volume: 69 Issue: 2 Pages: 91-101
  • DOI: 10.2323/jgam.2023.06.003
  • ISSN: 0022-1260, 1349-8037
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Design of an Artificial Peptide Inspired by Transmembrane Mitochondrial Protein for Escorting Exogenous DNA into the Mitochondria to Restore their Functions by Simultaneous Multiple Gene Expression (2023)
  • Author(s): Yoshinaga Naoto、Miyamoto Takaaki、Odahara Masaki、Takeda‐Kamiya Noriko、Toyooka Kiminori、Nara Seia、Nishimura Haruna、Ling Feng、Su'etsugu Masayuki、Yoshida Minoru、Numata Keiji
  • Journal Title: Advanced Functional Materials Volume: 34 Issue: 8 Pages: 2306070-2306070
  • DOI: 10.1002/adfm.202306070
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] GAS41 promotes H2A.Z deposition through recognition of the N terminus of histone H3 by the YEATS domain (2023)
  • Author(s): Kikuchi Masaki、Takase Shohei、Konuma Tsuyoshi、Noritsugu Kota、Sekine Saaya、Ikegami Takahisa、Ito Akihiro、Umehara Takashi
  • Journal Title: Proceedings of the National Academy of Sciences Volume: 120 Issue: 43
  • DOI: 10.1073/pnas.2304103120
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Investigation of two metabolic engineering approaches for (R,R)-2,3-butanediol production from glycerol in Bacillus subtilis (2023)
  • Author(s): Vikromvarasiri Nunthaphan、Noda Shuhei、Shirai Tomokazu、Kondo Akihiko
  • Journal Title: Journal of Biological Engineering Volume: 17 Issue: 1 Pages: 3-13
  • DOI: 10.1186/s13036-022-00320-w
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] 化学遺伝学評価系に基づく化合物潜在空間の生物活性検証と作用機序解明 (2024)
  • Author(s): 吉田 稔
  • Organizer: 日本化学会第104春季年会併催シンポジウム「化学と情報科学との協働による潜在空間分子設計への挑戦」
  • Invited
• [Presentation] 抗がん活性ジテルペン配糖体はリン酸化依存的な天然変性蛋白質間相互作用を安定化する (2024)
  • Author(s): 荻野 菜々美、室井 誠、長田 裕之、松本 健、吉田 稔、喜井 勲、大神田 淳子
  • Organizer: 日本化学会第104春季年会
• [Presentation] ジャスモン酸主要転写因子MYC に対する低分子阻害剤の探索と植物ホルモン間クロストークの人工制御 (2024)
  • Author(s): 劉 瑞_、李 奇、三野 光識、出井 晶子、吉田 稔、上田 実、高岡 洋輔
  • Organizer: 日本化学会第104春季年会
• [Presentation] 別府輝彦先生の至言と微生物ケミカルバイオロジー (2024)
  • Author(s): 吉田 稔
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
  • Invited
• [Presentation] 分裂酵母Schizosaccharomyces pombeにおいてペンタデカン酸が誘導する脂肪毒性 (2024)
  • Author(s): 星川 陽次郎、代田 夏帆、松山 晃久、木村 聡、LI Sheena、八代田 陽子、BOONE Charles、津川 裕司、有田 誠、吉田 稔、西村 慎一
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] Girolline is a sequence context-specific modulator of eIF5A activity (2024)
  • Author(s): Tilman Schneider-Poetsch, Yongjun Dang, Mayumi Arata, Yuichi Shichino, Ali Al Mourabit, Celine Morrow, Daniel Romo, Jun O. Liu, Shintaro Iwasaki, Minoru Yoshida
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] A mitochondrial membrane bound O-acyltransferase is involved in the biosynthesis of Nitrogen Signaling Factors (NSFs) in Schizosaccharomyces pombe (2024)
  • Author(s): KANRIN RI, Yoko Yashiroda, Go Hirai, Masaya Usui, Minoru Yoshida
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] グルタチオンは分裂酵母の栄養制御に関わる細胞間コミュニケーション分子である (2024)
  • Author(s): 吉住 僚太朗、三浦 俊一、松山 晃久、八代田 陽子、吉田 稔、西村 慎一
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] 酵母から哺乳類まで寿命を延ばす細菌 (2024)
  • Author(s): 伊藤 孝、吉田 稔
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] ホスホフルクトキナーゼ-1阻害剤トリプトリナミドの高活性異性体の絶対配置同定 (2024)
  • Author(s): 懸樋 涼、小林 大貴、西村 はる奈、矢島 辰雄、吉田 稔、長岡 康夫、住吉 孝明
  • Organizer: 日本薬学会144年会
• [Presentation] 細胞膜透過性向上を志向したヒドロキサム酸構造を有するpyrilamine型HDAC6阻害剤の探索合成 (2024)
  • Author(s): 天野 日菜子、平中 誠弥、式田 亮史、中田 明子、新 真由美、伊藤 孝、伊藤 昭博、吉田 稔、布村 一人、井手 聡一郎、長岡 康夫、住吉 孝明
  • Organizer: 日本薬学会144年会
• [Presentation] 分裂酵母のロバストな増殖を支える共生物質の探索と機能解析 (2024)
  • Author(s): 西村慎一
  • Organizer: 日本農芸化学会 2024年度東京大会
  • Invited
• [Presentation] Omics analyses of the cell membrane (2024)
  • Author(s): Nishimura, S.
