Validation study of a model for estimating the primary organ of cancer of unknown primary by methylation analysis of circulating tumor DNA
| Project/Area Number |
23K27468
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| Project/Area Number (Other) |
23H02777 (2023)
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Allocation Type | Multi-year Fund (2024)
Single-year Grants (2023) |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
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| Research Institution | Kindai University |
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Principal Investigator |
西尾 和人 近畿大学, 医学部, 教授 (10208134)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
林 秀敏 近畿大学, 医学部, 教授 (10548621)
デベラスコ マルコ 近畿大学, 医学部, 講師 (20449838)
坂井 和子 近畿大学, 医学部, 講師 (20580559)
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| Project Period (FY) |
2023-04-01 – 2026-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥18,980,000 (Direct Cost: ¥14,600,000、Indirect Cost: ¥4,380,000)
Fiscal Year 2025: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000)
Fiscal Year 2024: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000)
Fiscal Year 2023: ¥8,190,000 (Direct Cost: ¥6,300,000、Indirect Cost: ¥1,890,000)
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| Keywords | 原発不明癌 / 機械学習 / メチル化 / 循環腫瘍DNA / リキッドバイオプシー |
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| Outline of Research at the Start |
転移巣のみが発見される原発不明がんは予後不良の希少がんであり、原発臓器の特定に基づく治療が求められる。腫瘍間不均一性を克服し得る循環腫瘍DNAの臓器特異性を有するメチル化プロフィールに基づく原発巣推定を行う。原発巣を特定する分類器を構築し、原発既知の各種固形がん患者の腫瘍組織及び血漿検体のメチル化解析を実施、原発臓器推定結果を比較することで、分類器を最適化し、原発不明がん患者の腫瘍組織及び血漿検体で検証する。本研究の実施により、実用化可能な原発不明がんの原発臓器推定分類器を構築するとともに、メチル化部位の生物学的、臓器的特異的な特徴、機能を解析することで、メチル化最適化治療への展開を図る。
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| Outline of Annual Research Achievements |
原発不明がんは原発巣が不明で、組織学的に転移巣と判明している予後不良な悪性腫瘍であり、原発臓器推定による薬物療法の最適化が有効と考えられている。本研究の実施により、実用化可能な原発不明がんの原発臓器推定分類器を構築するとともに、メチル化部位の生物学的、臓器的特異的な特徴、機能を解析することで、最適化治療への展開を図ることを目的とする。本研究は、メチル化が臓器特異性を有することを利用し、腫瘍由来循環DNA（ctDNA）を用いたメチル化プロファイリングによる原発不明がんの原発巣特定分類器の分析性能を明らかにすること、臓器特異的メチル化サイトの生物学的、臓器的な特徴、機能を明らかにする。そのため、本年度は、原発巣が既知のがん種（肺がん、乳がん、大腸がん、胃がん、卵巣がん等）５0例の患者の腫瘍組織検体および血漿検体のペア検体を収集した。組織検体を用いた全ゲノム領域のメチル化データ（βスコア）を取得し、公共データベースの20がん種の腫瘍組織のメチル化プロファイリング情報により構築した分類器を用いて、回帰予測による原発巣推定を行い、メチル化プロファイリングによる原発巣推定の分析性能を確認した。血漿検体によるメチル化測定パネルとして、分子バーコード法を用いた200メチル化部位のメチル化解析パネルをデザインした。同カスタムパネルによるメチル化測定を行い、腫瘍組織検体および血漿ペア検体間及び実際の原発臓器と比較し、がん種推定の正答率、精度検定を行い、その分析性能を評価中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
原発巣が既知のがん種（肺がん、乳がん、大腸がん、胃がん、卵巣がん等）50例の患者の腫瘍組織検体および血漿ctDNA検体のペア検体を収集した。分類器に用いるメチル化測定には分子バーコード法を用いたカスタムパネルをデザインして200メチル化部位のメチル化解析パネルを作成し、同カスタムパネルを用い、次世代シークエンス法による測定・解析を実施中である。メチル化データ（βスコア）を基に、回帰予測による原発巣推定を行い、推定原発巣の情報を、ペア検体間及び実際の原発臓器と比較し、がん種推定の正答率、精度検定を行い、その分析性能を評価中である。
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| Strategy for Future Research Activity |
現在進行中の回帰予測による原発巣推定、推定原発巣の情報を、ペア検体間及び実際の原発臓器と比較すること、がん種推定の正答率、精度検定による分析性能を評価を急ぎ、実際の原発臓器との乖離について検討する。これらの結果をフィルタリングプロセスにフィードバックし、分類器をctDNA用に最適化する工程をすすめる。
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Report
(1 results)
Research Products
(12 results)
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[Journal Article] Soluble immune checkpoint factors reflect exhaustion of antitumor immunity and response to PD-1 blockade2024
Author(s)
Hayashi Hidetoshi, Chamoto Kenji, Hatae Ryusuke, Kurosaki Takashi, Togashi Yosuke, Fukuoka Kazuya, Goto Megumi, Chiba Yasutaka, Tomida Shuta, Ota Takayo, Haratani Koji, Takahama Takayuki, Tanizaki Junko, Yoshida Takeshi, Iwasa Tsutomu, Tanaka Kaoru, Takeda Masayuki, Hirano Tomoko, Sakai Kazuko, Nishio Kazuto, etc
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Journal Title
Journal of Clinical Investigation
Volume: 134
Issue: 7
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Lack of Association of Plasma Levels of Soluble Programmed Cell Death Protein 1, Programmed Death-Ligand 1, and CTLA-4 With Survival for Stage II to IIIA NSCLC After Complete Resection and Adjuvant Chemotherapy2023
Author(s)
Tanizaki Junko, Kuroda Hiroaki, Yokoyama Toshihide, Takahama Makoto, Shoda Hiroyasu, Nakamura Atsushi, Kitamura Yoshitaka, Mamesaya Nobuaki, Kadota Yoshihisa, Sawa Kenji, Okishio Kyoichi, Okada Morihito, Suminaka Chihiro, Noda Kenta, Sakai Kazuko, Chiba Yasutaka, Nishio Kazuto, Chamoto Kenji, Honjo Tasuku, etc
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Journal Title
JTO Clinical and Research Reports
Volume: 4
Issue: 12
Pages: 100590-100590
DOI
Related Report
Peer Reviewed / Open Access
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