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Molecular design of nylon hydrolase and industrial application of the enzyme

Research Project

Project/Area Number 26289317
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

Allocation TypePartial Multi-year Fund
Section一般
Research Field Biofunction/Bioprocess
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

Negoro Seiji  兵庫県立大学, 工学研究科, 教授 (90156159)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 武尾 正弘  兵庫県立大学, 工学研究科, 教授 (40236443)
加藤 太一郎  鹿児島大学, 理工学域理学系, 助教 (60423901)
Research Collaborator HIGUCHI yoshiki  
SHIBATA naoki  
SHIGETA yasuteru  
GOTO yuji  
NAGAI keisuke  
TAKEHARA ikki  
Project Period (FY) 2014-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥15,990,000 (Direct Cost: ¥12,300,000、Indirect Cost: ¥3,690,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2017: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2016: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2015: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2014: ¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Keywordsナイロン分解酵素 / アミド合成 / タンパク質工学 / ナイロン / 耐熱性酵素 / 有機溶媒耐性 / 二次構造予測 / エチレングリコール / NylC / 分子設計 / 代謝工学 / 再資源化 / 酵素耐熱化 / 生分解性プラスチック / バイオコンバージョン / タンパク質安定化 / 分子動力学 / 耐熱化機構 / サブユニット間相互作用 / 酵素反応 / バイオテクノロジー / 廃棄物再資源化 / 加水分解酵素 / 熱安定性 / サブユニット / 立体構造 / X線結晶構造解析 / 耐熱化 / 生分解
Outline of Final Research Achievements

Amide/ester compounds have been synthesized by using the reverse reaction of hydrolases by limiting water content in the reaction mixtures. In thermodynamically controlled synthesis, the final yields are essentially determined by the water content within the solvent environment. The yields of amide-synthesis obtained by reverse reaction using 6-aminohexanoate-dimer hydrolase in 90% t-butyl alcohol were drastically varied following several amino acid substitutions located at the entrance of the catalytic cleft of the enzyme. A movement of a loop region and a flip-flop of Tyr170 in the enzyme generate the local hydrophobic environment at the catalytic center. Here, we propose that the shift of the internal equilibrium between enzyme/substrate complex and enzyme/product complex by the “water-excluding effect” alters the rate of the forward/reverse reactions, and that the local hydrophobic environment potentially provides a reaction center suitable for efficient amide synthesis.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

加水分解酵素の逆反応によるアミド・エステル合成では、合成収率は基本的には、化学平衡で決定される。NylBでは、水分含量の高い条件、90% t-ブタノール / 10%水系で、高収率でアミド合成反応を触媒する。同条件では、有機溶媒と水が溶解した1相系であり、基質・生成物とも溶解しているが、アミド合成の収率は80%以上に達する。これに対し、高い加水分解機能を有するにもかかわらず、合成反応が殆ど進行しない変異体を取得した(1%以下)。さらに、両変異体では、アミド合成・分解の触媒機能に大きな差異がある。このように、触媒中心近傍の構造と反応方向性を変化させることが可能であるという結果を得ることができた。

Report

(6 results)
  • 2018 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2017 Annual Research Report
  • 2016 Annual Research Report
  • 2015 Annual Research Report
  • 2014 Annual Research Report
  • Research Products

    (45 results)

All 2018 2017 2016 2015 2014

All Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 12 results,  Open Access: 3 results,  Acknowledgement Compliant: 4 results) Presentation (33 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Stability and subunit assembly of nylon hydrolase: structural basis of correct subunit assembly, aggregation, and intracellular degradation of the precursor protein2018

    • Author(s)
      Seiji Negoro, Naoki Shibata, Young-Ho Lee, Ikki Takehara, Ryo Kinugasa, Keisuke Nagai, Yusuke Tanaka, Dai-ichiro Kato, Masahiro Takeo, Yuji Goto and Yoshiki Higuchi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Issue: 1 Pages: 9725-9725

    • DOI

      10.1038/s41598-018-27860-w

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      2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Characterization of the 3-methyl-4-nitrophenol degradation pathway and genes of Pseudomonas sp. strain TSN1.2018

    • Author(s)
      Takeo M, Yamamoto K, Sonoyama M, Miyanaga K, Kanbara N, Honda K, Kato DI, Negoro S.
    • Journal Title

      J Biosci Bioeng

      Volume: 126 Issue: 3 Pages: 355-362

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2018.04.001

    • NAID

      40021667183

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  • [Journal Article] Biosynthetic Pathway and Genes of Chitin/Chitosan-Like Bioflocculant in the Genus Citrobacter.2018

    • Author(s)
      Takeo M, Kimura K, Mayilraj S, Inoue T, Tada S, Miyamoto K, Kashiwa M, Ikemoto K, Baranwal P, Kato D, Negoro S.
    • Journal Title

      Polymers (Basel).