  • Organizer: Gordon Research Conference -Marine Natural Products-
• [Presentation] Lipotoxicity induced by pentadecanoic acid in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. (2024)
  • Author(s): Hoshikawa, Y., Shirota, N., Matsuyama, A., Kimura, S., Li, S., Yashiroda, Y., Boone, C., Tsugawa, H., Arita, M., Yoshida, M., Nishimura, S.
  • Organizer: Gordon Research Conference -Marine Natural Products-
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ヒストンメチル化酵素G9aの阻害剤による体細胞クローン法の改善 (2023)
  • Author(s): 的場章悟、四方大樹、黒滝陽子、白井文幸、山田祐子、 渡邉奈緒美、伊藤昭博、眞貝洋一、佐々木えりか、吉田稔、小倉 淳郎
  • Organizer: 第70回日本実験動物学会
• [Presentation] 14-3-3が介在するたんぱく質間相互作用はmRNA翻訳抑制を調節する (2023)
  • Author(s): 大神田 淳子、荻野 菜々美、増田 遼馬、伊賀上 祥汰、室井 誠、長田 裕之、松本 健、吉田 稔、喜井 勲
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会 第17回年会
• [Presentation] Development of new host-vector systems in fission yeast (2023)
  • Author(s): Matsuyama Akihisa, Hashimoto Atsushi, Nishimura Shinichi, Boone M Charles, Yoshida Minoru
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ASP2397 and synthetic analogues induce abnormal acceleration of retrograde pathway in the endosome. (2023)
  • Author(s): Hiratsuka, T., Hashizume, Y., Chibana, H., Umeyama, T., Nishimura, S., & Yoshida, M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Exogenous pentadecanoic acid perturbs the membrane lipid profile to generate the giant endoplasmic reticulum sheet (2023)
  • Author(s): Hoshikawa, Y., Matsuyama, A., Li, S., Yashiroda, Y., Boone, C., Tsugawa, H., Arita, M., Yoshida, M., & Nishimura, S.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Activation of Cdc42 and accumulation of Bgs proteins at growing tips by theonellamides, marine-derived antifungals. (2023)
  • Author(s): Nishimura, S., Nakao, K., Suganaga, A., Hiratsuka, T., Yashiroda, Y., Matsuyama, A., & Yoshida, M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] How do S. pombe cells produce and perceive the cell-cell communication molecules Nitrogen Signaling Factors (NSFs)? (2023)
  • Author(s): Yashiroda, Y., Li, H., Hirai, G., Usui, M., Ohsawa, S., Nishimura, S., & Yoshida, M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Genome-wide screen identifies glutathione as a putative communication molecule in Schizosaccharomyces pombe (2023)
  • Author(s): Yoshizumi, R., Miura, S., Matsuyama, A., Yashiroda, Y., Yoshida, M., & Nishimura, S.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Construction of a collection of Schizosaccharomyces pombe heterozygous deletion mutants of essential genes for precise target identification of bioactive compounds (2023)
  • Author(s): Pham Lien Thi Kim, Yashiroda Yoko, Matsuyama Akihisa, Yoshimura Mami, Yoshida Minoru, Boone Charles M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Cell-to-cell communication controls metabolic preference (2023)
  • Author(s): Ohsawa S, Hirai G., Yashiroda Y , Yoshida M, B_hler, M
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] がん抑制遺伝子と合成致死の関係にある候補遺伝子群の同定 (2023)
  • Author(s): 松本 健、吉田 稔
  • Organizer: 第27回がん分子標的治療学会学術集会
