ノンコーディングRNAネオタクソノミの実現を加速する国際活動支援

• 研究領域: ノンコーディングRNAネオタクソノミ
• 研究課題/領域番号: 15K21720
• 研究種目: 新学術領域研究(研究領域提案型)
• 配分区分: 基金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 北海道大学
• 研究代表者: 廣瀬 哲郎 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (30273220)
• 研究分担者: 中川 真一 北海道大学, 薬学研究院, 教授 (50324679) ; 淺原 弘嗣 東京医科歯科大学, 大学院医歯学総合研究科, 教授 (70294460) ; 泊 幸秀 東京大学, 定量生命科学研究所, 教授 (90447368) ; 鈴木 勉 東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782) ; 塩見 美喜子 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (20322745) ; 影山 裕二 神戸大学, バイオシグナル総合研究センター, 准教授 (90335480)
• 研究期間 (年度): 2015-11-06 – 2019-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2018年度)
• 配分額: 50,310千円 (直接経費: 38,700千円、間接経費: 11,610千円); 2018年度: 14,040千円 (直接経費: 10,800千円、間接経費: 3,240千円); 2017年度: 14,040千円 (直接経費: 10,800千円、間接経費: 3,240千円); 2016年度: 14,040千円 (直接経費: 10,800千円、間接経費: 3,240千円); 2015年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
• キーワード: noncoding RNA / 国際活動 / ノンコーディングRNA / 国際シンポジウム / 若手支援 / 国際交流 / 国際共同研究

研究成果の概要

領域研究の推進と成果発信を目的とした海外研究者との交流活動を支援するために、主に３つの活動、国際共同研究の支援、海外研究機関の訪問支援、海外著名研究者の招聘を推進した。特に本領域特有のリソースであるncRNA遺伝子改変マウスに関する国際共同研究の支援、また若手研究者の国際研究機関への短期滞在を含めた国際活動支援を推進した。その結果、若手研究者を含めた領域班員による多数の国際共同研究が活発に行われ、34報もの国際共著論文に結びついた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

競争の激しいncRNA研究分野において、様々な本領域独自の高品質な研究成果を世界に向けて発信し、その結果それらが国際的に認知されるに至った。特にarcRNAを独立のタクソンとして提唱するに至ったことは、本領域の目指すネオタクソノミの実践成果として、国際的な学問分野にインパクトを与えた。その結果、我が国のRNA研究のプレゼンスの向上に大きく貢献した。また次世代を担う研究者の育成に重要な役割を果たすことができた。一方で本領域の成果は、国際的な一般社会における自然科学の基礎概念、医療技術、次世代の融合科学の発展に向けた多くの可能性を提示したと言える。

研究成果

• [国際共同研究] University of Western Australia(オーストラリア)
• [国際共同研究] Stanford University/University of Texas/Northwestern University(米国)
• [国際共同研究] DZHK/IMB-Mainz/Helmholtz Zentrum(ドイツ)
• [国際共同研究] CNRS/University of Toulouse(フランス)
• [国際共同研究] Francis Crick Institute(英国)
• [国際共同研究]
• [国際共同研究] University of Western Australia(オーストラリア)
• [国際共同研究] Stanford University/University of Texas/Northwestern University(米国)
• [国際共同研究] DZHK/IMB-Mainz/Helmholtz Zentrum(ドイツ)
• [国際共同研究] CNRS/University of Toulouse(フランス)
• [国際共同研究] Francis Crick Institute(英国)
• [国際共同研究]
• [国際共同研究] ソーク研究所/ハーバード医大/オハイオ州立大(米国)
• [国際共同研究] 西オーストラリア大(オーストラリア)
• [国際共同研究] CNRS/トールーズ大(フランス)
• [国際共同研究] トロント大/クイーンズ大(カナダ)
• [国際共同研究] KAUST(サウジアラビア)
• [国際共同研究]
• [国際共同研究] 西オーストラリア大学(オーストラリア)
• [国際共同研究] CNRS(フランス)
• [国際共同研究] KAUST(サウジアラビア)
• [国際共同研究] テキサス大学/スクリプス研究所/マサチューセッツ総合病院(米国)
• [国際共同研究] VIB(ベルギー)
• [国際共同研究]
• [雑誌論文] The expression of long noncoding RNA NEAT1 is reduced in schizophrenia and modulates oligodendrocytes transcription. (2019)
  • 著者名/発表者名: Katsel P, Roussos P, Fam P, Khan S, Tan W, Hirose T, Nakagawa S, Pletnikov MV, Haroutunian V.
