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Molecular techniques for innovative peptide-based drug discovery

Research Project

Project/Area Number 23K24011
Project/Area Number (Other) 22H02748 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 47010:Pharmaceutical chemistry and drug development sciences-related
Research InstitutionKyoto Pharmaceutical University

Principal Investigator

小林 祐輔  京都薬科大学, 薬学部, 准教授 (90509275)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 浜田 翔平  京都薬科大学, 薬学部, 助教 (00833170)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,810,000 (Direct Cost: ¥13,700,000、Indirect Cost: ¥4,110,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2023: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2022: ¥12,610,000 (Direct Cost: ¥9,700,000、Indirect Cost: ¥2,910,000)
Keywordsハロゲン結合 / カルコゲン結合 / ニクトゲン結合 / 糖鎖修飾 / ペプチド / グリコシル化 / 水中反応 / 中分子創薬 / 糖鎖
Outline of Research at the Start

ハロゲン結合およびカルコゲン結合が反応剤の構造・機能にもたらす効果を検証する。下記の項目①~④により、反応剤分子設計の新概念を確立し、未踏の水中分子変換を達成する。
①種々のオルト位置換基を有するヨードニウムイリドの立体構造と反応性の評価
②種々の置換基を有するベンゾチアゾールの立体構造と反応性の評価
③アミドの水中N-グリコシル化反応の開発
④チアゾール環連結型ペプチドカップリング反応の開発と応用

Outline of Annual Research Achievements

中分子ペプチド創薬が近年注目されており、抗腫瘍・感染症などの幅広い領域での応用が期待されている。しかし、これまでに得られたヒット化合物の多くは体内動態に改善の余地があり、臨床試験に適応可能な候補化合物をより高い確率で得るためには、ペプチドの代謝安定性や細胞内移行性を解決する新たな技術・方法論の開発が必要である。技術開発が立ち遅れている最大の理由は、ペプチド鎖を連結・修飾するための水系溶媒中で実施可能な反応が限られていることに起因する。そこで、申請者はハロゲン結合などのσホール(非共有結合性)相互作用などの水系溶媒中でも有効な相互作用を活用した新規反応、および反応剤を開発し、これまでに報告のないペプチド連結法・ペプチド修飾法を目指した。 2023年度は前年に引き続き、下記の項目1)~4)について検討を行った。具体的には、1)種々のオルト位置換基を有するヨードニウムイリドの立体構造と反応性の評価、2)種々の置換基を有するベンゾチアゾールの立体構造と反応性の評価、3)アミドの水中N-グリコシル化反応の開発、4)チアゾール環連結型ペプチドカップリング反応の開発と応用である。
項目1)では、分子内ハロゲン結合を利用した新規超原子価ヨウ素反応剤の開発に成功し、X線結晶構造解析により構造を明らかにすることができた。項目2)ではいくつかの2-スルホニル化ベンゾチアゾール反応剤を合成し、システイン残基との水系溶媒中においても反応することが明らかになった。項目3)については、アミドのN-グリコシル化反応について、これまでに報告している触媒よりも高活性な触媒を見いだすことができたが、水中での反応は今だ達成できていない。項目4)では、チアゾール骨格合成に必要なチオアミドの合成について、新規反応剤の開発に成功し種々のニトリル類の加硫化水素分解によってチオアミドを収率よく合成することができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

