Development of an integrative method for inferring intercellular and intracellular networks based on cell–cell communications

• Project/Area Number: 25K21330
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 62010:Life, health and medical informatics-related
• Research Institution: University of Tsukuba
• Principal Investigator: 土屋 貴穂 筑波大学, 医学医療系, 助教 (70853167)
• Project Period (FY): 2025-04-01 – 2030-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2025)
• Budget Amount: ¥4,940,000 (Direct Cost: ¥3,800,000、Indirect Cost: ¥1,140,000); Fiscal Year 2029: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2028: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000); Fiscal Year 2027: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2026: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000); Fiscal Year 2025: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
• Keywords: 細胞間相互作用 / 空間トランスクリプトーム

Outline of Research at the Start

多細胞で構成されるシステムの解明を目指すとき、細胞間相互作用に関わる分子ネットワークの理解は重要である。申請者は以前、1細胞空間トランスクリプトームデータを用い、近傍の細胞型の空間配置により発現変動する遺伝子を細胞型ごとに検出するCCPLS法を開発したが、遺伝子発現を制御する分子ネットワークは不明であった。そこで本研究では、近傍の細胞型とのリガンド-レセプターペアに始まり、細胞内のシグナル分子や転写因子を経て、遺伝子発現制御に至る、分子ネットワークを推定する手法を開発する。