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Establishment of artificial cell fermentation technology as a practical material for industrial usage

Publicly Offered Research

Project AreaBottom-up creation of cell-free molecular systems: surpassing nature
Project/Area Number 22H05432
Research Category

Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (A)

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Transformative Research Areas, Section (II)
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

藤原 慶  慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 准教授 (20580989)

Project Period (FY) 2022-06-16 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥9,620,000 (Direct Cost: ¥7,400,000、Indirect Cost: ¥2,220,000)
Fiscal Year 2023: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Fiscal Year 2022: ¥4,810,000 (Direct Cost: ¥3,700,000、Indirect Cost: ¥1,110,000)
Keywords合成生物学 / 人工細胞 / 醗酵生産 / C1代謝 / 無細胞転写翻訳系 / 生合成 / 高分子混雑
Outline of Research at the Start

これまで報告されている高度化された酵素法、合成生物学と酵素法を融合した手法(全細胞触媒法)、人工細胞工学の研究などを加味すると、人工細胞を用いた発酵生産を社会での活用可能なレベルに押し上げるためには少なくとも作製コスト、複雑な酵素反応の実現、機能モジュール化による組み合わせ手法の確立、という3つの課題を克服する必要がある。そこで本研究では、この3つの課題を足掛かりに、社会活用レベルでの人工細胞醗酵法の確立を実現するボトムアップ構築原理は何か?という学術的な問いをボトムアップ構築原理の学理へと転換し、微生物による発酵生産を超越した応用可能・社会実装に資する分子システムをボトムアップ構築する。

Outline of Annual Research Achievements

これまで報告されている高度化された酵素法、合成生物学と酵素法を融合した手法(全細胞触媒法)、人工細胞工学の研究などを加味すると、人工細胞を用いた発酵生産を社会での活用可能なレベルに押し上げるためには少なくとも(1)作製コスト、(2)複雑な酵素反応の実現、(3)機能モジュール化による組み合わせ手法の確立、という3つの課題を克服する必要がある。そこで本研究では、この3つの課題を足掛かりに、社会活用レベルでの人工細胞醗酵法の確立を実現するボトムアップ構築原理は何か?という学術的な問いをボトムアップ構築原理の学理へと転換し、微生物による発酵生産を超越した応用可能・社会実装に資する分子システムをボトムアップ構築することを目的とした。
2023年度は(3)を重点的に行った。具体的には、多糖の分解、人工細胞への糖の取り込み、糖の代謝のモジュールを検討した。多糖の分解については、αとγの2種のアミラーゼを利用することで、マルトデキストリンや片栗粉から生化学システムで利用可能な糖が形成できることを確認した。人工細胞への糖の取り込みについては、蛍光タンパク質によるグルコース濃度センサーを用いてリポソームにおけるグルコース取り込み能を確認したところ、予想に反しトランスポーターの導入なしにグルコースが自発的に取り込まれることを確認した。しかし、再構成された解糖系をリポソーム中に封入したところ、なんらかの理由によりATP分解が促進され、解糖系による物質生産が回らないという問題が明らかになった。そこで、糖の代謝に関し、解糖系と転写翻訳系の共役系を再構成し、その動態を解析した。結果、解糖系上流のATP利用反応と、下流のATP合成、これらと共役したATPase反応の速度バランスが綱引きのように作用し、ネットバランスではなく動態として系の運命が変動することが示された。この点において2報の論文を投稿中である。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Report

(2 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Annual Research Report
  • Research Products

    (14 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (12 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Multimolecular Competition Effect as a Modulator of Protein Localization and Biochemical Networks in Cell‐Size Space2023

    • Author(s)
      Nishikawa Saki、Sato Gaku、Takada Sakura、Kohyama Shunshi、Honda Gen、Yanagisawa Miho、Hori Yutaka、Doi Nobuhide、Yoshinaga Natsuhiko、Fujiwara Kei
    • Journal Title

      Advanced Science

      Volume: 11 Issue: 6 Pages: 2308030-2308030

    • DOI

      10.1002/advs.202308030

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Controlling the Periodicity of a Reaction-Diffusion Wave in Artificial Cells by a Two-Way Energy Supplier2022

    • Author(s)
      Takada Sakura、Yoshinaga Natsuhiko、Doi Nobuhide、Fujiwara Kei
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 16 Issue: 10 Pages: 16853-16861

    • DOI

      10.1021/acsnano.2c06756

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 並行複醗酵をモデルとした人工細胞モジュール群の開発2024

    • Author(s)
      宮沢真太朗、佐藤岳、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第18回無細胞生命科学研究会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 人工細胞を用いた並行複醗酵の実現へ2023

    • Author(s)
      宮沢真太朗、佐藤岳、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会16.0
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 創る立場で補う遺伝学:細胞分裂面決定とゲノム転写翻訳2023

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      日本遺伝学会第95回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] In vitro reconstitution of glycolysis as the core metabolism of synthetic cell2023

    • Author(s)
      Gaku Sato, Nobuhide Doi, Kei Fujiwara
    • Organizer
      SynCell2023
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 反応拡散波による人工細胞の時空間秩序制御2023

    • Author(s)
      髙田咲良、義永那津人、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      学術変革領域研究(A)「生物を凌駕する無細胞分子システムのボトムアップ構築学」2023年度領域会議
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞の再構成に潜む落とし穴:共通要素効果と dATP 問題2022

    • Author(s)
      佐藤岳、髙田咲良、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会15.0
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 精製因子で創るトランスクリプトーム2022

    • Author(s)
      岡村奏知、齋藤圭佑、松井ゆきの、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会15.0
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] C1化合物を代謝する人工細胞の構築2022

    • Author(s)
      狩行成、佐藤岳、髙田咲良、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会15.0
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] サトウのPUREシステム2022

    • Author(s)
      佐藤岳、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第17回無細胞科学研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 果たして生物はATPとdATPの違いを認識しているのだろうか?2022

    • Author(s)
      藤原慶, 髙田咲良, 佐藤岳
    • Organizer
      第17回無細胞科学研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞を創る研究:ボトムアップ合成生物学への誘い2022

    • Author(s)
      藤原慶
    • Organizer
      TARA Seminar理論合成インシリコ生物学セミナー
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 再構成研究:Min 波や解糖系はdATP でも動く2022

    • Author(s)
      髙田咲良、義永那津人、土居信英、藤原慶
    • Organizer
      第18回大腸菌研究会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report

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Published: 2022-06-20   Modified: 2024-12-25  

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