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Establishment of a comprehensive assessment method for biodiversity and ecosystem services in paddy ecosystems based on environmental DNA analysis

Research Project

Project/Area Number 23K21208
Project/Area Number (Other) 21H02219 (2021-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2021-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 39060:Conservation of biological resources-related
Research InstitutionNational Agriculture and Food Research Organization

Principal Investigator

馬場 友希  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境研究部門, 上級研究員 (70629055)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 伊藤 健二  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境研究部門, 上級研究員 (10370511)
片山 直樹  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境研究部門, 主任研究員 (10631054)
山本 哲史  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境研究部門, 主任研究員 (10643257)
山迫 淳介  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 植物防疫研究部門, 主任研究員 (20748959)
大久保 悟  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境研究部門, グループ長 (30334329)
池田 浩明  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 農業環境研究部門, 再雇用職員 (50343827)
Project Period (FY) 2024-04-01 – 2025-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2024: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
KeywordseDNA / 水田 / 生物多様性 / プライマー / 採水 / トンボ / クモの網 / SGF / 環境DNA / DNAメタバーコーディング / 生物指標 / 生態系サービス / ろ過 / メタバーコーディング分析 / 採水方法 / 魚類 / 鳥類 / 水田生態系 / 指標 / メタバーコーディング / MiFish / MiBird
Outline of Research at the Start

本研究は、農地の生物多様性を簡便かつ包括的に評価するための手法を確立することを目的とする。その手法を確立した上で、環境DNA分析により得られた膨大な生物多様性情報を用いて、農業および環境データとの関係性を明らかにすることにより、生物多様性に由来する生態系サービス評価の新たな枠組みを提示する。

Outline of Annual Research Achievements

本年度は、4年間にわたる研究実施期間の最終年度にあたるため、これまでに得られた成果を以下に記す。
水田における最適な採水戦略の開発:ガラス繊維を用いた環境DNAのろ過手法を、より安価かつ簡便なものに改良した。また、ステリベクスを用いて同時に複数のサンプルを濾過できる装置も水田調査用に改良した。さらに、水田の生物多様性を把握するための最適な採水回数や採水地点について検討し、その結果を論文としてまとめ、学術誌に投稿した。
水田の生物多様性の評価手法の開発:栃木県上三川町で定期的に実施している環境DNA調査のデータを解析した結果、リード数は生物の個体数やバイオマス量の指標としては適しておらず、在不在情報に基づく出現率の方がより有効であることが示唆された。このうち鳥類に関する分析結果は論文化された(Katayama, Yamamoto et al. 2024 Ecol Ind)。
トンボのプライマー開発:水田の代表的な分類群であるトンボについて、日本産トンボ類の分子系統情報を基に、高精度でDNAを検出できる新たなプライマーを開発した。現在、論文化を進めている。
陸域における生物多様性評価手法の開発:クモの網に付着したDNAを抽出し、そこから鳥類・哺乳類、昆虫類、菌類のDNAを検出可能かを検討した。その結果、鳥類の検出率はやや低かったものの、哺乳類、昆虫類、菌類については検出が可能であり、得られた結果は現地の生物相と矛盾しなかった。
本研究の最終的な目標は、環境DNAを用いた水田の生物多様性の評価手法を開発すると共に、得られたデータと圃場の管理方法、環境条件、作物の収量との関係を明らかにすることで、生物多様性の変動要因と農業への影響を評価することである。定期的に収集した環境DNAデータを用いて、これらの関係性の解析を進めており、年度内には完了していないものの、引き続き実施中である。

Report

(4 results)
  • 2024 Annual Research Report
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • 2021 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2025 2024 2023 2022

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Complementary role of environmental DNA for line-transect bird surveys: a field test in a Japanese rice landscape2024

    • Author(s)
      Katayama N, Yamamoto S, Baba YG, Ito K, Yamasako J
    • Journal Title

      Ecological Indicators

      Volume: 166 Pages: 112442-112442

    • DOI

      10.1016/j.ecolind.2024.112442

    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Preservation conditions and improvements of primary type specimens in the insect museum, NARO, Japan2024

