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Toward compilation of an atlas of Marchantia polymorpha, a model basal land plants

Research Project

Project/Area Number 24657031
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field Plant molecular biology/Plant physiology
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

ARAKI Takashi  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (00273433)

Research Collaborator YAMAGUCHI Ayako  
ENDO Motomu  
SAKAI Yuuki  
MIWA Masaki  
HIGO Asuka  
MORIHANA Sayuri  
OGAMI Takashi  
YAMAMOTO Akito  
Project Period (FY) 2012-04-01 – 2015-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2014)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2014: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2012: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Keywordsゼニゴケ / 発生 / 生殖器官 / 精子形成 / 精子機能 / 胞子体 / 組織特異的遺伝子 / エンハンサートラップ / 基部陸上植物 / モデル植物 / 形態 / 生殖器官分化 / 遺伝子発現パターン / アトラス
Outline of Final Research Achievements

Through RNA seq analysis of isolated antheridia, a comprehensive list of genes specifically expressed during antheridial development was obtained, which enables us to draw a framework for gene expression program of the process. The list contains genes expressed in spermatogenous tissue at specific stage of development, which will serve as useful markers. A gene likely to be involved in early stages of sexual organ development was also identified through analysis of knock-out plants of selected transcription factor genes. These will be useful resources for us to contribute to our understanding sexual organ development. Other outputs from this project of a notable value include establishment of lines which mark apical notch region of thallus and catalogues of genes expressed in archegonia before and after fertilization.
In association to this project, I am serving as one of editors for the specially focused issue on Marchantia polymorpha as a model plant in Plant & Cell Physiology.

Report

(4 results)
  • 2014 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2013 Research-status Report
  • 2012 Research-status Report
  • Research Products

    (39 results)

All 2015 2014 2013 2012 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (25 results) (of which Invited: 5 results) Book (2 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] シロイヌナズナとゼニゴケにおける概日時計と光周性2014

    • Author(s)
      遠藤 求, 久保田 茜, 河内孝之, 荒木 崇
    • Journal Title

      植物の生長調節

      Volume: 49 Pages: 49-58

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Journal Article] Light-dependent destabilization of PHL in Arabidopsis2014

    • Author(s)
      Endo, M., Kudo, D., Koto, T., Shimizu, H., and Araki, T.
    • Journal Title

      Plant Signaling & Behavior

      Volume: 9 Issue: 3 Pages: e28118-e28118

    • DOI

      10.4161/psb.28118

    • NAID

      120005439152

    • Related Report
      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] シロイヌナズナとゼニゴケにおける概日時計と光周性2014

    • Author(s)
      遠藤 求, 久保田 茜, 河内孝之, 荒木 崇
    • Journal Title

      植物の生長調節

      Volume: 49

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      2013 Research-status Report
  • [Journal Article] BRANCHED1 interacts with FLOWERING LOCUS T to repress the floral transition of the axillary meristems in Arabidopsis2013

    • Author(s)
      Niwa, M., Daimon, Y., Kurotani, K., Higo, A., Pruneda-Paz, J.L., Breton, G., Mitsuda, N., Kay, S.A., Ohme-Takagi, M., Endo, M., and Araki, T
    • Journal Title

      Plant Cell

      Volume: Vol.25、No.4 Issue: 4 Pages: 1228-1242

    • DOI

      10.1105/tpc.112.109090

    • Related Report
      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phloem long-distance delivery of FLOWERING LOCUS T (FT) to the apex2013

    • Author(s)
      Yoo, S.-C., Chen, C., Rojas, M., Daimon, Y., Ham, B.-K., Araki, T., and Lucas, W
    • Journal Title

      Plant Journal

      Volume: Vol.74(印刷中) Issue: 3 Pages: 456-468

    • DOI

      10.1111/tpj.12213

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      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] PHYTOCHROME-DEPENDENT LATE-FLOWERING accelerates flowering through physical interactions with phytochrome B and CONSTANS.2013

    • Author(s)
      Endo, M., Y. Tanigawa, T. Murakami, T. Araki and A. Nagatani
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 110 Issue: 44 Pages: 18017-18022

    • DOI

      10.1073/pnas.1310631110

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      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Florigen is involved in axillary bud development at multiple stages in Arabidopsis.2013

    • Author(s)
      Niwa, M., M., Endo, M., and Araki, T.
    • Journal Title

      Plant Signaling & Behavior

      Volume: 8 Issue: 11 Pages: e27167-e27167

    • DOI

      10.4161/psb.27167

    • Related Report
      2013 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 植物固有の転写因子LEAFYとゼニゴケの有性生殖2012

    • Author(s)
      荒木 崇
    • Journal Title

      植物科学の最前線(BSJ-Review)

