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Construction of Non-natural biosynthetic system by using enzyme located DNA nanostructure

Publicly Offered Research

Project AreaCreation of Complex Functional Molecules by Rational Redesign of Biosynthetic Machineries
Project/Area Number 17H05440
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Science and Engineering
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

中田 栄司  京都大学, エネルギー理工学研究所, 准教授 (70467827)

Project Period (FY) 2017-04-01 – 2019-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2018)
Budget Amount *help
¥7,540,000 (Direct Cost: ¥5,800,000、Indirect Cost: ¥1,740,000)
Fiscal Year 2018: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Fiscal Year 2017: ¥3,770,000 (Direct Cost: ¥2,900,000、Indirect Cost: ¥870,000)
Keywords分子コンビナート / アダプター / DNAナノ構造体 / 代謝反応 / 非天然化合物 / 物質変換システム / 非天然化合物合成
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、微生物が有する天然化合物合成システムを模倣して、試験管内で非天然骨格を有する生理活性物質を合目的に合成するシステムを構築することを目的としている。本研究を開始するまでに我々が「分子コンビナート」として開発してきた複数種類の酵素をDNAナノ構造体上に配置した高効率な物質変換システムを応用し、様々な由来の酵素を組み合わせることでDNAナノ構造体上で人工代謝経路「分子コンビナート」を構築する。
前年度までに、複数種類の酵素を共有結合で安定に配置することができる直交性を有する「DNA結合性アダプター(共有結合型)」を開発し、3種類の酵素を実際に狙った位置に高収率で配置することに成功した。その際に得られた研究成果により、4種類以上の酵素を配置するために必須となるDNA結合アダプター(共有結合型)の機能拡張に有効な戦略を見出していた。そこで本年度は、実際にその戦略に基づいて同一の共有結合型部位を持つDNA結合性アダプター(共有結合型)を設計・調製し、機能評価をおこなった。その結果、従来の問題点(DNA配列選択的な配置場所の制御が困難であること)を解決したDNA塩基配列選択的なDNA結合性アダプター(共有結合型)の開発に成功した。この戦略と従来の方法論の組み合わせにより、4種類以上の酵素の配置が実現できるようになった。さらに、共有結合モジュールの反応性を制御することでも拡張することができることを見出し、その機能評価をおこなっており、これが実現できれば、倍の組み合わせ(8種類)のDNA結合性アダプター(共有結合型)を手にすることができる。また、酵素を1分子ずつ最大35分子配置できるDNAナノ構造体上にDNA結合アダプター(共有結合型)を効率よく配置できることを確認した。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2018 Annual Research Report
  • 2017 Annual Research Report
  • Research Products

    (49 results)

All 2019 2018 2017 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (37 results) (of which Int'l Joint Research: 12 results,  Invited: 16 results) Remarks (5 results)

  • [Journal Article] DNA binding adaptors to assemble proteins of interest on DNA scaffold2019

    • Author(s)
      Nakata Eiji、Dinh Huyen、Nguyen Thang Minh、Morii Takashi
    • Journal Title

      Methods Enzymol.

      Volume: 617 Pages: 287-322

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2018.12.014

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  • [Journal Article] Covalent Bond Formation by Modular Adaptors to Locate Multiple Enzymes on a DNA Scaffold2019

    • Author(s)
      Nakata, E.; Nakano, S.; Rajendran, A.; Morii, T.
    • Journal Title

      Kinetic Control in Synthesis and Self-Assembly

      Volume: 0 Pages: 163-183

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  • [Journal Article] DNA Origami Scaffolds as Templates for Functional Tetrameric Kir3 K+ Channels2018

    • Author(s)
      Kurokawa Tatsuki、Kiyonaka Shigeki、Nakata Eiji、Endo Masayuki、Koyama Shohei、Mori Emiko、Tran Nam Ha、Dinh Huyen、Suzuki Yuki、Hidaka Kumi、Kawata Masaaki、Sato Chikara、Sugiyama Hiroshi、Morii Takashi、Mori Yasuo
    • Journal Title

      Angew. Chem. Int. Ed. Engl.

