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植物ゲノム障壁に関連する遺伝子の探索と機能推定のためのデータベース構築

Publicly

Project AreaGenome Barriers in Plant Reproduction
Project/Area Number 21024010
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionMeiji University

Principal Investigator

矢野 健太郎  明治大学, 農学部, 講師 (00446543)

Project Period (FY) 2009 – 2010
Project Status Completed (Fiscal Year 2010)
Budget Amount *help
¥5,200,000 (Direct Cost: ¥5,200,000)
Fiscal Year 2010: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,600,000)
Fiscal Year 2009: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,600,000)
Keywordsゲノム / 遺伝子 / 応用ゲノム科学
Research Abstract

特定領域研究「植物の生殖過程におけるゲノム障壁」では、「ゲノム障壁」機構を分子レベルで解明することを目的としている。その手段の1つとして、全ゲノム解読が終了したイネをモデルとして生殖に関わるステージや器官に対する大規模なマイクロアレイ実験を実施し、生殖関連遺伝子とそれらの生物学的機能を同定することを目標としている。この目標を達成するためには、イネ遺伝子の発現情報や機能アノテーション情報を網羅的に探索する必要がある。そこで、本研究課題では、ゲノム・ワイドな遺伝子情報を効率的に探索するために、WebデータベースOryzaExpresの構築・運営を行った。今年度は、特に、大規模マイクロアレイ・データから推定した生殖関連遺伝子の遺伝子発現ネットワークと機能アノテーションの情報を統合した。そのために、まず、公開データベースNCBI GEOより収集した全マイクロアレイ実験データより遺伝子発現ネットワークを構築し、類似の発現パターンを示す遺伝子群を抽出した。また、各遺伝子の機能アノテーション(代謝パスウェイ、ジーン・オントロジーなど)と共に発現ネットワークを俯瞰するためのインターフェースを構築した。OryzaExpressを用いることによって、遺伝子名や機能アノテーションから、発現パターンが類似する遺伝子群を簡便に閲覧・探索できる。

Report

(2 results)
  • 2010 Annual Research Report
  • 2009 Annual Research Report

Research Products

(39 results)

All 2011 2010 2009 Other

All Journal Article Presentation Book Remarks

  • [Journal Article] Distinct gene expression profiles in egg and synergid cells of rice as revealed by cell type-specific microarrays.2011

    • Author(s)
      Takayuki Ohnishi, 他
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 155 Pages: 881-891

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      Takeshi Oshino, 他
    • Journal Title

      Plant, Cell and Environment

      Volume: 34 Pages: 284-290

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    • Author(s)
      Kazuki Hamada, 他
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 51 Pages: 220-229

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    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 51 Pages: 2060-2081

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    • Journal Title

      Genes & Genetic Systems

      Volume: 85 Pages: 220-229

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    • Author(s)
      Sota Fujii, 他
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 51 Pages: 610-620

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    • Author(s)
      Akifumi Shimizu, Kentaro Yano
    • Journal Title

      Third International Conference QBIC2009

      Pages: 480-490

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      Endo Makoto, 他
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology 50

      Pages: 1911-1922

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      Koichiro Aya, 他
    • Journal Title

      Plant Cell 21

      Pages: 1453-1472

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      2010-02-03
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  • [Book] 生物学辞典2010

    • Author(s)
      石川統, 他
    • Total Pages
      1634
    • Publisher
      東京化学同人
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  • [Remarks]

    • URL

      http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/

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  • [Remarks]

    • URL

      http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/

    • Related Report
      2009 Annual Research Report

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Published: 2009-03-31   Modified: 2018-03-28  

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