1)オルト位置換基を有するヨードニウムイリドの立体構造と反応性の評価:分子内ハロゲン結合を利用した新規超原子価ヨウ素反応剤の開発に成功し、X線結晶構造解析により構造を明らかにすることができた。また、合成した反応剤を用いて、芳香環や不飽和結合に炭素原子や窒素原子を導入することに成功している。
2)種々の置換基を有するベンゾチアゾールの立体構造と反応性の評価:いくつかの2-スルホニル化ベンゾチアゾール反応剤を合成した。いずれも、システイン残基との水系溶媒中においても反応することが明らかになった。システイン残基導入後に塩基で処理することで、デヒドロアミノ酸へと誘導することができた。
3)アミドの水中N-グリコシル化反応の開発:アミドのN-グリコシル化反応について、これまでに報告している触媒よりも高活性な触媒を見いだすことができた。糖供与体についてはチオ糖の二量化が観測されたため、ラジカル前駆体であるスルホニル糖の合成を行っている。また、アミド等価体として、カルコゲン結合やニクトゲン結合を利用したラジカル前駆体の合成に成功している。今後、水中での反応へと展開する。
4)チアゾール環連結型ペプチドカップリング反応の開発:チアゾール骨格合成に必要なチオアミドの合成について、新規反応剤の開発に成功し種々のニトリル類の加硫化水素分解によってチオアミドを収率よく合成することができた。
全体として満遍なく進捗が見られているだけでなく、当初計画していなかった反応剤の合成を達成することができている。

Strategy for Future Research Activity

1)オルト位置換基を有するヨードニウムイリドの立体構造と反応性の評価:基質一般性を確認した後に論文化を目指す。
2)種々の置換基を有するベンゾチアゾールの立体構造と反応性の評価:システイン残基から無置換のデヒドロアミノ酸への合成を達成できたので、今年度は三置換のデヒドロアミノ酸の合成を目指す。具体的には、スルフィド中間体と超原子価ヨウ素反応剤によるプメラー型の反応について検討を行う。
3)アミドの水中N-グリコシル化反応の開発:糖供与体であるチオ糖の二量化が観測されたため、塩基や添加剤による二量化の抑制を検討する。アミドとのカップリングが困難である場合は、近年ラジカル前駆体として注目されているスルホニル糖を合成し、アミド前駆体との反応を検討する。また、アミド等価体としては、カルコゲン結合やニクトゲン結合を利用したラジカル前駆体の合成を引き続き行い、水中での反応へと展開する。
4)チアゾール環連結型ペプチドカップリング反応の開発:本反応についても、基質の一般性を確認した後に論文化を目指す。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (28 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 10 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Book (2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Development of Novel Hypervalent Iodine Compounds Bearing Intramolecular Halogen Bonding2023

    • Author(s)
      Kobayashi Yusuke、Takemoto Yoshiji
    • Journal Title

      Journal of Synthetic Organic Chemistry, Japan

      Volume: 81 Issue: 5 Pages: 483-491

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.81.483

    • ISSN
      0037-9980, 1883-6526
    • Year and Date
      2023-05-01
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  • [Journal Article] 1,3‐Dipolar Cycloaddition of 3‐Chromonyl‐Substituted Glycine Imino Esters with Arylidenes and <i>in?situ</i> Diastereodivergent <i>via</i> Retrocycloaddition2023

    • Author(s)
      Radwan Mohammed F.、Elboray Elghareeb E.、Dardeer Hemat M.、Kobayashi Yusuke、Furuta Takumi、Hamada Shohei、Dohi Toshifumi、Aly Moustafa F.
    • Journal Title

      Chemistry-An Asian Journal

      Volume: 18 Issue: 10

    • DOI

      10.1002/asia.202300215

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Diverse Site-Selective Transformation of Benzylic and Allylic Silyl Ethers via Organocatalytic Oxidation2023

    • Author(s)
      Hamada Shohei、Sakamoto Kaori、Miyazaki Eri、Elboray Elghareeb E.、Kobayashi Yusuke、Furuta Takumi
    • Journal Title

      ACS Catalysis

      Volume: 13 Issue: 12 Pages: 8031-8037

    • DOI

      10.1021/acscatal.3c01153

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dual Chalcogen‐Bonding Interactions for the Conformational Control of Urea**2023

    • Author(s)
      Inoue Takumi、Ota Moe、Amijima Yui、Takahashi Haru、Hamada Shohei、Nakamura Seikou、Kobayashi Yusuke、Sasamori Takahiro、Furuta Takumi
    • Journal Title

      Chemistry A European Journal

      Volume: 29 Issue: 60

    • DOI

      10.1002/chem.202302139

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Oxidative Deprotection of Benzyl Protecting Groups for Alcohols by an Electronically Tuned Nitroxyl-Radical Catalyst2023

