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Structural biology aiming regulation of viral infection

Research Project

Project/Area Number 23K23820
Project/Area Number (Other) 22H02556 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 43020:Structural biochemistry-related
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

大戸 梅治  東京大学, 大学院薬学系研究科(薬学部), 准教授 (90451856)

Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,550,000 (Direct Cost: ¥13,500,000、Indirect Cost: ¥4,050,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2023: ¥5,070,000 (Direct Cost: ¥3,900,000、Indirect Cost: ¥1,170,000)
Fiscal Year 2022: ¥7,410,000 (Direct Cost: ¥5,700,000、Indirect Cost: ¥1,710,000)
Keywordsウイルス感染 / 新型コロナウイルス / COVID-19 / B型肝炎 / NTCP / HBV / 胆汁酸 / トランスポーター
Outline of Research at the Start

本課題ではウイルス感染現象の理解およびその感染制御法の発案を志向した構造生物学的研究を展開する。本課題では、人類の健康にとって重要な問題である、新型コロナウイルス感染症およびB型肝炎ウイルス感染症を対象とする。それらの感染機構やその阻害機構に関してタンパク質レベルでの研究を進める。
本研究は、新型コロナウイルス感染症やB型肝炎ウイルス感染症の新規の治療薬開発に寄与すると考えられる。

Outline of Annual Research Achievements

本課題ではウイルス感染現象の理解およびその感染制御法の発案を志向した構造生物学的研究を展開する。2020年にアウトブレイクした新型コロナウイルス感染症(COVID-19)は世界中で猛威を振るった。その原因ウイルスSARS-CoV-2に関して世界中の研究者があらゆる観点から研究を進めてきたが、いまだ不明な点が多い。また、B型肝炎ウイルス(Hepatitis B virus, HBV)を原因とする慢性肝炎に起因する肝硬変や肝がんにより世界中で多くの人が苦しんでいるが、その侵入機構に関して不明な点が多い。本課題では次のの2点に関して研究を進める。
1.SARS-CoV-2のmembrane (M) タンパク質によるウイルス粒子形成機構の解明
2.HBVの肝細胞への侵入機構の解明
昨年度までに、1については、Mタンパク質の2量体構造のクライオ電子顕微鏡での構造解析に成功し、論文発表を行った(Nature Communications, 2022)。Mタンパク質の2量体はlong formとshort formの2つの異なる状態を形成することが明らかになった。2つの異なる状態は粒子の形態形成に関与することが予想される。2については、HBVの侵入を仲介する宿主側の受容体として同定されている胆汁酸トランスポーターNTCPのアポ体の構造決定に成功し論文発表を行った(Nature, 2022)。さらに昨年度は、NTCPとHBVのLHBタンパク質のN末端に存在するpreS1領域との複合体のクライオ電子顕微鏡構造解析に成功した(Nature Structural and Molecular Biology, 2024)。LHBのpreS1領域約50残基のペプチドの前半部分はNTPCの外側に開いたトンネルに深く侵入して結合していた。またpreS1の後半部分はNTPCの細胞外表面を這うように結合していた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

NTCPとHBV LHBタンパク質の複合体の構造解析に成功したため

Strategy for Future Research Activity

今年度は、Mタンパク質に関しては、構造解析したlong formおよびshort formで創薬標的となりうるポケットに対してインシリコスクリーニングにて薬剤候補化合物を選定し、有望な化合物とMタンパク質の相互作用解析、構造解析を進める。NTCPに関しては、NTCPとHBV感染阻害剤との複合体の構造解析を進める。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (20 results)

All 2024 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 7 results) Presentation (3 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (4 results)

  • [Int'l Joint Research] Stockholm University(スウェーデン)

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  • [Journal Article] Structural basis of hepatitis B virus receptor binding2024

    • Author(s)
      Asami Jinta、Park Jae-Hyun、Nomura Yayoi、Kobayashi Chisa、Mifune Junki、Ishimoto Naito、Uemura Tomoko、Liu Kehong、Sato Yumi、Zhang Zhikuan、Muramatsu Masamichi、Wakita Takaji、Drew David、Iwata So、Shimizu Toshiyuki、Watashi Koichi、Park Sam-Yong、Nomura Norimichi、Ohto Umeharu
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 31 Issue: 3 Pages: 447-454

    • DOI

      10.1038/s41594-023-01191-5

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  • [Journal Article] Structural basis for thioredoxin-mediated suppression of NLRP1 inflammasome2023

