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Genetic diversity and divergence of the Habu viper, Protobothrops among Japanese subtropical islands.

Research Project

Project/Area Number 25440214
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Research Field Biodiversity/Systematics
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

Shibata Hiroki  九州大学, 生体防御医学研究所, 准教授 (80315093)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) CHIJIWA TAKAHITO  崇城大学, 生物生命学部, 教授 (30331060)
Co-Investigator(Renkei-kenkyūsha) HATTORI SHOSAKU  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (30134620)
KUMAZAWA YOSHINORI  名古屋市立大学, システム自然科学研究科, 教授 (60221941)
Project Period (FY) 2013-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥5,330,000 (Direct Cost: ¥4,100,000、Indirect Cost: ¥1,230,000)
Fiscal Year 2015: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2013: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords遺伝的多様性 / ハブ / 系統地理学 / ミトゲノム / マイクロサテライトマーカー
Outline of Final Research Achievements

There are 3 Habu species currently recognized in Japan: Protobothrops flavoviridis from the Amami Islands and the Okinawa Islands, P. tokarensis from the Tokara Islands, and P. elegans from the Yaeyama Islands. To survey their genetic divergence and diversity, we determined the complete mitogenome sequence (approx. 17 kb) from 44 specimens collected from 12 islands. The maximum likelihood tree showed a significant divergence between the Amami Clade and the Okinawa Clade. The Amami Clade also includes all specimens from the Tokara Islands currently known as an independent species, P. tokarensis, suggesting the paraphyly of the taxon, P. flavoviridis. In contrast, he validity of the taxon, P. elegans as an independent species was supported. By MCMC method, we estimated the divergence time between the Amami Clade and the Okinawa Clade to be 6.5 MYA, indicating that the vicariance of the two clades preceded the geological separation of the Amami Islands and the Okinawa Islands (~1.5MYA).

Report

(4 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • 2013 Research-status Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2016 2015 2014 2013

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (12 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] The taxonomic position and the unexpected divergence of the Habu viper, Protobothrops among Japanese subtropical islands.2016

    • Author(s)
      Shibata H, Chijiwa T, Hattori S, Terada K, Ohno M, Fukumaki Y.
    • Journal Title

      Molecular Phylogenetics and Evolution

      Volume: 未定

    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] The finding of a group IIE phospholipase A2 gene in a specified segment of Protobothrops flavoviridis genome and its possible evolutionary relationship to group IIA phospholipase A2 genes.2014

    • Author(s)
      Yamaguchi K, Chijiwa T, Ikeda N, Shibata H, Fukumaki Y, Oda-Ueda N, Hattori S, Ohno M.
    • Journal Title

      Toxins

      Volume: 6 Issue: 12 Pages: 3471-3487

    • DOI

      10.3390/toxins6123471

    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 日本固有の毒蛇ハブ(Protobothrops flavoviridis)の全ゲノム配列決定と遺伝子モデルの作製2015

    • Author(s)
      柴田弘紀、千々岩崇仁、上田直子、中村仁美、服部正策、松原和純、松田洋一、森一樹、田代康介、久原哲、山崎慎一、藤江学、後藤大輝、将口栄一、久田香奈子、小柳亮、佐藤矩行、大野素徳、服巻保幸、小川智久
    • Organizer
      第54回日本爬虫両棲類学会大会
    • Place of Presentation
      千葉、東邦大学習志野キャンパス
    • Year and Date
      2015-12-05
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 日本固有の毒蛇ハブ(Protobothrops flavoviridis)の全ゲノム配列決定と遺伝子モデルの作製2015

    • Author(s)
      柴田弘紀、千々岩崇仁、上田直子、中村仁美、服部正策、松原和純、松田洋一、森一樹、田代康介、久原哲、山崎慎一、藤江学、後藤大輝、将口栄一、久田香奈子、小柳亮、佐藤矩行、大野素徳、服巻保幸、小川智久
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸、神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] クサリヘビ科ヘビの毒ホスホリパーゼA2遺伝子の形成と起源2015

    • Author(s)
      山口 和晃、千々岩崇仁、池田直樹、林みず紀、柴田弘紀、上田-小田直子、服巻保幸、服部正策、大野素徳
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸、神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] クサリヘビ科ヘビの分泌型ホスホリパーゼA2遺伝子クラスターの起源と分子進化2014

    • Author(s)
      山口 和晃, 千々岩 崇仁, 池田 直樹, 柴田 弘紀, 上田 直子, 服巻 保幸, 服部 正策, 大野 素徳
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] ヘビ類におけるアルビノ変異の原因遺伝子の解析2014

    • Author(s)
      財津将平, 柴田弘紀, 仁田坂英二
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Presentation] ビルマニシキヘビのゲノム解析2014

    • Author(s)
      柴田弘紀
    • Organizer
      爬虫類・両生類の臨床と病理のための研究会
    • Place of Presentation
      麻布大学獣医学部
    • Year and Date
      2014-11-22
    • Related Report
      2014 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 日本固有の毒蛇ハブ(Protobothrops flavoviridis)の全ゲノムシークエンスと繰り返し配列の解析2013

    • Author(s)
      柴田弘紀、山本真由美、タケット奈々、森一樹、千々岩崇仁、服部正策、上田直子、久原哲、大野素徳、服巻保幸
    • Organizer
      第15回日本進化学会大会
    • Place of Presentation
      筑波大学
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 日本固有の毒蛇ハブ(Protobothrops flavoviridis)の全ゲノムシークエンスと繰り返し配列の解析2013

    • Author(s)
      柴田弘紀、山本真由美、タケット奈々、森一樹、千々岩崇仁、服部正策、上田直子、久原哲、大野素徳、服巻保幸
    • Organizer
      第85回日本遺伝学会大会
    • Place of Presentation
      慶応大学日吉キャンパス
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 日本固有の毒蛇ハブ(Protobothrops flavoviridis)の全ゲノムシークエンスと繰り返し配列の解析2013

    • Author(s)
      柴田弘紀、山本真由美、タケット奈々、森一樹、千々岩崇仁、服部正策、上田直子、久原哲、大野素徳、服巻保幸
    • Organizer
      日本爬虫両棲類学会 第52回大会
    • Place of Presentation
      東海大学札幌校舎
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] The transcript catalogue for the venom gland of Protobothrops flavoviridis snake in Amami-Oshima, Japan.2013

    • Author(s)
      Oda-Ueda N, Nakamura H, Shibata H, Mori K, Tashiro K, Kuhara S, Chijiwa T, Fukumaki Y, Ohno M.
    • Organizer
      XI Congress of the Pan-American section of the International Society on Toxinology
    • Place of Presentation
      São Paulo, Brazil.
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] クサリヘビ科グループIIEホスホリパーゼA2の発見と,ホンハブのグループIIA毒性ホスホリパーゼA2との進化的関与2013

    • Author(s)
      山口和晃、千々岩崇仁、柴田弘紀、上田直子、服部正策、大野素徳
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Related Report
      2013 Research-status Report
  • [Presentation] 日本固有の毒蛇ハブ(Protobothrops flavoviridis)の全ゲノムシークエンスと繰り返し配列の解析2013

    • Author(s)
      柴田弘紀、山本真由美、タケット奈々、森一樹、千々岩崇仁、服部正策、上田直子、久原哲、大野素徳、服巻保幸
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Related Report
      2013 Research-status Report

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Published: 2014-07-25   Modified: 2019-07-29  

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