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分子夾雑系におけるタンパク質の動的挙動-揺らぎと反応ダイナミクス-

Publicly Offered Research

Project AreaChemical Approaches for Miscellaneous / Crowding Live Systems
Project/Area Number 18H04552
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

中曽根 祐介  京都大学, 理学研究科, 助教 (00613019)

Project Period (FY) 2018-04-01 – 2020-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2019)
Budget Amount *help
¥6,240,000 (Direct Cost: ¥4,800,000、Indirect Cost: ¥1,440,000)
Fiscal Year 2019: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2018: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Keywords分子夾雑効果 / 光反応 / 混み合い効果 / 揺らぎ / 反応速度 / 酵素活性 / ダイナミクス / 生体分子反応 / 過渡回折格子法 / 時間分解熱力学 / クラウディング / 光活性化型アデニル酸シクラーゼ / 反応ダイナミクス / 光センサー
Outline of Annual Research Achievements

光活性化型アデニル酸シクラーゼ(PAC)を対象にTG測定、SAXS測定、CD測定を行い、光励起による揺らぎや高次構造の変化を時間分解で調べた。その結果、発色団近傍の反応がヘリックス構造を通じて伝搬し、最終的にACドメインが解離することを明らかにした。また反応中間体の揺らぎが増大することがわかり、これが続いて起こる構造変化の駆動力である可能性を示した。
続いて分子夾雑環境におけるPACの動的挙動や酵素活性を調べた。PEG200を高濃度で加えた環境においては変性温度の低下が観測され、主に脱水和の影響により不安定化したと考察した。続いて光反応および反応中間体の揺らぎをTG法により測定したところ、PEG200濃度の増加に伴い、反応速度および反応収率の低下が観測された。これはGlycerol中でも同様の結果が得られたため、粘度の増加が原因と結論した。一方で、中間体における揺らぎの増大は希薄バッファー中に比べて増加した。またHPLCを用いた酵素活性測定の結果、酵素活性の低下(15倍の低下)が観測された。これは反応速度や反応収率の低下が原因と考えられる。
Ficoll70、BSAなど巨大分子を高濃度で加えた環境では、変性温度の上昇(構造の安定化)が観測され、これは主に排除体積効果によるものと考察した。TG法による反応・揺らぎ検出の結果、反応中間体の揺らぎが抑制され、興味深いことに、希薄バッファー中とは全く異なる反応を起こすことを見いだした。詳細な解析の結果、ACドメインの解離反応が抑制されることを明らかにした。酵素活性の著しい低下が観測され(30~40倍の低下)、ACドメインの解離反応が機能に必須な反応であることを示した。
以上の分子夾雑研究を通じて、「脱水和・粘性・排除体積の多様な効果」、「安定性と揺らぎのトレードオフ関係」、「分子反応と酵素活性の高い相関関係」に関する定量的知見を得た。

Research Progress Status

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2019 Annual Research Report
  • 2018 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2020 2019 2018

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results) Book (2 results)

  • [Journal Article] Time-Resolved Study of Interprotein Signaling Process of a Blue Light Sensor PapB-PapA Complex2019

    • Author(s)
      Nakasone, Y., Kikukawa, K., Masuda, S. and Terazima, M.
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. B

      Volume: in press Issue: 15 Pages: 3210-3218

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b00196

    • Related Report
      2019 Annual Research Report 2018 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-Resolved Diffusion Detection with Microstopped Flow System2019

    • Author(s)
      Nakasone Yusuke、Takaramoto Shunki、Terazima Masahide
    • Journal Title

      Analytical Chemistry

      Volume: 91 Issue: 18 Pages: 11987-11993

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.9b02897

    • NAID

      120006731124

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Photoreaction Dynamics of Full-Length Phototropin from Chlamydomonas reinhardtii2019

    • Author(s)
      Nakasone Yusuke、Ohshima Masumi、Okajima Koji、Tokutomi Satoru、Terazima Masahide
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 123 Issue: 51 Pages: 10939-10950

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.9b09685

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 分子クラウディング環境における光活性化アデニル酸シクラーゼの揺らぎと機能2020

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      日本化学会第100春季年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Fluctuation and reaction dynamics of a light sensor protein in crowding environment2019

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      第57回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 光で捉える生体分子の揺らぎ・ダイナミクス ―相分離を生体分子の反応場として理解する―2019

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      第4回LLPS研究会・ASUKA若手交流会2019
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 分子夾雑系における光センサータンパク質の揺らぎ・反応ダイナミクス2019

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      新学術領域「分子夾雑の生命化学」第2回関西地区シンポジウム
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 光で捉える生体分子の揺らぎ・ダイナミクス2019

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      分子研所長招聘研究会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 光活性化アデニル酸シクラーゼの光反応ダイナミクス2019

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      日本化学会第99春季年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] 光センサータンパク質phototropinの光反応ダイナミクス2018

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      第20回 日本光生物学協会 年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Presentation] Diversity of photochemical reactions of Flavin-based photoreceptors2018

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      第56回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 時間分解拡散法で捉える蛋白質反応2018

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Organizer
      研究会「2030年の生命分子科学を語る!」
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
    • Invited
  • [Book] 月刊化学2019

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Total Pages
      2
    • Publisher
      株式会社 化学同人
    • Related Report
      2018 Annual Research Report
  • [Book] 分光研究 第67巻 第2号2018

    • Author(s)
      中曽根祐介
    • Total Pages
      3
    • Publisher
      日本分光学会
    • Related Report
      2018 Annual Research Report

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Published: 2018-04-23   Modified: 2025-11-21  

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