      Volume: 10 Issue: 3 Pages: 237-237

    • DOI

      10.3390/polym10030237

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Metabolic pathway of 6-aminohexanoate in the nylon oligomer-degrading bacterium Arthrobacter sp. KI72: identification of the enzymes responsible for the conversion of 6-aminohexanoate to adipate2018

    • Author(s)
      Takehara I, Fujii T, Tanimoto Y, Kato DI, Takeo M, Negoro S
    • Journal Title

      Appl Microbiol Biotechnol

      Volume: 102 Issue: 2 Pages: 801-814

    • DOI

      10.1007/s00253-017-8657-y

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Draft genome sequence of the nylon oligomer-degrading bacterium Arthrobacter sp. strain KI722017

    • Author(s)
      Takehara I, Kato D, Takeo M, Negoro S
    • Journal Title

      Genome A

      Volume: 217 Issue: 17 Pages: 17-17

    • DOI

      10.1128/genomea.00217-17

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    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Biosynthesis-inspired deracemizative production of d-luciferin by combining luciferase and thioesterase2017

    • Author(s)
      Maeda J, Kato DI, Okuda M, Takeo M, Negoro S, Arima K, Ito Y, Niwa K
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta

      Volume: 1861 Pages: 2112-2118

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  • [Journal Article] Mutations affecting the internal equilibrium of the reaction catalyzed by 6-aminohexanoate-dimer hydrolase2016

    • Author(s)
      Negoro S, Kawashima Y, Shibata N, Kobayashi T, Baba T, Lee YH, Kamiya K, Shigeta Y, Nagai K, Takehara I, Kato D, Takeo M, Higuchi Y
    • Journal Title

      FEBS Lett

      Volume: 590 Issue: 18 Pages: 3133-3143

    • DOI

      10.1002/1873-3468.12354

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    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Unraveling the degradation of artificial amide bonds in Nylon oligomer hydrolase: From induced-fit to acylation processes2015

    • Author(s)
      Takeshi Baba, Mauro Boero, Katsumasa Kamiya, Hiroyuki Ando, Seiji Negoro, Masayoshi Nakano, Yasuteru Shigeta
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 17 Issue: 6 Pages: 4492-4504

    • DOI

      10.1039/c4cp04419c

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      2015 Annual Research Report 2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Nylon-Oligomer Hydrolase Promoting Cleavage Reactions in Unnatural Amide Compounds2014

    • Author(s)
      Katsumasa Kamiya, Takeshi Baba, Mauro Boero, Toru Matsui, Seiji Negoro, and Yasuteru Shigeta
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 5 Issue: 7 Pages: 1210-1216

    • DOI

      10.1021/jz500323y

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      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Enzymatic hydrolysis of nylons: quantification of the reaction rate of nylon hydrolase for thin-layered nylons2014

    • Author(s)
      K. Nagai, K. Iida, K. Shimizu, R. Kinugasa, M. Izumi, D. Kato, M. Takeo, K. Mochiji, S. Negoro
    • Journal Title

      Appl. Microbiol. Biotechnol.

      Volume: 98 Issue: 20 Pages: 8751-8761

    • DOI

      10.1007/s00253-014-5885-2

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      2014 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 高分子ナイロンを加水分解する酵素(NylC)の発見2014

    • Author(s)
      加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 92 Pages: 415-419

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  • [Journal Article] 酵素の潜在能力を引き出す設計・戦略2014

    • Author(s)
      加藤太一郎, 根来誠司
    • Journal Title

      生物工学会誌

      Volume: 92 Pages: 410-410

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  • [Presentation] Protein stability and subunit assembly of nylon hydrolase; structural basis discriminating correct subunit assembly, aggregation, and intracellular degradation of precursor protein2018

    • Author(s)
      S. Negoro
    • Organizer
      World Congress on Applied Microbiology 2018
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Enzymes responsible for the degradation of nylons and related compounds2018

    • Author(s)
      S. Negoro
    • Organizer
      Petrochemistry and Natural Resources 2018
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  • [Presentation] ナイロンオリゴマー分解菌Arthrobacter の2 種類の6-アミノヘキサン酸アミノトランスフェラーゼ NylD1・NylD2 の機能解析2018

    • Author(s)
      藤井 翼, 竹原 一起, 橋本 悠, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第70回日本生物工学会大会
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  • [Presentation] ノニルフェノール酸化酵素遺伝子を用いたビスフェノールS の完全無機化の取り組み2018