  • 雑誌名: NPJ Schizophr. 巻: 5 号: 1 ページ: 3-3
  • DOI: 10.1038/s41537-019-0071-2
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Wwp2 maintains cartilage homeostasis through regulation of Adamts5 (2019)
  • 著者名/発表者名: Mokuda S, Nakamichi R, Matsuzaki T, Ito Y, Sato T, Miyata K, Inui M, Olmer M, Sugiyama E, Lotz M, Asahara H
  • 雑誌名: Nat Commun. 巻: -
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Functional Domains of NEAT1 Architectural lncRNA Induce Paraspeckle Assembly through Phase Separation (2018)
  • 著者名/発表者名: Yamazaki Tomohiro、Souquere Sylvie、Chujo Takeshi、Kobelke Simon、Chong Yee Seng、Fox Archa H.、Bond Charles S.、Nakagawa Shinichi、Pierron Gerard、Hirose Tetsuro
  • 雑誌名: Molecular Cell 巻: 70 号: 6 ページ: 1038-1053
  • DOI: 10.1016/j.molcel.2018.05.019
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Long noncoding RNA MALAT1 suppresses breast cancer metastasis (2018)
  • 著者名/発表者名: Kim, J., Piao, H.L., Kim, B.J., Yao, F., Han, Z., Wang, Y., Xiao, Z., Siverly, A.N., Lawhon, S.E., Ton, B.N., Lee, H., Zhou, Z., Gan, B., Nakagawa, S., Ellis, M.J., Liang, H., Hung, M.C., You, M.J., Sun, Y. & Ma, L.
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 50 号: 12 ページ: 1705-1715
  • DOI: 10.1038/s41588-018-0252-3
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Long noncoding RNA NEAT1 (nuclear paraspeckle assembly transcript 1) is critical for phenotypic switching of vascular smooth muscle cells. (2018)
  • 著者名/発表者名: Ahmed ASI, Dong K, Liu J, Wen T, Yu L, Xu F, Kang X, Osman I, Hu G, Bunting KM, Crethers D, Gao H, Zhang W, Liu Y, Wen K, Agarwal G, Hirose T, Nakagawa S, Vazdarjanova A, Zhou J.
  • 雑誌名: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 巻: 115 号: 37
  • DOI: 10.1073/pnas.1803725115
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Immune system-mediated atherosclerosis caused by deficiency of long noncoding RNA MALAT1 in ApoE-/- mice. (2018)
  • 著者名/発表者名: Gast M, Rauch BH, Nakagawa S, Haghikia A, Jasina A, Haas J, Nath N, Jensen L, Stroux A, Bohm A, Friebel J, Rauch U, Skurk C, Blankenberg S, Zeller T, Prasanth KV, Meder B, Kuss A, Landmesser U, Poller W
  • 雑誌名: Cardiovascular research 巻: 115 号: 2 ページ: 302-314
  • DOI: 10.1093/cvr/cvy202
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] The ribosomal A-site finger is crucial for binding and activation of the stringent factor RelA (2018)
  • 著者名/発表者名: Kudrin, P., Dzhygyr, I., Ishiguro, K., Beljantseva, J., Maksimova, E., Sofia Raquel Alves Oliveira, Varik, V., Payoe, R., Konevega, A., Tenson, T., Suzuki, T. and Hauryliuk, V.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 46 号: 4 ページ: 1973-1983
  • DOI: 10.1093/nar/gky023
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Paraspeckles: Where Long Noncoding RNA Meets Phase Separation. (2017)
  • 著者名/発表者名: Fox AH, Nakagawa S, Hirose T, Bond CS.