      Volume: 3 Pages: 134-158

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      2012 Research-status Report
  • [Presentation] Search for the regulators of early sporophyte development in Marchantia polymorpha(日本語で発表)2015

    • Author(s)
      丹羽優喜, 酒井友希, 肥後あすか, 遠藤 求, 山口礼子, 石崎公庸, 大和勝幸, 西浜竜一, 石田喬志, 澤進一郎, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      第56回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学 世田谷キャンパス(東京都世田谷区)
    • Year and Date
      2015-03-16 – 2015-03-18
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 苔類ゼニゴケの雄性配偶子形成過程を制御する分子機構の解析2015

    • Author(s)
      肥後あすか, 丹羽優喜, 大和勝幸, 坂本智昭, 倉田哲也, 白川 一, 重信秀治, 石崎公庸, 西浜竜一, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      第56回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学 世田谷キャンパス(東京都世田谷区)
    • Year and Date
      2015-03-16 – 2015-03-18
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Exploring the sexual reproduction processes in Marchantia polymorpha2014

    • Author(s)
      荒木 崇
    • Organizer
      Marchantia Workshop 2014
    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2014-12-08 – 2014-12-10
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Phenotypic analyses of MpLFY knockout plants2014

    • Author(s)
      丹羽優喜, 酒井友希, 肥後あすか, 遠藤 求, 山口礼子, 石崎公庸, 大和勝幸, 西浜竜一, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      Marchantia Workshop 2014
    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2014-12-08 – 2014-12-10
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Toward understanding of the molecular mechanism regulating the formation of the male gametophyte(ポスター発表)2014

    • Author(s)
      肥後あすか, 丹羽優喜, 遠藤 求, 石崎公庸, 大和勝幸, 西浜竜一, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      Marchantia Workshop 2014
    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2014-12-08 – 2014-12-10
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Functional analysis of SBP-box transcription factors in Marchantia polymorpha(ポスター発表)2014

    • Author(s)
      大神貴史, 山口礼子, 丹羽優喜, 遠藤 求, 石崎公庸, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      Marchantia Workshop 2014
    • Place of Presentation
      神戸大学(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2014-12-08 – 2014-12-10
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] ゼニゴケの接合子におけるMpLFYの機能解析2014

    • Author(s)
      丹羽優喜, 酒井友希, 肥後あすか, 遠藤 求, 山口礼子, 石崎公庸, 大和勝幸, 西浜竜一, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学 生田キャンパス(神奈川県川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-12 – 2014-09-14
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 苔類ゼニゴケにおけるSBP型転写因子の機能解析(ポスター発表)2014

    • Author(s)
      大神貴史, 山口礼子, 丹羽優喜, 遠藤 求, 石崎公庸, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学 生田キャンパス(神奈川県川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-12 – 2014-09-14
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 苔類ゼニゴケの造精器および精子の発生過程に関与する遺伝子発現プログラムを制御する機構の解析(ポスター発表)2014

    • Author(s)
      肥後あすか, 丹羽優喜, 遠藤 求, 石崎公庸, 大和勝幸, 西浜竜一, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会第78回大会
    • Place of Presentation
      明治大学 生田キャンパス(神奈川県川崎市)
    • Year and Date
      2014-09-12 – 2014-09-14
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      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] Exploring the plant reproductive process using Arabidopsis and Marchantia2014

    • Author(s)
      荒木 崇
    • Organizer
      第47回発生生物学会大会
    • Place of Presentation
      ウィンク愛知(愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      2014-05-27 – 2014-05-30
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      2014 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] Struggling with LEAFY (Reproductive Development Session)

    • Author(s)
      荒木 崇
    • Organizer
      4th International Marchantia Workshop 2013
    • Place of Presentation
      Buln Buln Cabin, Yanakie, VIC, Australia
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] FD-FT複合体形成を制御するタンパク質キナーゼの探索

    • Author(s)
      川本 望, 笹部美知子, 遠藤 求, 町田泰則, 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学札幌キャンパス (札幌市)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 維管束の概日時計は主要時計としての性質を持つ

    • Author(s)
      遠藤 求, 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学札幌キャンパス (札幌市)
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] シロイヌナズナ14-3-3 タンパク質のFT, TFL1, FDとの相互作用による花成制御機構の解析

    • Author(s)
      肥後あすか, 川本 望, 遠藤 求, 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学札幌キャンパス (札幌市)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] シロイヌナズナFT/TSF との相互作用を介したBRC1による側芽相転換の調節

    • Author(s)
      丹羽優喜, 遠藤 求, 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会第77回大会
    • Place of Presentation
      北海道大学札幌キャンパス (札幌市)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 維管束の概日時計は主要時計としての性質を持つ