    • Author(s)
      清水壮, 中谷至伸, 山迫淳介
    • Journal Title

      Journal of the NARO Research and Development

      Volume: 2024 Issue: 18 Pages: 39-43

    • DOI

      10.34503/naroj.2024.39_43

    • ISSN
      2434-9895, 2434-9909
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA barcoding of Japanese earwig species (Insecta, Dermaptera), with sequence diversity analyses of three species of Anisolabididae2023

    • Author(s)
      Kamimura Yoshitaka、Nishikawa Masaru、Yamasako Junsuke
    • Journal Title

      Biodiversity Data Journal

      Volume: 11

    • DOI

      10.3897/bdj.11.e107001

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ?Identification and reproductive isolation of Euborellia species (Insecta, Dermaptera, Anisolabididae) from East and Southeast Asia2023

    • Author(s)
      Kamimura Yoshitaka、Lee Chow-Yang、Yamasako Junsuke、Nishikawa Masaru
    • Journal Title

      ZooKeys

      Volume: 1146 Pages: 115-134

    • DOI

      10.3897/zookeys.1146.98248

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 環境DNA分析を用いた水田の昆虫多様性評価2022

    • Author(s)
      馬場友希・片山直樹・山迫淳介・山本哲史・池田浩明・伊藤健二
    • Journal Title

      昆虫と自然

      Volume: 57 Pages: 20-26

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 蜘蛛の網の環境DNA分析:ブドウ園での研究事例2025

    • Author(s)
      山本哲史・ 川口章・馬場友希・楠本良延
    • Organizer
      日本生態学会第72回全国大会
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] 涸沼流入河川におけるカワヒバリガイの侵入状況:汽水湖への侵入可能性2024

    • Author(s)
      伊藤健二
    • Organizer
      日本プランクトン学会・日本ベントス学会合同大会2024
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      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] 通水阻害対策における環境DNA分析の活用事例2024

    • Author(s)
      伊藤健二
    • Organizer
      第7回環境DNA学会つくば大会公開シンポジウム
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] トンボの検出に特化した環境DNAメタバーコーディング法の開発2023

    • Author(s)
      山本哲史・馬場友希
    • Organizer
      環境DNA学会第6回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Improving environmental DNA sampling in rice paddies2023

    • Author(s)
      Yamamoto S, Katayama N, Yamasako J, Ito K, Ikeda H, Baba YG
    • Organizer
      The eDNA Society International Meeting 2023. Otsu May 17~19.
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 2023 軟体動物門(腹足類と二枚貝類)の環境DNAメタバーコーディングのためのPCRプライマーの開発.2023

    • Author(s)
      中村匡聡, 白子智康, 渡部恵司, 伊藤健二, 竹村武士, 吉村泰幸, 芝池博幸, 小出水規行
    • Organizer
      環境DNA学会第6回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 簡易eDNAろ過抽出法のメタバーコーディング解析およびオンサイト分析への適用2023

    • Author(s)
      鈴木良地, 河村邦生, 中村匡聡, 伊藤健二
    • Organizer
      環境DNA学会第6回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 環境DNAを用いたカワヒバリガイの侵入実態の把握:貯水池落水による検証2023

    • Author(s)
      伊藤健二
    • Organizer
      2023年度日本ベントス学会・日本プランクトン学会合同大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] クモの網を用いた陸上における環境DNA分析の試み.2023

    • Author(s)
      馬場友希・片山直樹
    • Organizer
      日本蜘蛛学会第55回大会 東海大学農学部阿蘇くまもと臨空キャンパス
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 水田におけるクモ・害虫相の空間パターン:圃場スケールから国土スケールまで2023

    • Author(s)
      馬場友希
    • Organizer
      日本蜘蛛学会第55回大会 東海大学農学部阿蘇くまもと臨空キャンパス
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 水田生物調査における環境DNAサンプリングの効率化2023

    • Author(s)
      山本哲史・片山直樹・山迫淳介・伊藤健二・池田浩明・芝池博幸・馬場友希
    • Organizer
      日本生態学会第70回全国大会(仙台)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 環境DNAメタバーコーディング技術を用いた水田の生物多様性評価の試み2022

    • Author(s)
      馬場友希・片山直樹・山迫淳介・山本哲史・池田浩明・伊藤健二・大久保悟・芝池博幸
    • Organizer
      第69回日本生態学会大会 オンライン(福岡)大会
    • Related Report
      2021 Annual Research Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-12-26  

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