  • 雑誌名: Trends Biochem Sci. 巻: 43(2) 号: 2 ページ: 124-135
  • DOI: 10.1016/j.tibs.2017.12.001
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Non-coding RNAs in cardiovascular diseases: diagnostic and therapeutic perspectives. (2017)
  • 著者名/発表者名: Poller W, Dimmeler S, Heymans S, Zeller T, Haas J, Karakas M, Leistner DM, Jakob P, Nakagawa S, Blankenberg S, Engelhardt S, Thum T, Weber C, Meder B, Hajjar R, Landmesser U.
  • 雑誌名: Eur Heart J. 巻: - 号: 29 ページ: 2704-2716
  • DOI: 10.1093/eurheartj/ehx165
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Neat1 is a p53-inducible lincRNA essential for transformation suppression. (2017)
  • 著者名/発表者名: Mello SS, Sinow C, Raj N, Mazur PK, Bieging-Rolett K, Broz DK, Imam JFC, Vogel H, Wood LD, Sage J, Hirose T, Nakagawa S, Rinn J, Attardi LD.
  • 雑誌名: Genes Dev. 巻: 31(11) 号: 11 ページ: 1095-1108
  • DOI: 10.1101/gad.284661.116
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Structural basis for arginine methylation-independent recognition of PIWIL1 by TDRD2. (2017)
  • 著者名/発表者名: Zhang H, Liu K, Izumi N, Huang H, Ding D, Ni Z, Sidhu SS, Chen C, Tomari Y, Min J.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 巻: 114 号: 47 ページ: 12483-12488
  • DOI: 10.1073/pnas.1711486114
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Structural and functional characterization of the TYW3/Taw3 class of SAM-dependent methyltransferases (2017)
  • 著者名/発表者名: Currie, M. A., Brown, G., Wong, A., Ohira, T., Sugiyama, K., Suzuki, T.,Yakunin, A. F., and Jia, Z
  • 雑誌名: RNA 巻: 23 号: 3 ページ: 346-354
  • DOI: 10.1261/rna.057943.116
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Identification of 2-methylthio cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ms2ct6A) as a novel RNA modification at position 37 of tRNAs (2017)
  • 著者名/発表者名: Kang, B. I., Miyauchi, K., Matuszewski, M., D'Almeida, G. S., Rubio, M. A., Alfonzo, J. D., Inoue, K., Sakaguchi, Y., Suzuki, T., Sochacka, E., Suzuki, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 45 号: 4 ページ: 2124-2136
  • DOI: 10.1093/nar/gkw1120
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A hydantoin isoform of cyclic N6-threonylcarbamoyladenosine (ct6A) is present in tRNAs (2017)
  • 著者名/発表者名: Matuszewski, M., Wojciechowski, J., Miyauchi, K., Gdaniec, Z., Wolf, W. M., Suzuki, T. and Sochacka, E
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 45 号: 4 ページ: 2137-2149
  • DOI: 10.1093/nar/gkw1189
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Analysis of transcription factors expressed at the anterior mouse limb bud (2017)
  • 著者名/発表者名: Yokoyama S#, Furukawa S#, Kitada S#, Mori M, Saito T, Kawakami K, Izpisua Belmonte JC, Kawakami Y, Ito Y, Sato T, AsaharaH
  • 雑誌名: PLoS One 巻: -
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Identification of targets of tumor suppressor microRNA-34a using a reporter library system (2017)
  • 著者名/発表者名: Ito Y, Inoue A, Seers T, Hato Y, Igarashi A, Toyama T, Taganov K, Boldin M, AsaharaH
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci U S A 巻: -
  • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] TWIST1 induces MMP3 expression through up-regulating DNA hydroxymethylation and promotes catabolic responses in human chondrocytes. (2017)
  • 著者名/発表者名: Hasei J, Teramura T, Takehara T, Onodera Y, Horii T, Olmer M, Hatada I, Fukuda K, Ozaki T, Lotz M, Asahara H*.
