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Genetic analysis of passage cell numbers in roots: towards optimization of water use efficiency of crops

Research Project

Project/Area Number 23K23574
Project/Area Number (Other) 22H02308 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 39010:Science in plant genetics and breeding-related
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Yamauchi Takaki  名古屋大学, 生物機能開発利用研究センター, 准教授 (50726966)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田中 佑  岡山大学, 環境生命自然科学学域, 研究教授 (50634474)
野下 浩司  九州大学, 理学研究院, 助教 (10758494)
Project Period (FY) 2024-04-01 – 2025-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2022: ¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Keywordsイネ / 根 / 通過細胞 / 光合成 / 画像解析 / 内皮 / スベリン
Outline of Research at the Start

国連の気候変動に関する政府間パネルでは干ばつと洪水が農業による食料供給を阻害する最も大きな要因であることを報告している. これらの 課題を解決するためには, 土壌の乾燥や冠水に対して高い耐性をもつ気候変動耐性型作物の開発が求められる. そこで本研究では, 世界人口の 約半数の主食であるイネの根を対象として, 高い乾燥耐性や冠水耐性をもつ作物を開発するための新しいアプローチを提案する. 具体的には, ゲノム解析と画像解析を利用して, 水の輸送効率に関連する通過細胞数を制御する遺伝子を同定する. その上で, 通過細胞数と光合成活性の関 連性や遺伝子の機能を解明し, 将来の育種への応用の足掛かりとする.

Outline of Final Research Achievements

Water uptake from the surface of roots is transported through the epidermis and cortex to the xylem inside the stele and used for photosynthesis in the leaves. Hydrophobic substances (e.g. suberin) in the endodermis inhibit water transport, whereas passage cells that do not accumulate suberin are responsible for selective water transport. We found that a high-yielding rice cultivar has a higher number of passage cells than a standard cultivar.
We identified the gene locus that controls the number of passage cells by genetic analysis of standard and high-yielding rice cultivars. Moreover, we demonstrated that the candidate gene affects the photosynthetic rate and stomatal conductance. These results suggest that passage cells contribute to water transport efficiency.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究課題では全ての高等植物が共通してもつ根の内皮のスベリン化が植物体内における水の輸送効率に関連することを明らかにした.実際に多収水稲品種では根の内皮に占めるスベリン化されない通過細胞の数が標準水稲品種と比べて有意に多いことから, 作物の通過細胞数を適切に制御することで, 多収化や水輸送効率の改善による環境ストレス耐性の強化などに応用することが期待される.

Report

(4 results)
  • 2024 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2025 2024 2023 2022

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Candidates for regulating cytosolic Ca2+ influx during inducible aerenchyma formation under low-oxygen conditions2025

    • Author(s)
      Jingxia Li、Nakazono Mikio、Yamauchi Takaki
    • Journal Title

      Plant Cell Reports

      Volume: 44 Issue: 6 Pages: 116-116

    • DOI

      10.1007/s00299-025-03497-8

    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Towards the understanding of root anatomical traits that contribute to plant growth and environmental adaptation2024

    • Author(s)
      山内 卓樹
    • Journal Title

      Journal of Crop Research

      Volume: 69 Issue: 0 Pages: 21-25

    • DOI

      10.18964/jcr.69.0_21

    • ISSN
      1882-885X, 2424-1318
    • Year and Date
      2024-06-29
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] CDPK5 and CDPK13 play key roles in acclimation to low oxygen through the control of RBOH-mediated ROS production in rice.2024

    • Author(s)
      Jingxia Li, Takahiro Ishii, Miki Yoshioka, Yuta Hino, Mika Nomoto, Yasuomi Tada, Hirofumi Yoshioka, Hirokazu Takahashi, Takaki Yamauchi, Mikio Nakazono
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 197 Issue: 1

    • DOI

      10.1093/plphys/kiae293

    • Related Report
      2024 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genetic basis controlling rice plant architecture and its modification for breeding2023

    • Author(s)
      Wakana Tanaka, Takaki Yamauchi, Katsutoshi Tsuda
    • Journal Title