    • Author(s)
      遠藤 求, 清水華子, Brenda Chow, Steve Kay, 荒木 崇
    • Organizer
      第20回 日本時間生物学会学術大会
    • Place of Presentation
      近畿大学東大阪キャンパス(東大阪市)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] ゼニゴケMpLFYノックアウト株の表現型解析

    • Author(s)
      丹羽優喜, 酒井友希, 肥後あすか, 遠藤 求, 山口礼子, 石崎公庸, 大和勝幸, 西浜竜一, 河内孝之, 荒木 崇
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学五福キャンパス (富山市)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 維管束の概日時計は主要時計としての性質を持つ

    • Author(s)
      遠藤 求, 清水華子, Brenda Chow, Steve Kay, 荒木 崇
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学五福キャンパス (富山市)富山大学五福キャンパス (富山県)
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      2013 Research-status Report
  • [Presentation] FD-FT複合体形成を制御するタンパク質キナーゼの探索と同定

    • Author(s)
      川本 望, 笹部美知子, 遠藤 求, 町田泰則, 荒木 崇
    • Organizer
      第55回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      富山大学五福キャンパス (富山市)
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 原核生物型PEBPファミリータンパク質CORのシロイヌナズナとゼニゴケにおける機能解析

    • Author(s)
      森花小百合・竹本 覚・辻井由香・ 有手友嗣・竹村美保・酒井友希・ 山口礼子・遠藤 求・石崎公庸・ 大和和幸・河内孝之・荒木 崇
    • Organizer
      日本植物生理学会 2013年度年会
    • Place of Presentation
      岡山市・岡山大学津島キャンパス
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      2012 Research-status Report
  • [Presentation] 苔類ゼニゴケにおけるmiR156 およびSBP 型転写因子の解析(ポスター発表)

    • Author(s)
      山口礼子・宮下結衣・吉川 学・ 酒井友希・石崎公庸・河内孝之・ 荒木 崇
    • Organizer
      日本植物生理学会 2013年度年会
    • Place of Presentation
      岡山市・岡山大学津島キャンパス
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      2012 Research-status Report
  • [Presentation] 転写因子の機能から迫る陸上植物の有性生殖メカニズムの進化-安定して次世代を残す ために-

    • Author(s)
      酒井友希・荒木 崇
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡市・福岡国際会議場
    • Related Report
      2012 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Flagella and related genes.in "Genome Session (omnibus)"

    • Author(s)
      荒木 崇
    • Organizer
      International Marchantia Workshop 2012
    • Place of Presentation
      熊本県阿蘇郡・ホテルグリーン ピア南阿蘇
    • Related Report
      2012 Research-status Report
  • [Presentation] Role of LEAFY in gametophyte development and function.

    • Author(s)
      酒井友希・宮下結衣・宇山和樹・ 辻井由香・山口礼子・荒木 崇
    • Organizer
      International Marchantia Workshop 2012
    • Place of Presentation
      熊本県阿蘇郡・ホテルグリーン ピア南阿蘇
    • Related Report
      2012 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 花成と有性生殖を支える成長システムの統合的理解に向けて

    • Author(s)
      荒木 崇
    • Organizer
      日本植物学会 第76回大会
    • Place of Presentation
      姫路市・兵庫県立大学姫路書写 キャンパス
    • Related Report
      2012 Research-status Report
    • Invited
  • [Book] 改訂版 植物の科学2015

    • Author(s)
      塚谷裕一・荒木 崇
    • Total Pages
      289
    • Publisher
      放送大学教育振興会
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Book] 植物の科学2015

    • Author(s)
      塚谷裕一, 荒木 崇(編)
    • Publisher
      放送大学教育振興会
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Remarks] 京都大学生命科学研究科統合生命科学専攻分子代謝制御学分野HP

    • URL

      http://www.plantdevbio.lif.kyoto-u.ac.jp/index.html

    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Remarks] 京都大学生命科学研究科統合生命科学専攻分子代謝制御学分野HP

    • URL

      http://www.lif.kyoto-u.ac.jp/labs/plantdevbio/index.html

    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Remarks] 植物科学の最前線「植物固有の転写因子LEAFYとゼニゴケの有性生殖」

    • URL

      http://bsj.or.jp/frontier/BSJreview2012B8.pdf

    • Related Report
      2012 Research-status Report
  • [Remarks] 植物科学の最前線「古くて新しいモデル植物ゼニゴケ ~陸上植物の多様性・普遍性の分子基盤を探る~」

    • URL

      http://bsj.or.jp/frontier/BSJreview2012B.pdf

    • Related Report
      2012 Research-status Report

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Published: 2013-05-31   Modified: 2019-07-29  

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