    • Author(s)
      Zhang Zhikuan、Shibata Takuma、Fujimura Akiko、Kitaura Jiro、Miyake Kensuke、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 622 Issue: 7981 Pages: 188-194

    • DOI

      10.1038/s41586-023-06532-4

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  • [Journal Article] TLR7/8 stress response drives histiocytosis in SLC29A3 disorders2023

    • Author(s)
      Shibata Takuma、Sato Ryota、Taoka Masato、Saitoh Shin-Ichiroh、Komine Mayumi、(他16人)、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki、Ozawa Manabu、Yoshida Nobuaki、Isobe Toshiaki、Latz Eicke、Mukai Kojiro、Taguchi Tomohiko、Hemmi Hiroaki、Akira Shizuo、Miyake Kensuke
    • Journal Title

      Journal of Experimental Medicine

      Volume: 220 Issue: 9 Pages: 320230054-320230054

    • DOI

      10.1084/jem.20230054

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  • [Journal Article] Novel multivalent S100A8 inhibitory peptides attenuate tumor progression and metastasis by inhibiting the TLR4-dependent pathway2023

    • Author(s)
      Deguchi A, Watanabe-Takahashi M, Mishima T, Omori T, Ohto U, Arashiki N, Nakamura F, Nishikawa K, Maru Y.
    • Journal Title

      Cancer Gene Ther

      Volume: - Issue: 7 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41417-023-00604-3

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  • [Journal Article] TLR3 forms a laterally aligned multimeric complex along double-stranded RNA for efficient signal transduction2023

    • Author(s)
      Sakaniwa Kentaro、Fujimura Akiko、Shibata Takuma、Shigematsu Hideki、Ekimoto Toru、Yamamoto Masaki、Ikeguchi Mitsunori、Miyake Kensuke、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 164-164

    • DOI

      10.1038/s41467-023-35844-2

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  • [Journal Article] Activation and regulation mechanisms of NOD-like receptors based on structural biology2022

    • Author(s)
      Ohto Umeharu
    • Journal Title

      Frontiers in Immunology

      Volume: 13 Pages: 953530-953530

    • DOI

      10.3389/fimmu.2022.953530

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  • [Journal Article] Structure of SARS-CoV-2 membrane protein essential for virus assembly2022

    • Author(s)
      Zhang Zhikuan、Nomura Norimichi、Muramoto Yukiko、Ekimoto Toru、Uemura Tomoko、Liu Kehong、Yui Moeko、Kono Nozomu、Aoki Junken、Ikeguchi Mitsunori、Noda Takeshi、Iwata So、Ohto Umeharu、Shimizu Toshiyuki
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 4399-4399

    • DOI

      10.1038/s41467-022-32019-3

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Propofol directly binds to and inhibits <scp>TLR7</scp>2022

    • Author(s)
      Koutsogiannaki Sophia、Bu Weiming、Maisat Wiriya、Manzor Mariel、Zhang Zhikuan、Ohto Umeharu、Eckenhoff Roderic G.、Yuki Koichi
    • Journal Title

      The FASEB Journal

      Volume: 36 Issue: 8

    • DOI

      10.1096/fj.202200312r

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structure of the?bile acid transporter?and HBV receptor NTCP2022

    • Author(s)
      Asami Jinta、Kimura Kanako Terakado、Fujita-Fujiharu Yoko、Ishida Hanako、Zhang Zhikuan、Nomura Yayoi、Liu Kehong、Uemura Tomoko、Sato Yumi、Ono Masatsugu、Yamamoto Masaki、Noda Takeshi、Shigematsu Hideki、Drew David、Iwata So、Shimizu Toshiyuki、Nomura Norimichi、Ohto Umeharu
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 606 Issue: 7916 Pages: 1021-1026

    • DOI

      10.1038/s41586-022-04845-4

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  • [Presentation] 胆汁酸輸送体NTCPを介したB型肝炎ウイルス侵入の構造基盤2023

    • Author(s)
      大戸梅治
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会(福岡)
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      大戸梅治
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      第42回日本認知症学会学術集会(奈良)
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      大戸梅治
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      https://researchmap.jp/uohto

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      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0111_90048.html

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      https://www.f.u-tokyo.ac.jp/topics.html?page=0&key=1694655177

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  • [Remarks] 研究室HP

    • URL

      https://kouzou.f.u-tokyo.ac.jp/

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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