| Project/Area Number |
24K10425
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
藤原 謙次 九州大学, 医学研究院, 共同研究員 (10727184)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
進藤 幸治 九州大学, 大学病院, 講師 (00788432)
堀岡 宏平 九州大学, 大学病院, 助教 (10783699)
水内 祐介 九州大学, 大学病院, 助教 (20849088)
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| Project Period (FY) |
2024-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Ceased (Fiscal Year 2024)
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| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2026: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2025: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2024: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | Mass Spectrometry / 膵臓癌 / リガンドーム / HLA / 膵癌 / 膵癌HLAリガンドーム / Direct identification / De novo searching |
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| Outline of Research at the Start |
オプジーボの登場以降、躍進著しい免疫治療だが膵癌はその恩恵を受けていない。しかし、併用療法によってその改善の可能性があり、免疫機構の更なる解明が必要とされる。免疫治療において、Database searchを使用したDirect identificationによりHLAに提示された抗原ペプチドの直接同定に膵癌でも成功した。本研究ではマウス膵癌組織、ヒトオルガノイド、ヒト手術検体を使用することで、膵癌MHC（HLA）リガンドームの解明を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、Mass Spectrometryを使用したDirect identificationによるペプチドの網羅的解析技術を使用し、膵癌自然発生モデル、膵癌オルガノイド、ヒト膵癌組織研究に関するこれまでの研究成果に、MHC（もしくはHLA）に提示された抗原ペプチドの解析結果を加え、腫瘍特異的抗原のMHCにおける提示の経時的変化を検証することで、膵癌免疫機構MHC（HLA）リガンドームの解明を目指すことである。
本研究では、がん組織のサンプル入手、タンパク抽出、HLA関連ペプチドの採取、Mass Spectrometry解析、そしてデータ解析の手技確立が必須となる。膵癌のサンプル採取はすでに研究室内で継続して行われており、組織の破砕、RNA/DNA採取、オルガノイド作成に関して憂慮点はなかったが、最も優先すべきはMass Spectrometryで抽出されたデータの解析であった。研究室内では申請者以外に行えるものがいないため、まずPCのセットアップ、ついで複数の解析ソフトの比較を行い、コントロールのソフトとしてMaxQuantの使用を決定した。UniProtよりHomo Sapiensのタンパク塩基配列のデータを入手した。テスト解析データはPRIDEより入手し、解析を開始したが、データが抽出されず複数回施行を余儀なくされた。セッティング変更にてpeptidesデータを入手でき、申請者のJohns Hopkins UniversityからのPublishedデータとの比較を行い、複数の重複するPeptidesを同定した。また、複数の癌細胞株のデータを入手し解析を進めている。
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