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      武尾 正弘, 近成 直斗, 栗岡 純平, 猪野 椋太, 根来 誠司
    • Organizer
      第70回日本生物工学会大会
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  • [Presentation] 遺伝子破壊によるCitrobacter 属細菌のキトサン様バイオ凝集剤高生産株の育種2018

    • Author(s)
      金尾 圭太, 柏 雅美, 木村 和幸, 宮本 弘毅,山口 翔太, バランワル プリヤンカ, 根来 誠司, 武尾 正弘
    • Organizer
      第70回日本生物工学会大会
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  • [Presentation] エチレングリコール中におけるナイロン加水分解酵素の構造と酵素活性に対する変異効果2018

    • Author(s)
      生越大輔、綛野太貴、岡崎秀明、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      第80回酵素工学研究会講演会
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  • [Presentation] 6-アミノヘキサン酸アミノトランスフェラーゼの速度論解析と類縁酵素の立体構造を基盤とした触媒機構モデル2018

    • Author(s)
      藤井 翼、赤木 心、岸本彰伍、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      第80回酵素工学研究会講演会
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  • [Presentation] Arthrobacter sp.KI72におけるナイロンモノマー代謝に関する遺伝子クローニングと代謝経路の同定2018

    • Author(s)
      藤井 翼、竹原 一起、橋本 悠、加藤 太一郎、武尾 正弘、根来 誠司
    • Organizer
      2018年度日本農芸化学会大会
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  • [Presentation] エチレングリコール中におけるナイロン加水分解酵素の構造と機能相関2018

    • Author(s)
      岡崎 秀明、生越 大輔、戸田 光、麦田 悠紀、竹原 一起、武尾 正弘、根来 誠司
    • Organizer
      2018年度日本農芸化学会大会
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  • [Presentation] エチレングリコール中におけるナイロン加水分解酵素の構造と機能相関2017

    • Author(s)
      生越 大輔, 岡崎 秀明, 伊東 雅人, 竹原 一起, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第69回日本生物工学会大会
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  • [Presentation] ナイロン加水分解酵素の構造安定化機構の解析2017

    • Author(s)
      岡崎 秀明, 生越 大輔, 伊東 雅人, 戸田 光, 竹原 一起, 武尾 正弘, 重田 育照, 根来 誠司
    • Organizer
      第69回日本生物工学会大会
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  • [Presentation] rthrobacter sp. KI72 におけるナイロンモノマー代謝系の同定と酵素の特徴2017

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      竹原 一起, 藤井 翼, 加藤 太一郎, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第69回日本生物工学会大会
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  • [Presentation] 有機溶媒中におけるナイロン加水分解酵素の構造と機能相関2017

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      生越大輔、岡崎秀明、伊東雅人、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
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      2017年酵素・補酵素研究会講演会
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      藤井 翼、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
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      2017年酵素・補酵素研究会講演会
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  • [Presentation] 分子動力学計算を用いたナイロン加水分解酵素の熱安定化機構解析2016

    • Author(s)
      大塚裕斗、伊東雅人、衣笠 凌、羽田圭吾、竹原一起、馬場剛史、重田育照、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      酵素工学研究会第76回講演会
    • Place of Presentation
      東京大学 (東京都)
    • Year and Date
      2016-10-07
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      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] ナイロンの酵素的モノマー化手法の開発2016

    • Author(s)
      生越大輔、岡崎秀明、伊東雅人、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      酵素工学研究会第76回講演会
    • Place of Presentation
      東京大学 (東京都)
    • Year and Date
      2016-10-07
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      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] Arthrobacter sp. KI72 におけるナイロンモノマー代謝系の同定と酵素の特徴2016

    • Author(s)
      藤井 翼、竹原一起、谷本悠樹、加藤太一郎、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      酵素工学研究会第76回講演会
    • Place of Presentation
      東京大学 (東京都)
    • Year and Date
      2016-10-07
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      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] ナイロン加水分解酵素のサブユニット会合と熱安定化機構の解析2016

    • Author(s)
      伊東雅人、 衣笠 凌、羽田圭吾、大塚裕人、竹原一起、重田育照、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      第68回 日本生物工学会 大会
    • Place of Presentation
      富山国際会議場 (富山県)
    • Year and Date
      2016-09-28
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  • [Presentation] 有機溶媒中でのナイロンの酵素分解2016

    • Author(s)
      岡崎秀明、伊東雅人、生越大輔、竹原一起、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      第68回 日本生物工学会 大会
    • Place of Presentation
      富山国際会議場 (富山県)
    • Year and Date
      2016-09-28
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      2016 Annual Research Report
  • [Presentation] ナイロンオリゴマー分解菌Arthrobacter sp. KI72における6-アミノヘキサン酸代謝系の同定2016

