| Project/Area Number |
23K07066
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 52040:Radiological sciences-related
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
平木 嘉樹 九州大学, 大学病院, 医員 (90882895)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
本村 有史 九州大学, 大学病院, 助教 (00826365)
平川 雅和 九州大学, 大学病院, 教授 (20380454)
三森 功士 九州大学, 大学病院, 教授 (50322748)
井上 大地 公益財団法人神戸医療産業都市推進機構, その他部局等, 研究員(副センター長・部長クラス) (80735746)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2025: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2024: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2023: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
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| Keywords | Longread RNA Sequence / Single Cell RNA Sequence / 化学放射線療法 / CibersortX / ロングリードRNAシーケンス / 食道扁平上皮癌 / ロングリード・シーケンス |
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| Outline of Research at the Start |
進行食道扁平上皮癌に対する化学放射線療法(CRT)は標準治療の一つとされており高い抗腫瘍効果の期待できる低侵襲な治療法であるが、適応を決めるための感受性(抵抗性)の正確な予測は困難である。CRTによる治療成績向上のためには、感受性（抵抗性）に関与する(変異)転写産物を同定しその予測法の確立あるいは感受性を増感するための治療標的としての意義の確立が望まれる。近年、革新的技術であるロングリード・シーケンスの開発によりRNA全長のシーケンスが可能になった。すなわち発がんのドライバーとしてあるいはがん進展に関連する(変異)転写産物が注目されている。
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| Outline of Annual Research Achievements |
今年度は、計画していた化学放射線療法（CRT）感受性別の検体収集が想定より困難であり、術前CRTを受けた症例数の制約により、直接的な感受性比較を伴うロングリード解析は現時点では未実施である。
一方で、ロングリード・シングルセルRNAシーケンス解析（scRNA-seq）を実施する体制を確立し、進行症例5例および早期症例4例の手術検体を用いて解析を行った。この技術により、従来のショートリードでは同定が困難であった転写アイソフォームの全長構造、スプライシングバリアントの細胞種特異的な発現動態を把握することが可能となった。
また、手術症例の一部においては術後補助療法としてCRTが施行されることもあり、今後はこれらの症例における治療応答と転写産物の関連性についての解析が可能と考えられる。加えて、MYC遺伝子領域のコピー数変化を軸とした転写構造の比較解析や、免疫細胞浸潤のサブタイプ分類を目的としたCIBERSORTxの精緻化に加え、WGCNA（加重遺伝子共発現ネットワーク解析）によるモジュール解析や、Motif解析（転写因子結合モチーフの探索）、さらにパスウェイ解析を用いた機能的解釈の強化も継続して進めている。。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の研究計画の一部は修正を要したが、ロングリードscRNA-seqによる技術的基盤を確立し、治療応答関連の転写産物を網羅的に捉えるための重要なステップを踏むことができた。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は、CRT施行症例を含めたさらなる症例収集および多層的な解析により、治療抵抗性獲得機構の解明を推進する予定である。
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