  • 雑誌名: Sci Rep. 巻: ７ 号: 1 ページ: 42990-42990
  • DOI: 10.1038/srep42990
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Paraspeckles modulate the intranuclear distribution of paraspeckle-associated Ctn RNA. (2016)
  • 著者名/発表者名: Anantharaman A, Jadaliha M, Tripathi V, Nakagawa S, Hirose T, Jantsch MF, Prasanth SG, Prasanth KV.
  • 雑誌名: Sci Rep 巻: 6 号: 1 ページ: 34043-34043
  • DOI: 10.1038/srep34043
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Regulation of membrane KCNQ1/KCNE1 channel density by sphingomyelin synthase 1. (2016)
  • 著者名/発表者名: Wu M, Takemoto M, Taniguchi M, Takumi T, Okazaki T, Song WJ
  • 雑誌名: Am J Physiol Cell Physiol 巻: 311 号: 7 ページ: 817-830
  • DOI: 10.1083/jcb.201601071
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] p53 induces formation of NEAT1 lncRNA-containing paraspeckles that modulate replication stress response and chemosensitivity. (2016)
  • 著者名/発表者名: Adriaens C, Standaert L, Barra J, Latil M, Verfaillie A, Kalev P, Boeckx B, Wijnhoven PWG, Radaelli E, Vermi W, Leucci E, Lapouge G, Beck B, ven den Oord J, Nakagawa S, Hirose T, Sablina AA, Lambrechts D, Aerts S, Blanpain C, Marine JC.
  • 雑誌名: Nat. Med. 巻: 22 号: 8 ページ: 861-868
  • DOI: 10.1038/nm.4135
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Gomafu lncRNA knockout mice exhibit mild hyperactivity with enhanced responsiveness to the psychostimulant methamphetamine (2016)
  • 著者名/発表者名: Ip JY, Sone M, Nashiki C, Pan Q, Kitaichi K, Yanaka K, Abe T, Takao K, Miyakawa T, Blencowe BJ, Nakagawa S,
  • 雑誌名: Scientific Reports 巻: 6 号: 1 ページ: 27204-27204
  • DOI: 10.1038/srep27204
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Long Non-Coding RNA Malat-1 Is Dispensable during Pressure Overload-Induced Cardiac Remodeling and Failure in Mice (2016)
  • 著者名/発表者名: Peters T, Hermans-Beijnsberger S, Beqqali A, Bitsch N, Nakagawa S, Prasanth KV, de Windt LJ, van Oort RJ, Heymans S, Schroen B
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 11 号: 2 ページ: e0150236-e0150236
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0150236
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Natural antisense RNA promotes 3' end processing and maturation of MALAT1 lncRNA. (2016)
  • 著者名/発表者名: Zong X, Nakagawa S, Freier SM, Fei J, Ha T, Prasanth SG, Prasanth KV.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 巻: 44 号: 6 ページ: 2898-2908
  • DOI: 10.1093/nar/gkw047
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Long noncoding RNA MALAT1-derived mascRNA is involved in cardiovascular innate immunity (2016)
  • 著者名/発表者名: Gast M, Schroen B, Voigt A, Haas J, Kuehl U, Lassner D, Skurk C, Escher F, Wang X, Kratzer A, Michalik K, Papageorgiou A, Peters T, Loebel M, Wilk S, Althof N, Prasanth KV, Katus H, Meder B, Nakagawa S, Scheibenbogen C, Schultheiss HP, Landmesser U, Dimmeler S, Heymans S, Poller W
  • 雑誌名: J Mol Cell Biol 巻: 8 号: 2 ページ: 178-181
  • DOI: 10.1093/jmcb/mjw003
  • 査読あり / 国際共著
• [雑誌論文] Mitochondrial 16S rRNA Is Methylated by tRNA Methyltransferase TRMT61B in All Vertebrates (2016)
  • 著者名/発表者名: Bar-Yaacov D, Frumkin I, Yashiro Y, Chujo T, Ishigami Y, Chemla Y, Blumberg A, Schlesinger O, Bieri P, Greber B, Ban N, Zarivach R, Alfonta L, Pilpel Y, Suzuki T, Mishmar D.
