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Elucidating structural basis for the protein complex controlling photoperiod-dependent flowering pathway

Publicly Offered Research

Project AreaDetermining the principles of the birth of new plant species: molecular elucidation of the lock-and-key systems in sexual reproduction
Project/Area Number 19H04855
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

宮川 拓也  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 特任准教授 (50596559)

Project Period (FY) 2019-04-01 – 2021-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2020)
Budget Amount *help
¥13,260,000 (Direct Cost: ¥10,200,000、Indirect Cost: ¥3,060,000)
Fiscal Year 2020: ¥6,630,000 (Direct Cost: ¥5,100,000、Indirect Cost: ¥1,530,000)
Fiscal Year 2019: ¥6,630,000 (Direct Cost: ¥5,100,000、Indirect Cost: ¥1,530,000)
Keywords植物 / 花成誘導 / 光周期応答 / 蛋白質間相互作用 / 複合体構造解析 / X線結晶構造解析
Outline of Research at the Start

光周期依存経路は植物の開花時期を決定する重要な発生制御機構の一つである。この経路において花成ホルモンの発現を調節する中心的な転写因子CONSTANS(CO)は、光応答性のタンパク質分解システムにより転写と翻訳後修飾の二段階で調節されている。本研究では、この光依存的な調節機構を構造生物学の手法を用いて解明するとともに、長日・短日植物における機構の差異を説明する新規知見を得ることを目指す。

Outline of Annual Research Achievements

光周期依存経路は、日長という環境要因を植物が感知することで花成が促進される外因的経路であり、植物の開花時期を決定する重要な発生制御機構の一つである。この経路の中心的な転写因子であるCONSTANS(CO)は、光応答性のE3ユビキチンリガーゼにより転写と翻訳後修飾の二段階で調節されている。本研究では、CO及びその転写抑制因子CDF1の分解を導くE3ユビキチンリガーゼの光依存的な機能変換機構にアプローチするため、コムギ胚芽無細胞合成系を用いて、E3ユビキチンリガーゼ複合体のin vitro再構成系を確立した。さらにこの再構成系を用いた相互作用アッセイにより、CDF1が「E3ユビキチンリガーゼFKF1に恒常的に結合する領域」と「FKF1の光センサーであるLOVドメインにGIタンパク質を介して結合する領域」が特定され、光依存的なCDF1制御モデルをアップデートする知見が得られた。
葯・花粉の発達に関わる遺伝子等の転写調節に機能するブラシノステロイド(BR)のシグナル伝達機構では、そのマスター転写因子であるBZR転写因子のDNA配列特異性とその構造基盤の解明に取り組んだ。DAP-seqデータとマイクロアレイのゲノムワイド解析により、BZR転写因子が単独で強く結合可能なDNAプロモーター上のG-box配列を認識した場合の遺伝子発現の制御パターンが明らかになった。また、BZR転写因子のG-box配列に対する親和性はそれに隣接する両側2塩基の組み合わせに強く影響されることが分かり、BIL1/BZR1が特有のDNA主鎖リン酸基との相互作用ネットワークを利用することで、BIL1/BZR1と結合が可能な特定のDNAコンホメーション変化を許容する隣接塩基パターンを認識する仕組みが示された。

Research Progress Status

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和2年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2020 Annual Research Report
  • 2019 Annual Research Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2021 2020 2019

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 4 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Book (3 results)

  • [Journal Article] Highlighting the potential utility of MBP crystallization chaperone for Arabidopsis BIL1/BZR1 transcription factor-DNA complex2021

    • Author(s)
      Nosaki Shohei、Terada Tohru、Nakamura Akira、Hirabayashi Kei、Xu Yuqun、Bui Thi Bao Chau、Nakano Takeshi、Tanokura Masaru、Miyakawa Takuya
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 3879-3879

    • DOI

      10.1038/s41598-021-83532-2

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] NIGT1 family proteins exhibit dual mode DNA recognition to regulate nutrient responseassociated genes in Arabidopsis2020

    • Author(s)
      Ueda Yoshiaki、Nosaki Shohei、Sakuraba Yasuhito、Miyakawa Takuya、Kiba Takatoshi、Tanokura Masaru、Yanagisawa Shuichi
    • Journal Title

      PLOS Genetics

      Volume: 16 Issue: 11 Pages: 1-27

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1009197

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural bases of IMiD selectivity that emerges by 5-hydroxythalidomide2020

    • Author(s)
      Furihata Hirotake、Yamanaka Satoshi、Honda Toshiaki、Miyauchi Yumiko、Asano Atsuko、Shibata Norio、Tanokura Masaru、Sawasaki Tatsuya、Miyakawa Takuya
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 4578-4578