      Volume: 57 Issue: 10 Pages: 2586-2591

    • DOI

      10.1002/anie.201709982

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  • [Journal Article] Design of Modular Protein-Tags for the Orthogonal Covalent Bond Formation at Specific DNA Sequences2017

    • Author(s)
      T.M. Nguyen, E. Nakata, M. Saimura, H. Dinh, T. Morii
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 139 Issue: 25 Pages: 8487-8496

    • DOI

      10.1021/jacs.7b01640

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  • [Journal Article] Nucleic acids-templated enzyme cascades2017

    • Author(s)
      A. Rajendran, E. Nakata, S. Nakano, T. Morii
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 18 Issue: 8 Pages: 696-716

    • DOI

      10.1002/cbic.201600703

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  • [Journal Article] 効率的な多段階酵素反応を実現する分子コンビナート, バイオサイエンスとインダストリー2017

    • Author(s)
      中田 栄司, 森井 孝
    • Journal Title

      バイオサイエンスとインダストリー

      Volume: 76 Pages: 46-48

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    • Author(s)
      中田 栄司, 森井 孝
    • Journal Title

      月刊 化学

      Volume: 11 Pages: 23-28

    • NAID

      40021363518

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      DINH, Huyen; NAKATA, Eiji; KINOSHITA, Masahiro; MORII, Takashi
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      日本化学会第99春季年会
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      日本化学会第99春季年会
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      Eiji Nakata, Takashi Morii
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      理研・CSRS融合研究セミナー
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      中田栄司・森井 孝
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      東京大学薬学研究科天然物化学教室講演会#121
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      小西 宏明・DINH Huyen・中田 栄司・仲野 瞬・森井 孝
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      第12回バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] Construction of a 3D DNA nanostructure for assembling enzyme cascade reaction2018

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      LIN Peng・Dinh Huyen・ Thang Minh Nguyen・Nakata Eiji・Morii Takashi
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      第12回バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] DNA Binding Adaptors to Locate Multiple Enzymes on DNA scaffold2018

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      Eiji Nakata, Takashi Morii
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  • [Presentation] DNA Binding Adaptors for Locating Multiple Enzymes on DNA scaffold2018

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      Eiji Nakata, Thang Minh Nguyen, Zhengxiao Zhang, Huyen Dinh, Peng Lin, Masayuki Saimura, Takashi Morii
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      Peng LIN, Huyen Dinh, Nguyen Minh Thang, Eiji Nakata, Takashi Morii
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  • [Presentation] Design of sequence specific modular adaptors by tuning the reactivity of protein-tag substrates2018

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      Zhengxiao Zhang, Eiji Nakata, Thang Minh Nguyen, Takashi Morii
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      ISNAC2018
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      Eiji Nakata, Takashi Morii
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      中田 栄司,森井 孝
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      2nd NNBS
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      日本化学会第98春季年会2018
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      NGUYEN, Thang; NAKATA, Eiji; SAIMURA, Masayuki; MORII, Takashi
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  • [Presentation] DNAナノ構造体を鋳型にしたナノリポソーム2017

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  • [Remarks] 酵素を“1分子ずつ”狙った場所に配置する-多段階反応を効率的に進行させる分子コンビナートをつくる

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      https://academist-cf.com/journal/?p=5281

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  • [Remarks]

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      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/material/index.html

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  • [Remarks] ニュースリリース「酵素を1分子ずつナノメートルの精度で狙い通りに並べる技術を開発」

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      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/new-iae/NewsRelease/JP/2017/06/01-162221.html

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  • [Remarks] 研究成果「酵素を1分子ずつナノメートルの精度で狙い通りに並べる 」

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      http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/170518_2.html

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      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/new-iae/NewsRelease/JP/2018/01/30-132250.html

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Published: 2017-04-28   Modified: 2021-01-27  

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