    • Author(s)
      竹原一起、藤井翼、加藤太一郎、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      第68回 日本生物工学会 大会
    • Place of Presentation
      富山国際会議場 (富山県)
    • Year and Date
      2016-09-28
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  • [Presentation] ナイロン加水分解酵素のサブユニット界面でのアミノ酸置換と熱安定化効果2015

    • Author(s)
      衣笠 凌, 羽田 圭吾, 谷本 悠樹, 竹原 一起, 柴田 直樹, 加藤 太一郎, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第67回日本生物工学会大会
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      城山観光ホテル(鹿児島市)
    • Year and Date
      2015-10-26
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  • [Presentation] 酵素的モノマー化を考慮したナイロンの探索(1):6 ナイロンの分子量と分子量分布の効果2015

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      清水 公晶, 岡崎 秀明, 飯田 一希, 永井 圭介,中山 敦好, 川崎 典起, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第67回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      城山観光ホテル(鹿児島市)
    • Year and Date
      2015-10-26
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  • [Presentation] 酵素的モノマー化を考慮したナイロンポリマーの探索(2):4 ナイロンの分解性2015

    • Author(s)
      伊東 雅人, 清水 公晶, 中山 敦好, 川崎 典起,加藤 太一郎, 竹原 一起, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第67回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      城山観光ホテル(鹿児島市)
    • Year and Date
      2015-10-26
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  • [Presentation] ナイロン加水分解酵素のサブユニット間相互作用と熱安定性との関係2015

    • Author(s)
      衣笠 凌、羽田圭吾、谷本悠樹、竹原一起、柴田直樹、武尾正弘、根来誠司
    • Organizer
      酵素工学研究会 第74回講演会
    • Place of Presentation
      東京大学 山上会館 (東京都)
    • Year and Date
      2015-10-16
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  • [Presentation] 酵素的モノマー化を考慮したナイロンの開発2015

    • Author(s)
      伊東雅人, 清水公明,中山敦好, 川崎典起, 竹原一起,武尾正弘,根来誠司
    • Organizer
      酵素工学研究会 第74回講演会
    • Place of Presentation
      東京大学 山上会館 (東京都)
    • Year and Date
      2015-10-16
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  • [Presentation] ナイロン分解酵素の分子設計とモノマー化を考慮したポリマー開発2015

    • Author(s)
      根来誠司
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      第54回関西バイオポリマー研究会講演会
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      京都工芸繊維大学(京都府・京都市)
    • Year and Date
      2015-02-10
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      2014 Annual Research Report
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  • [Presentation] 合成高分子ナイロンを分解する酵素の発見と作用機構の解明2014

    • Author(s)
      根来誠司
    • Organizer
      ライブ・オン・バイオテクノロジー
    • Place of Presentation
      崇城大学(熊本県・熊本市)
    • Year and Date
      2014-11-06
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  • [Presentation] ナイロン加水分解酵素NylCのサブユニット間相互作用と耐熱性との関係2014

    • Author(s)
      衣笠 凌, 永井圭介, 柴田直樹, 樋口芳樹, 李 映昊, 後藤祐児, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
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  • [Presentation] ナイロン薄膜を用いた酵素分解評価系の構築2014

    • Author(s)
      清水公晶, 永井圭介, 飯田一希, 衣笠 凌, 伊藤雅人, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
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  • [Presentation] 化学・生物発光特性から考察するホタルルシフェラーゼによるアミノルシフェリンの認識方法2014

    • Author(s)
      加藤太一郎, 白川大暉, 前中美華, 丹羽一樹, 武尾正弘, 根来誠司
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] L-ルシフェリンを用いたホタル発光システム2014

    • Author(s)
      加藤太一郎, 奥田真利, 丹羽一樹, 武尾正弘, 根来誠司
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] キトサン様バイオ凝集剤生産菌 Citrobacter freundii IFO13545 株のアミノ糖合成経路遺伝子の強化による凝集活性の改善2014

    • Author(s)
      柏 雅美, 木村和幸, 井上卓弥, 宮本弘毅, 長山尚輝, 加藤太一郎, 根来誠司, 武尾正弘
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report
  • [Presentation] 携帯型自動ELISA分析機の開発と内分泌撹乱物質・ノニルフェノールの測定2014

    • Author(s)
      武尾正弘, 早草奈希, 仁井翔一, 加藤太一郎, 根来誠司, 遊佐真一, 内海裕一, 才木常正
    • Organizer
      第66回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター(北海道・札幌市)
    • Year and Date
      2014-09-09 – 2014-09-11
    • Related Report
      2014 Annual Research Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2020-03-30  

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