• [Presentation] 抗がん剤創製を目指したヒストンメチル化酵素 G9a 阻害剤の開発 (2023)
  • Author(s): 伊藤 昭博、吉田 稔
  • Organizer: 第27回がん分子標的治療学会学術集会
• [Presentation] Elucidation of molecular mechanism underlying the antagonistic roles of class I and II RPD3-like histone deacetylases in response to environmental stresses (2023)
  • Author(s): Ueda Minoru, Ito Akihiro, Suzuki Takehiro,Takahashi Satoshi, Tanaka Maho, Ishida Junko, Dohmae Naoshi, Yoshida Minoru, Seki Motoaki
  • Organizer: The 33rd International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ケミカルゲノミクスによる創薬標的研究 (2023)
  • Author(s): 吉田 稔
  • Organizer: 理研‐早稲田シンポジウム2023 ~化学と微生物の接点~
  • Invited
• [Presentation] Lactate inhibits glycolysis and attenuates mitochondrial disease (2023)
  • Author(s): 伊藤孝、西村はる菜、Nurmila Sari、小林大貴、吉田稔
  • Organizer: 理研‐早稲田シンポジウム2023 ~化学と微生物の接点~
• [Presentation] 遺伝性疾患治療を目指したケミカルバイオロジーによるエピゲノム及び代謝リモデリングの制御 (2023)
  • Author(s): 吉田 稔、伊藤 昭博
  • Organizer: 第23回日本蛋白質科学会年会
  • Invited
• [Presentation] 解糖系酵素PFK1新規阻害剤TLAMはSAMP8マウスの空間認知記憶改善に寄与する (2023)
  • Author(s): 伊藤 孝、西村 はる菜、川村りか 、吉田 稔
  • Organizer: 第38回老化促進モデルマウス（SAM）学会学術大会
• [Presentation] Girolline is a context-specific modulator of eIF5A (2023)
  • Author(s): Tilman Schneider-Poetsch, Mayumi Arata, Yuichi Shichino, Shintaro Iwasaki, Minoru Yoshida
  • Organizer: EMBL Protein synthesis and translational control
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Early origin of synchronization between chloroplast translation and cytosolic mRNA abundance in plants (2023)
  • Author(s): Kawamoto Naohiro, Fujita Tomoya, Wakigawa Taisei, Kurihara Yukio, Hirose Yuu, Hirayama Takashi, Toh Hirotaka, Hashimoto Atsushi, Matsuura-Suzuki Eriko, Yoshida Minoru, Matsui Minami, Iwasaki Shintaro
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
• [Presentation] Mode-of-action analysis of inhibitors targeting ergosterol biosynthesis using yeast chemical genomics (2023)
  • Author(s): Yoko Yashiroda, Mami Yoshimura, Masaya Usui, Hiromi Kimura, Luis Alberto Vega Isuhuaylas, Lien Thi Kim Pham, Takashi Niwa, Ikko Takahashi, Takamitsu Hosoya, Laurean Ilies, Minoru Yoshida, Charles Boone
  • Organizer: 2023 Cold Spring Harbor Asia Conference Matsue "YEAST AND LIFE SCIENCES"
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Identification of potential therapeutic lead compounds targeting serine-palmitoyltransferase (2023)
  • Author(s): Lien Thi Kim Pham, Mami Yoshimura, Yoko Yashiroda, Sheena Li, Matej Usaj, J. Rafael Montenegro Burke, Minoru Yoshida, Charles Boone
  • Organizer: 2023 Cold Spring Harbor Asia Conference Matsue "YEAST AND LIFE SCIENCES"
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 乳酸がミトコンドリア病様症状を改善する作用機序の解析 (2023)
  • Author(s): 伊藤 孝、西村 はる菜、Nurmila Sari、吉田 稔
  • Organizer: 第22回日本ミトコンドリア学会年会
• [Presentation] 細胞内のウイルス由来プロテアーゼの活性を測定する新規評価法の開発 (2023)
  • Author(s): 小川健司、市川保恵、五島可祥、吉田稔、小熊圭祐
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] 猫コロナウイルス感染阻害薬の高速スクリーニング系の構築 (2023)
  • Author(s): 小熊圭祐、小川健司、市川保恵、吉田稔
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] タンパク質間相互作用スクリーニング系における HTRF と Alpha 技術で取得した化 合物の比較 (2023)
