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Development of on-chip cancer diagnostic system using high-integrated cell chips and nucleic acid probes

Research Project

Project/Area Number 23K25237
Project/Area Number (Other) 22H03983 (2022-2023)
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypeMulti-year Fund (2024)
Single-year Grants (2022-2023)
Section一般
Review Section Basic Section 90130:Medical systems-related
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

山村 昌平  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (50432141)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 重藤 元  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (60805662)
秋山 靖人  静岡県立静岡がんセンター(研究所), その他部局等, 研究員 (70222552)
Project Period (FY) 2022-04-01 – 2026-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥17,160,000 (Direct Cost: ¥13,200,000、Indirect Cost: ¥3,960,000)
Fiscal Year 2025: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2024: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Keywords1細胞解析 / 細胞チップ / 核酸プローブ / 循環がん細胞 / 遺伝子変異がん細胞 / メラノーマ
Outline of Research at the Start

独自の超集積型細胞チップと核酸プローブを用いて、1千万個以上の細胞を分離配置し、その中からCTCの検出から遺伝子変異解析までが可能なオンチップがん診断システムを開発する。まず、多数の白血球を単一層に配置する超集積型の細胞チップを設計作製する。次に、本細胞チップを用いて、がん細胞のみを抗体多重染色による定量検出を行う。さらに標的として、皮膚がんであるメラノーマで問題となっているBFAF遺伝子変異(V600E)がん細胞を検出する核酸プローブを作製する。作製した核酸プローブを細胞チップと組み合わせて、BFAF遺伝子変異CTCを検出し、簡易、迅速、高感度なオンチップがん診断システムの開発を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

独自の超集積型細胞チップと核酸プローブを用いて、多数の血液細胞を分離配置し、その中から循環がん細胞(CTC)を検出し、さらに遺伝子変異解析までが可能なオンチップがん診断システムを開発する。昨年度までに、金型を用いた射出成形技術を用いて、樹脂製マイクロアレイチップを作製した。特に高集積化(マイクロチャンバー数を2万個から7.8万個へ)した超集積型細胞チップを設計作製し、複数枚のチップで1千万個以上の細胞を均一かつ単一層に配置することが可能となった。今年度は、作製した超集積型細胞チップを用いて、循環がん細胞(CTC)検出のモデル系構築を行った。ヒト白血球細胞としてCEM、CTCのモデルとして乳がん細胞MCF-7、皮膚がん細胞である2種のメラノーマ(BRAF遺伝子のV600E変異細胞:SEKI、変異なし:MeWo)を用いてCTC検出系の構築を進めた。まず、白血球中のがん細胞の検出として、チップ上でCEM中に混在するMCF-7を抗体多重染色で定量検出することに成功した。次に、皮膚がんのターゲットであるメラノーマについて、メラノーマ特異的な蛍光標識抗体を用いてチップ上で抗体多重染色を行い、2種のメラノーマを検出することが示された。それと同時に、BRAF変異がん細胞のSEKIのみを検出できるペプチド核酸(PNA)プローブの開発も行った。変異なしのMeWoに対してSEKIの方が高い蛍光強度を示したが、今後さらなる染色条件検討が必要である。したがって、超集積型細胞チップを用いて、皮膚がんであるメラノーマ細胞(BRAF変異細胞含む)をターゲットにした新規CTC検出系になり得ること示唆された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度は、作製した超集積型細胞チップを用いてCTC検出系を構築することと、BRAF遺伝子変異(V600E)がん細胞:SEKIのみを検出できるペプチド核酸(PNA)プローブの開発が大きな目標であった。CTC検出系のモデルとして、チップ上で白血球細胞CEM中に混在する乳がん細胞MCF-7を抗体多重染色にて定量的に検出することができた。それに加えて、チップ上で2種のメラノーマも特異的な抗体を用いてチップ上で検出することが示された。さらに、最終的な標的である皮膚がんのBRAF変異細胞SEKIをPNAプローブで検出することに成功した。感度も含めてさらなる条件検討は必要であるが、BRAF遺伝子変異がん細胞を標的にした新しいCTC検出系として次年度の研究開発に繋がるため、順調に進展していると思われる。

Strategy for Future Research Activity

今後、作製した超集積型細胞チップを用いて、皮膚がんである2種のメラノーマ(BRAF遺伝子変異(V600E)細胞SEKI、変異なし細胞MeWo)に対するCTC検出のモデル系の構築を目指す。白血球細胞に添加するメラノーマ細胞MeWoを0.1%から0.0001%程度に細胞濃度を変化させ、蛍光顕微鏡下でがん細胞濃度に応じて定量検出するための条件を洗い出す。それと同時に、BRAF遺伝子変異のSEKIも白血球細胞中に添加して、MeWoに対するSEKIの定量検出なども検証する。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (21 results)

All 2023 2022

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (10 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 2 results) Patent(Industrial Property Rights) (4 results) (of which Overseas: 2 results)

  • [Journal Article] FRET probe for detecting two mutations in one <i>EGFR</i> mRNA2023

    • Author(s)
      Thu Myat、Yanai Kouta、Shigeto Hajime、Yamamura Shohei、Watanabe Kazunori、Ohtsuki Takashi
    • Journal Title

      The Analyst

      Volume: 148 Issue: 11 Pages: 2626-2632

    • DOI

      10.1039/d3an00554b

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Localization of EGFR mutations in non-small cell lung cancer tissues using mutation-specific DNA-PNA probes2023

    • Author(s)
      Shigeto H, Miyata H, Ashizawa T, Iizuka A, Kikuchi Y, Hozumi C, Maeda C, Yamaguchi K, Yamamura S, Akiyama Y
    • Journal Title

