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High-throughput analysis for mutant promoter using massively parallel sequencer

Research Project

Project/Area Number 26830137
Research Category

Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

Allocation TypeMulti-year Fund
Research Field System genome science
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

Irie Takuma  東京大学, 新領域創成科学研究科, 特任助教 (50625944)

Project Period (FY) 2014-04-01 – 2016-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2015)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2015: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2014: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Keywords次世代シークエンサー / 超並列レポーターアッセイ / プロモーター / 転写因子結合配列 / バーコード配列 / エラープローンPCR / 線形モデル / 次世代シークエンサー, / レポーターアッセイ / プロモーター活性予測
Outline of Final Research Achievements

We have developed a novel method to characterize potential promoter activities of proximal promoters of human genes at a single-base resolution. We introduced an average of 1-2 % mutations at random positions and subjected them to systematic reporter gene assays. Their sequences and encoding promoter activities were characterized by the next generation sequencing technology. We could extract information on transcriptional regulation at a single-base resolution from the multiple linear regression model. We consider that it is possible to design of the promoter sequence from the promoter prediction model.

Report

(3 results)
  • 2015 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2014 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2016 2015 2014

All Presentation (4 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Presentation] 次世代型シークエンサーを用いた変異プロモーターの網羅的解析2015

    • Author(s)
      入江拓磨,劉瑩,門城拓,関真秀,榊原雄太,菅野純夫,矢田哲士,鈴木穣
    • Organizer
      BMB2015(第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会 合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸 ポートアイランド
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 変異導入プロモーターの転写活性データを用いて転写制御コードを解読する2015

    • Author(s)
      劉瑩,入江 拓磨,門城拓,矢田哲士,鈴木穣
    • Organizer
      BMB2015(第38回日本分子生物学会年会、第88回日本生化学会大会 合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸 ポートアイランド
    • Year and Date
      2015-12-01
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
  • [Presentation] 次世代シークエンサーを用いた変異ヒトプロモーターの網羅的解析2015

    • Author(s)
      入江拓磨, 鈴木穣
    • Organizer
      日本進化学会第17回
    • Place of Presentation
      東京 中央大学後楽園キャンパス
    • Year and Date
      2015-08-20
    • Related Report
      2015 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 次世代シークエンサーによる変異プロモーターの網羅的解析2014

    • Author(s)
      入江拓磨, 門城拓, 劉エイ, 関真秀, 菅野純夫, 矢田哲士, 鈴木穰
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-27
    • Related Report
      2014 Research-status Report
  • [Book] RNA-Seq実験ハンドブック 第2章 12.超並列レポーターアッセイによる転写制御解析2016

    • Author(s)
      入江拓磨
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      羊土社
    • Related Report
      2015 Annual Research Report

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Published: 2014-04-04   Modified: 2017-05-10  

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