  • Author(s): 三野光識、貝塚利恵、伊原健太郎、宮井智浩、出井晶子、吉田稔
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] データ駆動創薬に向けたオントロジー指向アッセイデータベースの構築と活用 (2023)
  • Author(s): 松岡 聖二、出井 晶子、吉田 稔
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] 分裂酵母の細胞間コミュニケーション分子の組織的探索 (2023)
  • Author(s): 吉住 僚太朗、三浦 俊一、松山 晃久、八代田 陽子、吉田 稔、西村 慎一
  • Organizer: 日本微生物生態学会 第36回浜松大会
• [Presentation] リジン_鎖アシル化修飾を介した転写因子TEADの活性制御 (2023)
  • Author(s): 則次 恒太、鈴木 健裕、市川 保恵、小川 健司、堂前 直、吉田 稔、 伊藤 昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] モミラクトンBによる動物細胞の増殖抑制に関わる遺伝子の同定 (2023)
  • Author(s): 松本 健、黒川 留美、高瀬 恵、岡田 憲典、吉田 稔
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ドーパミンアシル化酵素としてのPLAATの機能解析 (2023)
  • Author(s): 前田 萌羽、前本 佑樹、_木 元秀、廣田 瑛紀、宇山 徹、平島 真一、梅村 知也、上田 夏生、吉田 稔、伊藤 昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ヒストンメチル化酵素SETDB1の阻害剤探索 (2023)
  • Author(s): 加藤 孝大、前本 佑樹、_原 いく、園田 健、出井 晶子、_田 裕之、眞貝 洋一、吉田 稔、伊藤 昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] GAS41のYEATSドメインを用いた蛍光プローブの開発 (2023)
  • Author(s): 佐々木 和樹、高瀬 翔平、菊地 正樹、梅原 崇史、伊藤 昭博、 吉田 稔
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Wild-type mtDNA-driven budding of a zygote upon glucose deprivation alleviates the replicative advantage of deleted mtDNA in budding yeast (2023)
  • Author(s): Wenjuan ZHU、Minoru YOSHIDA、Feng LING
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] eIF5A2 はミトコンドリアを活性化することで細胞増殖を促進する (2023)
  • Author(s): 鈴木 雅斗, 米野 雅大, 鈴木 健裕,, 真中 瞳, 多森 翔馬, 佐藤 聡, 秋本 和憲, 堂前 直, 松本 健, 吉田 稔, 柏木 敬子, 五十嵐 一衛, 東 恭平
  • Organizer: 日本ポリミアン学会 第14回年会
• [Presentation] FATP2のリジン長鎖アシル化による脂質代謝調節 (2023)
  • Author(s): 大林翼、前本佑樹、落合翔、小瀬章太郎、鈴木健裕、堂前直、原俊太郎、伊藤昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] アシルCoA合成酵素ACSL4のリジン長鎖アシル化による機能変換、 (2023)
  • Author(s): 小瀬章太郎、前本佑樹、大林翼、落合翔、鈴木健裕、堂前直、原 俊太郎、伊藤昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] リジン長鎖アシル化修飾による転写因子の活性制御 (2023)
  • Author(s): 伊藤昭博
  • Organizer: 第96回日本生化学会大会
  • Invited
• [Presentation] 長鎖アシルCoA合成酵素リジン長鎖アシル化による機能変換 (2023)
  • Author(s): 前本佑樹、大林翼、小_章太郎、落合翔、鈴木健裕、堂前直、原俊太郎、伊藤昭博
  • Organizer: 第33回新薬創製談話会
• [Presentation] がん原遺伝子Fynのリジン長鎖アシル化の解析 (2023)
  • Author(s): 箱田美沙希、前本佑樹、則次恒太、鈴木健裕、堂前直、伊藤昭博
  • Organizer: 第33回新薬創製談話会
• [Presentation] 分裂酵母の細胞間コミュニケーション分子の組織的探索 (2023)
  • Author(s): 西村慎一
  • Organizer: 第23回真核微生物交流会
  • Invited
• [Presentation] Butadiene production by constructing an artificial metabolic pathway with enzyme engineering technology. (2023)
  • Author(s): Tomokazu Shirai
  • Organizer: Nature Inspires Creativity Engineers (N.I.C.E)
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Remarks] 鉄をめぐる真菌の新しい生存戦略の発見 -糸状菌による2種のフェリクローム型シデロフォアの使い分け-
  • URL: https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220112-1.html
• [Remarks] イントロン由来の異常タンパク質が与えるストレス
  • URL: https://www.riken.jp/press/2021/20210914_1/index.html
• [Remarks] スプライシング調節化合物がもたらす新たな作用を発見
  • URL: https://www.riken.jp/press/2021/20210330_1/index.html
• [Remarks] リジン長鎖アシル化による新規転写制御機構の発見
  • URL: https://www.toyaku.ac.jp/lifescience/newstopics/2023/0417_5626.html