      Cancer Genomics Proteomics

      Volume: 20 Issue: 4 Pages: 375-382

    • DOI

      10.21873/cgp.20389

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      2023 Annual Research Report
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  • [Journal Article] 細胞チップと核酸プローブを用いたがん診断システムの開発2023

    • Author(s)
      山村昌平、重藤元
    • Journal Title

      BIO Clinica 2023年12月号

      Volume: 38 Pages: 85-89

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      2023 Annual Research Report
  • [Journal Article] 細胞チップと核酸プローブを用いたがん診断システムの開発2023

    • Author(s)
      山村昌平、重藤元
    • Journal Title

      月刊「細胞」2023年6月号

      Volume: 55 Pages: 93-97

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      2023 Annual Research Report
  • [Journal Article] Single-Cell Microarray Chip with Inverse-Tapered Wells to Maintain High Ratio of Cell Trapping2023

    • Author(s)
      Sano Ryota、Koyama Kentaro、Fukuoka Narumi、Ueno Hidetaka、Yamamura Shohei、Suzuki Takaaki
    • Journal Title

      Micromachines

      Volume: 14 Issue: 2 Pages: 492-492

    • DOI

      10.3390/mi14020492

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Adjusting the structure of a peptide nucleic acid (PNA) molecular beacon and promoting its DNA detection by a hybrid with quencher-modified DNA2022

    • Author(s)
      Shigeto H, Kishi T, Ishii K, Ohtsuki T, Yamamura S, Kitamatsu M
    • Journal Title

      Processes

      Volume: 10 Issue: 4 Pages: 722-732

    • DOI

      10.3390/pr10040722

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fluorescence Ratiometric DNA Detection by Peptide Nucleic Acid-Pyrene Binary Probes2022

    • Author(s)
      Koki Ishii, Sakura Tsuchitani, Miyu Toyama, Hajime Shigeto, Shohei Yamamura, Takashi Ohtsuki, Yoshitane Imai, Mizuki Kitamatsu
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      Volume: 71 Pages: 128838-128841

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2022.128838

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      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ペプチド核酸プローブと1細胞マイクロアレイチップの融合による遺伝子変異がん細胞のイメージング検出法の開発2023

    • Author(s)
      重藤元、北松瑞生、大槻高史、飯塚明、秋山靖人、山村昌平
    • Organizer
      第46回 日本分子生物学会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 1細胞トラップおよび培養のための細胞マイクロアレイチップ形状の最適化2023

    • Author(s)
      上野秀貴、重藤元、飯塚明、秋山靖人、山村昌平
    • Organizer
      第46回 日本分子生物学会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 1細胞解析および診断技術の開発2023

    • Author(s)
      山村昌平
    • Organizer
      関西学院大学 理・工・生命環境学部講演会
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      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Single-Cell trapping and releasing method using nitrogen gas generated from Light-responsive gas-generating polymer (LGP)2023

    • Author(s)
      Hidetaka Ueno, Yoshinori Akagi, Shohei Yamamura
    • Organizer
      The 27th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (microTAS 2023)
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      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Cell retrieval method by using microscale scaffold of light-responsive gas-generating polymer2023

    • Author(s)
      Hidetaka Ueno, Yoshinori Akagi, Shohei Yamamura
    • Organizer
      33rd Anniversary World Congress on Biosensors (Biosensors 2023)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 1細胞解析および診断を目指した細胞チップ2023

    • Author(s)
      山村昌平
    • Organizer
      第21回PhotoLIFEワークショップ
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      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 光応答性ガス発生ポリマーを用いた1細胞選択的回収技術2022

    • Author(s)
      上野秀貴、赤木良教、山村昌平
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞マイクロアレイの三次元構造ウェルの流れ場による細胞固定効率2022

    • Author(s)
      佐野涼太、小山健太郎、上野秀貴、山村昌平、鈴木孝明
    • Organizer
      第13回マイクロ・ナノ工学シンポジウム
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 2段型マイクロチャンバーアレイチップを用いた1細胞培養技術2022

    • Author(s)
      上野秀貴、重藤元、飯塚明、秋山靖人、山村昌平
    • Organizer
      第45回 日本分子生物学会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] マイクロアレイと三次元微小構造ウェル内の流れ場による細胞操作2022

    • Author(s)
      佐野涼太、小山健太郎、上野秀貴、山村昌平、鈴木孝明
    • Organizer
      本機械学会関東支部群馬ブロック 研究・技術交流会2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 細胞パターニング方法および細胞パターニング装置2023

    • Inventor(s)
      山村 昌平、上野 秀貴、重藤 元
    • Industrial Property Rights Holder
      国立研究開発法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] マイクロアレイチップおよびマイクロアレイチップを用いた細胞培養方法2023

    • Inventor(s)
      山村 昌平、上野 秀貴、重藤 元
    • Industrial Property Rights Holder
      国立研究開発法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 細胞パターニング方法および細胞パターニング装置2022

    • Inventor(s)
      山村昌平、上野秀貴、重藤元
    • Industrial Property Rights Holder
      国立研究開発法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2022-098191
    • Filing Date
      2022
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      2022 Annual Research Report
  • [Patent(Industrial Property Rights)] マイクロアレイチップおよびマイクロアレイチップを用いた細胞培養方法2022

    • Inventor(s)
      山村昌平、上野秀貴、重藤元
    • Industrial Property Rights Holder
      国立研究開発法人産業技術総合研究所
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2022-086270
    • Filing Date
      2022
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-04-19   Modified: 2024-12-25  

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