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Elucidating the molecular mechanism of chiral chromatography from theoretical approaches

Research Project

Project/Area Number 24K21756
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 32:Physical chemistry, functional solid state chemistry, and related fields
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

森 俊文  九州大学, 先導物質化学研究所, 准教授 (20732043)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 井川 和宣  熊本大学, 大学院先端科学研究部(理), 教授 (80401529)
Project Period (FY) 2024-06-28 – 2027-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2024)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2026: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2025: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2024: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Keywords分子シミュレーション / 構造ダイナミクス / キラルカラム / キラル分子 / 糖鎖 / キラリティ
Outline of Research at the Start

キラリティを持つ分子とその鏡像異性体の分離は創薬や有機合成など多くの分野で不可欠であり、キラルカラムを用いた高速液体クロマトグラフィーが広く利用されている。ところが、キラルカラムとして用いられる高分子は構造が柔軟であり、吸着過程で見られるキラル分子との分子間相互作用は複雑となるため、分子レベルでのクロマトグラフィーの仕組みの理解は遅れている。本研究では、キラルカラムに対する分子シミュレーション手法を確立し、キラルカラムとキラル分子の間のダイナミックな分子間相互作用を明らかにすることで、キラルカラムクロマトグラフィーの原理解明と機能予測モデルを構築することを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

ある物体とその鏡像を重ね合わせることができない性質をキラリティと呼び、キラリティを持つ分子をキラル分子と呼ぶ。キラリティをもつ医薬品の多くは、一方が薬理作用を示し、もう一方が副作用を示すため、キラル分子をその鏡像異性体と分離することは重要であり、キラリティをもつキラルカラムを利用した分子の分離が盛んに行われている。一方で、キラルカラムが機能する基本原理は理解されていない。本研究では、分子シミュレーションを用いてキラルカラムとキラル分子の分子間相互作用のダイナミクスを明らかにすることで、キラルカラムの動作原理を解明し、分子設計指針を構築することを目的とする。
本研究の開始年度である本年度は、セルロースおよびアミロース誘導体からなるキラルカラムの分子モデルの構築と計算条件の検討を行った。キラルカラムの分子構造については、限られた分子については結晶構造が知られているものの、実際の溶液内では構造は大きく揺らぐことが予想される。これに対して、キラルカラムの構造揺らぎ、特にグルコースの側鎖の向きに関する検討はほとんど行われていない。そこで、複数のコンフォメーションを初期値として分子動力学シミュレーションを実行し、側鎖の配向がどのように変化するかを調べ、実際に様々なコンフォメーションを取りうることを明らかにした。さらに、セルロース誘導体ポリマー同士の相互作用なども検討した。次に、構造異性体を持つ有機分子を用いて、キラルポリマーとの相互作用を調べ、有機分子とキラルポリマーとの相互作用の強さが実験結果の傾向と一致することを確認した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

キラルポリマーの分子モデルを作成し、シミュレーション条件の検討や、構造揺らぎの見積もりを行うことができた。また、構造異性体を持つ有機分子を使って、キラルポリマーと分子の相互作用が構造異性体の間で違うこと、さらにその相互作用の違いは実験的に知られている結合の強さの傾向と一致することを確認することができた。

Strategy for Future Research Activity

今後は、キラル分子を用いたシミュレーションを行うことで、キラルカラムとキラル分子の相互作用のダイナミクス解析を行う。特に、分子のキラリティの違いがキラルポリマーとの相互作用にどのように違いを生み出すかを調べる。さらに、実験条件に合わせた混合溶媒を検討し、溶媒(組成)の違いがどのように分子間相互作用、さらにはその先のキラル分子の分離に影響するかを調べる。

Report

(1 results)
  • 2024 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2025 2024 Other

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 3 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Divergent Synthesis of Silacycles by Ligand-Controlled Rhodium-Catalyzed Annulation of (2-Hydrosilylaryl)acetylenes2025

    • Author(s)
      Fuji Kazuto、Kawashima Kyohei、Mori Toshifumi、Sekine Kohei、Kuninobu Yoichiro
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 27 Issue: 7 Pages: 1614-1619

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.4c04694

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exploring the Capabilities of Nanosized Graphene Oxide as a Pesticide Nanosorbent: Simulation Studies2025

    • Author(s)
      Tadawattana Prin、Kawashima Kyohei、Sittiwanichai Sirin、T-Thienprasert Jiraroj、Mori Toshifumi、Pongprayoon Prapasiri
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 10 Issue: 9 Pages: 8951-8959

    • DOI

      10.1021/acsomega.4c06036

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Investigating the hyperparameter space of deep neural network models for reaction coordinates2025

    • Author(s)
      Kawashima Kyohei、Sato Takumi、Okazaki Kei-ichi、Kim Kang、Matubayasi Nobuyuki、Mori Toshifumi
    • Journal Title