    • DOI

      10.1038/s41467-020-18488-4

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular basis for substrate recognition and catalysis by a marine bacterial laminarinase2020

    • Author(s)
      Yang J, Xu Y, Miyakawa T, Long L, Tanokura M
    • Journal Title

      Appl Environ Microbiol

      Volume: 86 Issue: 23

    • DOI

      10.1128/aem.01796-20

    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular basis of strigolactone perception in root-parasitic plants: aiming to control its germination with strigolactone agonists/antagonists2020

    • Author(s)
      Miyakawa T, Xu Y, Tanokura M
    • Journal Title

      Cell Mol Life Sci

      Volume: 77 Issue: 6 Pages: 1103-1113

    • DOI

      10.1007/s00018-019-03318-8

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural comparisons of phosphoenolpyruvate carboxykinases reveal the evolutionary trajectories of these phosphodiester energy conversion enzymes2019

    • Author(s)
      Chiba Y, Miyakawa T, Shimane Y, Takai K, Tanokura M, Nozaki T
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 294 Issue: 50 Pages: 19269-19278

    • DOI

      10.1074/jbc.ra119.010920

    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] タンパク質構造解析セミナー2020

    • Author(s)
      宮川拓也
    • Organizer
      植物生長調節物質若手研究会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 硝酸に応答して根粒共生を抑制するNLPを介した転写制御機構の解析2020

    • Author(s)
      西田帆那, 野崎翔平, 鈴木孝征, 伊藤百代, 宮川拓也, 西嶋遼, 田之倉優, 川口正代司, 川勝泰二, 寿崎拓哉
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ブラシノステロイド情報伝達における鍵転写因子のDNA結合特異性の究明2020

    • Author(s)
      野崎翔平, 宮川拓也, 光田展隆, 寺田透, 山上あゆみ, 徐玉群, Bui Thi Bao Chau, 中野雄司, 田之倉優
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] BES/BZR転写因子の競争的関係性は維管束幹細胞制御の堅牢性に貢献す2020

    • Author(s)
      古谷朋之, 齊藤真人, 内村悠, 佐竹暁子, 野﨑翔平, 宮川拓也, 島津舜治, 矢守航, 田之倉優, 福田裕穂, 近藤侑貴
    • Organizer
      日本植物学会第84回大会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] 免疫調節薬サリドマイドの標的分子への作用が体内代謝で変化する仕組み2020

    • Author(s)
      降旗大岳, 山中聡士, 本田敏章, 柴田哲男, 田之倉優, 澤崎達也, 宮川拓也
    • Organizer
      第29回日本バイオイメージング学会学術集会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] サリドマイド代謝物によるC2H2型ジンクフィンガーの分解選択性の構造基盤2020

    • Author(s)
      降旗大岳, 山中聡士, 本田敏章, 柴田哲男, 田之倉優, 澤崎達也, 宮川拓也
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Presentation] ブラシノステロイドのマスター転写因子BIL1/BZR1のプロモーター選択特異性の解明2020

    • Author(s)
      野崎翔平, 宮川拓也, 光田展隆, 寺田透, 山上あゆみ, 中野雄司, 田之倉優
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] 糸状菌の持つ分泌型ホスホリパーゼA2の構造および機能解析2020

    • Author(s)
      関口永莉, 宮川拓也, 田之倉優, 吉田稔, 有岡学
    • Organizer
      日本農芸化学会2020年度大会
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
  • [Presentation] Structural basis for the substrate specificity of phosphoenolpyruvate carboxykinases as phosphodiester energy-conversion enzymes2019

    • Author(s)
      Miyakawa T, Chiba Y, Shimane Y, Tanokura M
    • Organizer
      The 6th International Symposium on Bioimaging/The 28th Annual Meeting of Bioimaging Society
    • Related Report
      2019 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Book] Nuts & Seeds in Health and Disease Prevention (2nd ed.)2020

    • Author(s)
      Hatano K, Miyakawa T, Tanokura M
    • Total Pages
      15
    • Publisher
      Academic Press
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Book] 膜タンパク質工学ハンドブック2020

    • Author(s)
      宮川拓也, 田之倉優
    • Total Pages
      11
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • Related Report
      2020 Annual Research Report
  • [Book] e-水産学シリーズ1 水圏生物タンパク質科学の新展開2020

    • Author(s)
      宮川拓也, 田之倉優
    • Total Pages
      27
    • Publisher
      恒星社厚生閣
    • Related Report
      2020 Annual Research Report

URL: 

Published: 2019-04-18   Modified: 2021-12-27  

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