High-Resolution Cell Fate Mapping in 3D Tissue through Whole-Mount In Situ Sequencing

• Project/Area Number: 24K09471
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 44020:Developmental biology-related
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: 砂留 一範 京都大学, 高等研究院, 特定助教 (60872992)
• Project Period (FY): 2024-04-01 – 2029-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2024)
• Budget Amount: ¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000); Fiscal Year 2028: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000); Fiscal Year 2027: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000); Fiscal Year 2026: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2025: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2024: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
• Keywords: 発生生物 / 空間トランスクリプトミクス

Outline of Research at the Start

本研究課題では、厚さ2 mm、体積10 mm3程度の3次元サンプルに対して数100種類の遺伝子発現を可視化する空間トランスクリプトーム技術を開発する。胚や成体組織の立体的な形状と共に、構成要素である細胞の種類と位置を可視化し、細胞分化やRNAの細胞内局在といった細胞レベルの生命現象が、高次構造の形成へと繋がるメカニズムを明らかにする。