      APL Machine Learning

      Volume: 3 Issue: 1 Pages: 1-11

    • DOI

      10.1063/5.0252631

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular basis underlying the specificity of an antagonist AA92593 for mammalian melanopsins2025

    • Author(s)
      Obayashi Kohei、Zou Ruisi、Kawaguchi Tomoki、Mori Toshifumi、Tsukamoto Hisao
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: NA Issue: 5 Pages: 108461-108461

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2025.108461

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Carbamoylarylation of Alkenes with N-Aryl Oxamic Acids Involving 1,4-Aryl Migration Via C(aryl)-N Bond Cleavage2024

    • Author(s)
      Akira Shiozuka, Di Wu, Kyohei Kawashima, Toshifumi Mori, Kohei Sekine, Yoichiro Kuninobu
    • Journal Title

      ACS Catalysis

      Volume: 14 Issue: 8 Pages: 5972-5977

    • DOI

      10.1021/acscatal.4c00523

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unveiling interatomic distances influencing the reaction coordinates in alanine dipeptide isomerization: An explainable deep learning approach2024

    • Author(s)
      Okada Kazushi、Kikutsuji Takuma、Okazaki Kei-ichi、Mori Toshifumi、Kim Kang、Matubayasi Nobuyuki
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 160 Issue: 17 Pages: 1-8

    • DOI

      10.1063/5.0203346

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanistic insights into the role of cyclodextrin in the regioselective radical C?H trifluoromethylation of aromatic compounds2024

    • Author(s)
      Kawashima Kyohei、Lu Xu、Kuninobu Yoichiro、Mori Toshifumi
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 45 Issue: 25 Pages: 2112-2118

    • DOI

      10.1002/jcc.27430

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Aggregation of Apo/Glycated Human Serum Albumins and Aptamer-Saturated Graphene Quantum Dot: A Simulation Study2024

    • Author(s)
      Sittiwanichai Sirin、Archapraditkul Chanya、Japrung Deanpen、Shigeta Yasuteru、Mori Toshifumi、Pongprayoon Prapasiri
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 63 Issue: 13 Pages: 1697-1707

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.4c00155

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Gold‐Catalyzed Synthesis of 5<i>H</i>‐Benzo[<i>b</i>]indeno[2,1‐<i>d</i>]silines by Insertion of Vinyl Carbocations into the Si?H Bond2024

    • Author(s)
      Sekine Kohei、Fuji Kazuto、Kawashima Kyohei、Mori Toshifumi、Kuninobu Yoichiro
    • Journal Title

      Chemistry -- A European Journal

      Volume: 30 Issue: 65 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1002/chem.202403163

    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Elucidating the heterogeneous dynamics of proteins during folding and function from molecular simulations2025

    • Author(s)
      Toshifumi Mori
    • Organizer
      Sugadaira Winter Workshop 2025 on the role of fluctuations and dynamics and bio and soft matter
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Computational and Biochemical Studies on the Molecular Interactions Between Melanopsin and its Antagonists2025

    • Author(s)
      Ruisi Zou, Kohei Obayashi, Hisao Tsukamoto, Toshifumi Mori
    • Organizer
      研究会「凝縮系の理論化学2025」
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] 機械学習とハイパーパラメータチューニングを用いた酵素反応の反応座標探索2025

    • Author(s)
      川島 恭平, 佐藤 拓海, 森 俊文
    • Organizer
      研究会「凝縮系の理論化学2025」
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Presentation] Computational and Biochemical Studies on the Molecular Interactions Between Melanopsin and its Antagonists2024

    • Author(s)
      Ruisi Zou, Kohei Obayashi, Hisao Tsukamoto, Toshifumi Mori
    • Organizer
      21st IUPAB & 62nd BSJ Joint Congress
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Exploring Reactin Coordinates for Enzymatic Reaction by Automatic Hyperparameter Tuning2024

    • Author(s)
      Kyohei Kawashima, Toshifumi Mori
    • Organizer
      American Chemical Society 2024 Fall Meeting
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 酵素反応の階層的ダイナミクスと反応座標2024

    • Author(s)
      森 俊文
    • Organizer
      レア・イベントの計算化学 第7回ワークショップ
    • Related Report
      2024 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] G タンパク質共役受容体とアンタゴニストの複合体構造とダイナミクスの解明2024

    • Author(s)
      鄒瑞思, 尾林虹兵, 塚本寿夫, 森俊文
    • Organizer
      第38回分子シミュレーション討論会
    • Related Report
      2024 Research-status Report
  • [Remarks] 九州大学先導物質化学研究所 森研究室ホームページ

    • URL

      https://theoc.cm.kyushu-u.ac.jp/

    • Related Report
      2024 Research-status Report

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Published: 2024-07-03   Modified: 2025-12-26  

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