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Inference of evolutionary pathway of genetic code based on molecular phylogenetic analysis of aminoacyl tRNA syntheses

Publicly Offered Research

Project AreaHadean Bioscience
Project/Area Number 17H05236
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionTokyo University of Pharmacy and Life Science

Principal Investigator

横堀 伸一  東京薬科大学, 生命科学部, 講師 (40291702)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2018: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2017: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
KeywordsアミノアシルtRNA合成酵素 / 分子系統解析 / 祖先配列復元 / 遺伝暗号 / 祖先配列推定
Outline of Annual Research Achievements

現存する生物の使用する遺伝暗号はほぼ共通である。現在のアミノアシルtRNA合成酵素(ARS)は異なる起源を持つ2つのグループClass I ARSとClass II ARSに大別 され、それぞれ3つないしは4つのsubclassに配列や構造から分類される。これらのARSが祖先からから現在のように多様化する過程は、遺伝暗号の進化と翻訳におけるアミノ酸レパートリーの変遷に重要な役割を果たしてきたと考えられる。ARSの複合分子系統解析と祖先配列復元に基づき、どのように現在の遺伝暗号表が確立したのかを明らかにすることを目的とする。本年度の当初の計画は以下の通りである。昨年度行ったClass Ia、Ib、Ic、2a並びに2bの各subclassに属するARSの複合アライメント/分子系統解析のうち、Class IaとIIbについて、より詳細な解析を行う。本年度の成果:Class Ia ARSでは、その系統樹上で最後に分岐したと推定されるIleRSとValRSに注目し、全生物の最後の共通祖先(Commonote)段階のIleRSとValRSの祖先配列、並びにIleRSとValRSの共通祖先配列を推定し、その配列を持つ祖先ARSを大腸菌内で発現、精製を行った。これらのうち、Commonote段階の祖先IleRSと祖先ValRSのいずれも、アミノアシル化活性を持っていることが示唆された。更なる基質特異性等は検討中である。また、Class IIa ARSについては、配列のアライメントを再検討し、SerRSの共通祖先でドメインシャフリングが生じてtRNA結合ドメインが出現したことを示唆する結果を得た。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2019 2018 2017

All Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Book (1 results)

  • [Presentation] Class IIaアミノアシルtRNA合成酵素の分子系統解析に基づく初期翻訳系の進化2019

    • Author(s)
      古川龍太郎、横堀伸一、山岸明彦
    • Organizer
      第44回生命の起原および進化学会学術講演会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 祖先クラスIaアミノアシルtRNA合成酵素の解析2019

    • Author(s)
      馬場柾、松田直樹、古川龍太郎、笹本峻弘、横川隆志、山岸明彦、横堀伸一
    • Organizer
      第44回生命の起原および進化学会学術講演会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Quest for ancestors of eukaryotic cells; Implications from evolution of aminoacyl tRNA synthetases2018

    • Author(s)
      Yokobori, S., R. Furukawa, & A. Yamagishi
    • Organizer
      EANA 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Evolutionary pathway of genetic code inferred from molecular phylogeny and ancient sequence resurrection of aminoacyl tRNA synthetases2018

    • Author(s)
      Yokobori, S., R. Furukawa, T. Yokogawa, & A. Yamagishi
    • Organizer
      Hadean Bioscience International Symposium 2018
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] アミノアシルtRNA合成酵素の分子系統解析と祖先酵素復元に基づく翻訳系の進化の解析2018

    • Author(s)
      横堀伸一
    • Organizer
      第41回分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Class IIaアミノアシルtRNA合成酵素の分子系統解析に基づく初期翻訳系の進化2018

    • Author(s)
      古川龍太郎、横堀伸一、山岸明彦
    • Organizer
      第41回分子生物学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] アミノアシルtRNA合成酵素の分子系統解析に基づく初期翻訳系の進化2017

    • Author(s)
      古川龍太郎、横堀伸一、山岸明彦
    • Organizer
      日本進化学会第19回大会
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Presentation] アミノアシル化tRNA合成酵素の分子系統解析と祖先酵素復元に基づく標準遺伝暗号表の成立過程の推定2017

    • Author(s)
      横堀伸一、古川龍太郎、横川隆志、笹本峻弘、佐藤陸、宮下奈津実、遠藤有紀、松田直樹、丸山真歩、木賀大介、赤沼哲史、山岸明彦
    • Organizer
      生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • Related Report
      2017 Annual Research Report
  • [Book] Chapter 8. Eukaryotes Appearing. In: "Astrobiology. From the Origins of Life to the Search for Extraterrestrial Intelligence". (Eds. A. Yamagishi, T. Kakegawa, & T. Usui)2019

    • Author(s)
      Yokobori, S., & R. Furukawa
    • Total Pages
      465
    • Publisher
      Springer Nature Singapore Pte Ltd.
    • ISBN
      9789811336386
    • Related Report
      2018 Annual Research Report

URL: 

Published: 2017-04-28   Modified: 2019-12-27  

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