      Breeding Science

      Volume: 73 Issue: 1 Pages: 3-45

    • DOI

      10.1270/jsbbs.22088

    • ISSN
      1344-7610, 1347-3735
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] スベリン化内皮細胞を検出する画像解析ツールを利用した根の通過細胞数の評価2024

    • Author(s)
      角クルミ, 染野大輝, 田中佑, 野下浩司, 山内卓樹
    • Organizer
      イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2024
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] スベリン化内皮細胞と通過細胞の数をカウントするための効率的なパイプラインの開発2024

    • Author(s)
      染野大輝, 山内卓樹, 野下浩司
    • Organizer
      2024年度日本数理生物学会年会
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] 多収水稲品種タカナリの根における通過細胞数の増加が光合成に寄与する通導抵抗に与える効果の解析2024

    • Author(s)
      角クルミ, 山中碩人, 染野大輝, 森下紘光, 三並翔哉, 石崎蒼太, 渡邉友実加, 亀岡笑, 谷吉和貴, 安達俊輔, 野下浩司, 田中佑, 山内卓樹
    • Organizer
      日本育種学会第146回講演会
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] 葉幅を制御する遺伝子 NAL1 がイネの蒸散・水通導特性に及ぼす影響の解析2024

    • Author(s)
      山中碩人, 石崎蒼太, 安達俊輔, 山内卓樹, 谷吉和貴, 田中佑
    • Organizer
      日本作物学会第258回講演会
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] 多収水稲品種タカナリの根の通過細胞が水輸送効率に与える効果の解析2024

    • Author(s)
      角クルミ, 山中碩人, 染野大輝, 森下紘光, 三並翔哉, 石崎蒼太, 渡邉 友実加, 亀岡 笑,谷吉和貴, 安達俊輔, 野下浩司, 田中佑, 山内卓樹
    • Organizer
      第31回育種学会中部地区談話会
    • Related Report
      2024 Annual Research Report
  • [Presentation] 根の通過細胞数と葉の気孔コンダクタンスの関連の解析2023

    • Author(s)
      角クルミ, 山中碩人, 森下紘光, 三並翔哉, 石崎蒼太, 谷吉和貴, 安達俊輔, 田中佑, 山内卓樹
    • Organizer
      第30回育種学会中部地区談話会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 植物の成長と環境適応を支える根の解剖学的形質の包括的理解に向けて2023

    • Author(s)
      山内卓樹
    • Organizer
      近畿作物・育種研究会 公開シンポジウム
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 根の通過細胞数が光合成に寄与する通導抵抗に与える影響の解析2023

    • Author(s)
      角クルミ, 山中碩人, 森下紘光, 三並翔哉, 石崎蒼太, 谷吉和貴, 安達俊輔, 田中佑, 山内卓樹
    • Organizer
      第58回根研究集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] コシヒカリ/タカナリ染色体断片置換系統を用いた通過細胞数に関する遺伝子座の探索2022

    • Author(s)
      角クルミ, 森下紘光, 野下浩司, 田中佑, 山内卓樹
    • Organizer
      日本育種学会第143回講演会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] イネの内皮の通過細胞数を制御する遺伝子座の探索2022

    • Author(s)
      角クルミ, 森下紘光, 野下浩司, 田中佑, 山内卓樹
    • Organizer
      第29回育種学会中部地区談話会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Molecular mechanisms that underlie the root cortex expansion in response to low oxygen2022

    • Author(s)
      Takaki Yamauchi, Kurumi Sumi, Hiromitsu Morishita, Ole Pedersen, Yoshiaki Inukai, Mikio Nakazono
    • Organizer
      14th International Conference on Plant Anaerobiosis, Bamberg, Germany
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Root anatomical adaptation to drought and flooding: compatible or not?2022

    • Author(s)
      Takaki Yamauchi
    • Organizer
      The Online International Webinar on Agricultural Sciences, “Advances in Agricultural Research for People’s Well Being”, Online, 17
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] Responses of plants to soil flooding2024

    • Author(s)
      Yamauchi Takaki
    • Total Pages
      185
    • Publisher
      Springer, Singapore
    • ISBN
      9789819991112
    • Related Report
      2024 Annual Research Report

URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2026-01-16  

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