    • Author(s)
      Hamada Shohei、Sumida Maiko、Yamazaki Rikako、Kobayashi Yusuke、Furuta Takumi
    • Journal Title

      The Journal of Organic Chemistry

      Volume: 88 Issue: 17 Pages: 12464-12473

    • DOI

      10.1021/acs.joc.3c01217

    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Syntheses, and Structural and Physical Properties of Axially Chiral Biaryl Dicarboxylic Acids Bearing Chalcogen Atoms2022

    • Author(s)
      Murai Takuya、Hamada Shohei、Kobayashi Yusuke、Sasamori Takahiro、Furuta Takumi
    • Journal Title

      Chemical and Pharmaceutical Bulletin

      Volume: 70 Issue: 9 Pages: 605-615

    • DOI

      10.1248/cpb.c22-00217

    • ISSN
      0009-2363, 1347-5223
    • Year and Date
      2022-09-01
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
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  • [Journal Article] ハロゲン結合による分子活性化および分子安定化を利用した反応開発2022

    • Author(s)
      小林 祐輔
    • Journal Title

      Farumashia

      Volume: 58 Issue: 10 Pages: 928-932

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.58.10_928

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] <i>N</i>-Acylimino-λ<sup>3</sup>-iodanes from the Metathesis of Iodosoarenes and Nitriles for the Photoinduced C?H Perfluoroacylamination of (Hetero)Arenes2022

    • Author(s)
      Kimura Tomohiro、Hamada Shohei、Furuta Takumi、Takemoto Yoshiji、Kobayashi Yusuke
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 24 Issue: 26 Pages: 4835-4839

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.2c02054

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] One-Pot Preparation of (<i>NH</i>)-Phenanthridinones and Amide-Functionalized [7]Helicene-like Molecules from Biaryl Dicarboxylic Acids2022

    • Author(s)
      Murai Takuya、Xing Yongning、Kurokawa Mayu、Kuribayashi Toshifumi、Nikaido Masanori、Elboray Elghareeb E.、Hamada Shohei、Kobayashi Yusuke、Sasamori Takahiro、Kawabata Takeo、Furuta Takumi
    • Journal Title

      The Journal of Organic Chemistry

      Volume: 87 Issue: 9 Pages: 5510-5521

    • DOI

      10.1021/acs.joc.1c02769

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Synthesis of Amide-Functionalized Thia[7]helicene-Like Molecule and Its Supramolecular Assembly in the Solid State2022

    • Author(s)
      Inoue Takumi、Hamada Shohei、Nakamura Rina、Sasamori Takahiro、Furuta Takumi
    • Journal Title

      HETEROCYCLES

      Volume: 104 Issue: 4 Pages: 786-786

    • DOI

      10.3987/com-21-14603

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      高橋 暖、中村 梨那、太田 萌絵、井上 拓美、村井 琢哉、笹森 貴裕、浜田 翔平、小林 祐輔、古田 巧
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      第21回次世代を担う有機化学シンポジウム
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      浜田翔平、阪本圭織、宮崎瑛梨、Elghareeb E. Elboray、小林 祐輔、古田 巧
    • Organizer
      日本プロセス化学会2023サマーシンポジウム
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      森田 名美、井上 拓美、太田 萌絵、浜田 翔平、古田 巧、小林 祐輔、古田 巧
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      中村 優希、三上 紋加、松山 千夏、井上 拓美、浜田 翔平、小林 祐輔、古田 巧
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      第73回日本薬学会関西支部総会・大会
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    • Organizer
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  • [Book] Comprehensive Chirality, 2nd edition: Olefins Hydrofunctionnalization: Hydroamination and Hydroalcoxylation of Electron-Deficient Olefins2022

    • Author(s)
      Yusuke Kobayashi and Yoshiji Takemoto
    • Total Pages
      46
    • Publisher
      Elsevier Ltd.
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    • Author(s)
      小林祐輔
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      シーエムシー出版
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    • URL

      https://labo.kyoto-phu.ac.jp/yakka/

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URL: 

Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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