  • 雑誌名: PLoS Biology 巻: - 号: 9 ページ: e1002557-e1002557
  • DOI: 10.1371/journal.pbio.1002557
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Mohawk promotes the maintenance and regeneration of the outer annulus fibrosus of intervertebral discs. (2016)
  • 著者名/発表者名: Rho Nakamichi, Nakamichi R, Ito Y, Inui M, Onizuka N, Kayama T, Kataoka K, Suzuki H, Mori M, Inagawa M, Ichinose S, Lotz M, Sakai D, Masuda K, Ozaki T, Asahara H.
  • 雑誌名: Nature Communications 巻: 7 号: 1 ページ: 12503-12503
  • DOI: 10.1038/ncomms12503
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] Gene targeting of the transcription factor Mohawk in rats causes heterotropic ossification of Achilles tendon via failed tenogenesis (2016)
  • 著者名/発表者名: Suzuki H, Ito Y, Shinohara M, Yamashita S, Ichinose S, Kishida A, Oyaizu T, Kayama T, Nakamichi R, Koda N, Yagishita K, Lotz MK, Okawa A, Asahara H
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 巻: 113 号: 28 ページ: 7840-7845
  • DOI: 10.1073/pnas.1522054113
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] Metabolic and Chemical Regulation of RNA Modifications Associated with Various Biological Processes (2019)
  • 著者名/発表者名: 鈴木勉
  • 学会等名: RNA Editing Gordon Research Conference,Next-Generation Epitranscriptomics in Health and Disease
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Requirements for multivalent Yb body assembly in piRNA-mediated transposon silencing in Drosophila (2019)
  • 著者名/発表者名: 塩見美喜子
  • 学会等名: 40th LORNE GENOME CONFERENCE 2019
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Cartilage Development and Homeostasis via Pre- and Post-Transcriptional Regulation (2019)
  • 著者名/発表者名: 浅原弘嗣
  • 学会等名: Gordon Conference: Cartilage Development and Regeneration and Their Implications in Disease Therapies
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Nuclear architecture by long noncoding RNAs through phase separation. (2018)
  • 著者名/発表者名: 廣瀬哲郎
  • 学会等名: China Nucleic Acid Forum 2018
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Attempts towards identification of novel functional lncRNAs (2018)
  • 著者名/発表者名: 中川真一
  • 学会等名: Noncoding RNAs in embryonic development and cell differentiation
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] 3´-end maturation of silkworm piRNAs―a conserved mechanism of piRNA biogenesis (2018)
  • 著者名/発表者名: 泊幸秀
  • 学会等名: EMBO Workshop "piRNAs and PIWI proteins"
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Dissection of elements and machinery of architectural noncoding RNAs (2017)
  • 著者名/発表者名: 廣瀬哲郎
  • 学会等名: Keystone symposia RNAs Form, Function, Physiology
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Metabolic regulation of RNA modification associated with human disease (2017)
  • 著者名/発表者名: 鈴木勉
  • 学会等名: Cold Spring Harbor Asia RNA modification and epitranscriptome
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] piRNA Biogenesis in Drosophila (2017)
  • 著者名/発表者名: 塩見美喜子
  • 学会等名: Keystone Symposia: Mobile genetic elements and genome plasticity
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Observation of sub-micron size nuclear bodies using super-resolution microscopy (2017)
  • 著者名/発表者名: 中川真一
  • 学会等名: The 43rd Naito Conference on "Noncoding RNA：Biology, Chemistry, & Diseases"（
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] A mechanism for selective degradationof unloaded Argonaute (2017)
  • 著者名/発表者名: 泊幸秀
  • 学会等名: RNAi-RNA Biology Meeting
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Identification of targets of tumor suppressor microRNA-34a using a reporter library system (2017)
  • 著者名/発表者名: 浅原弘嗣
  • 学会等名: RNA 2017 - Prague
  • 国際学会
• [学会・シンポジウム開催] The 2nd Japan Australia joint RNA meeting (2018)